这是名为 sRNAWorkbench 的 Linux 应用程序，其最新版本可以下载为 UEA_Workbench_4.7_update.zip。 它可以在工作站的免费托管服务提供商 OnWorks 中在线运行。
免费下载并在线运行这个名为 sRNAWorkbench 的应用程序和 OnWorks。
请按照以下说明运行此应用程序：
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统，使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序，安装并运行。
SCREENSHOTS
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sRNA工作台
商品描述
一套用于分析来自下一代测序设备的小 RNA (sRNA) 数据的工具。 包括已知 mirco RNA (miRNA) 的表达谱、深度测序数据中新 miRNA 的鉴定以及高通量遗传数据中其他有趣标志物的鉴定
功能
- Adapter Remover：从原始短读序列数据中去除适配器片段，并将数据输出为 FASTA 格式。
- 过滤器：生成 sRNA 数据集的过滤版本，由几个用户定义的标准控制，包括序列长度、丰度、复杂性、转移和核糖体 RNA 去除。
- miRCat2（miRNA 分类）：从 sRNA 数据集和基因组预测成熟 miRNA 及其前体。
- SiLoCo（短干扰 RNA 位点比较）：通过根据基因组位置将 sRNA 分组到位点来比较多个样品中的 sRNA 表达水平
- ta-siRNA（反式作用短干扰 RNA）：预测植物 sRNA 数据集中的阶段性 ta-siRNA。
- miRProf (miRNA Profiler)：确定与 miRBase 中已知 miRNA 匹配的 sRNA 的标准化表达水平。
- 发夹注释：从 RNA 序列生成二级结构并使用 RNAplot 突出显示感兴趣的区域
- VisSR（sRNA 的可视化）：生成 sRNA 和用户导入的基因组特征的可视化表示。
- PAREsnip2：识别通过降解组证明的 miRNA 靶标
目的
学术/科研
用户界面
Java秋千
程式语言
C++、Java
分类
生物信息学、医学科学应用程序。
这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/srnaworkbench/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中，以便通过我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。
