abyss-pe - الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

abyss-pe - تجميع القراءات في contigs

موجز

الهاوية pe [OPTION] ... [معامل=VALUE] ... [MAKE_TARGET] ...

الوصف

قم بتجميع قراءات ملفات الإدخال في contigs. قد تكون القراءات في FASTA ، FASTQ ،
qseq أو تصدير أو SRA أو SAM أو BAM ويمكن ضغطه باستخدام gz أو bz2 أو xz وقد يكون
ممزوج بالقطران.

abyss-pe هو برنامج نصي Makefile. يمكن أيضًا استخدام أي خيارات صنع مع Abyss-pe.

المعلمات of الهاوية pe
الاسم, اسم العمل
اسم هذا التجمع. سيتم تخزين السقالات الناتجة في
$ {name} -scaffolds.fa.

in ملفات الإدخال. استخدم هذا المتغير عند تجميع البيانات من مكتبة واحدة.

ليب قائمة مقتبسة بأسماء مكتبات مقترنة بنهاية مفصولة بمسافات بيضاء. استخدم هذا المتغير
عند تجميع البيانات من مكتبات متعددة ذات نهايات مقترنة. لكل اسم مكتبة بتنسيق
lib ، يجب على المستخدم تحديد متغير في سطر الأوامر يحمل نفس الاسم ، والذي
يشير إلى ملفات القراءة لتلك المكتبة. يرى أمثلة أدناه للخرسانة
مثال على الاستخدام.

pe قائمة المكتبات ذات النهاية المزدوجة التي سيتم استخدامها فقط لدمج الوحدات في ملفات
contigs ولن يساهم في تسلسل الإجماع.

mp قائمة مكتبات الزوجين المتزاوجين التي سيتم استخدامها للسقالات. مكتبات Mate-pair
لا تساهم في تسلسل الإجماع.

التداول الطويل قائمة مكتبات التسلسل الطويل التي سيتم استخدامها لإعادة التشكيل. تسلسل طويل
المكتبات لا تساهم في تسلسل الإجماع.

se الملفات التي تحتوي على قراءات أحادية النهاية

a الحد الأقصى لعدد فروع الفقاعة [2]

b أقصى طول للفقاعة (بي بي) [10000]

c الحد الأدنى من تغطية k-mer المتوسطة للوحدة [الجذر التربيعي(الوسيط)]

d الخطأ المسموح به في تقدير المسافة (بي بي) [6]

e الحد الأدنى من تغطية k-mer للتآكل [الجذر التربيعي(الوسيط)]

E تغطية الحد الأدنى من تآكل k-mer لكل خصلة [1]

j عدد المواضيع [2]

k حجم k-mer (عندما لا يتم تعيين K) أو مدى زوج k-mer (عند تعيين K)

K حجم k-mer واحد في زوج k-mer (bp)

l الحد الأدنى لطول المحاذاة للقراءة (bp) [k]

m الحد الأدنى من التداخل من وحدتين (BP) [30]

n الحد الأدنى لعدد الأزواج المطلوبة لبناء contigs [10]

N الحد الأدنى لعدد الأزواج المطلوبة لبناء السقالات [n]

p الحد الأدنى من هوية تسلسل الفقاعة [0.9]

q أدنى جودة أساسية عند التشذيب [3]
تقليم القواعد من نهايات القراءات التي تكون جودتها أقل q.

Q أدنى جودة أساسية [0]
قم بإخفاء جميع قواعد القراءة التي تكون جودتها أقل من Q على أنها `` N ''.

s الحد الأدنى من حجم الوحدات المطلوبة لبناء contigs (bp) [200]
يجب أن يكون طول البذرة ضعف قيمة k على الأقل. إذا كان هناك المزيد من التسلسل
مجمعة من حجم الجينوم المتوقع ، حاول زيادة الصورة.

S الحد الأدنى لحجم التلامس المطلوب لبناء السقالات (bp) [s]

SS SS = - SS للتجميع في الوضع الخاص بالخيوط
يتطلب أن تكون جميع المكتبات مكتبات RNA-Seq خاصة بالسلاسل. يفترض ذلك
يتم تبجيل القراءة الأولى في زوج القراءة WRT تسلسل النصوص.

t الحد الأدنى لحجم الحافة (بي بي) [2 كيلو]

v v = -v لتمكين التسجيل المطول

np, فتحات
عدد عمليات تجميع MPI

مبيرون الطريق إلى mpirun

تقويم
البرنامج المراد استخدامه لمحاذاة القراءات مع contigs [map].
القيم المسموح بها هي: map، kaligner، bwa، bwasw، bowtie، bowtie2، dida. انظر
ديدا القسم أدناه للحصول على مزيد من المعلومات حول خيار dida.

cs تحويل contigs مساحة اللون إلى contigs النيوكليوتيد بعد التجميع

مزيد من الخيارات of جعل
-n, --ركض جاف
اطبع الأوامر التي سيتم تنفيذها ، لكن لا تنفذها.

المصنع الأهداف For الهاوية pe
الافتراضي
يعادل "إحصائيات نقطة سقالات السقالات".

الوحدات
تجميع الوحدات.

يونيتيج دوت
قم بإخراج الرسم البياني المتداخل للوحدات.

بي سام تقرأ الخريطة المزدوجة النهاية للوحدات وتخرج ملف SAM. ملف SAM فقط
تحتوي على قراءات تعيين ل contigs مختلفة ، ومعرف القراءة والتسلسل والجودة
سيتم استبدال السلاسل بأحرف "*".

بي بام تقرأ الخريطة المزدوجة النهاية للوحدات ويخرج ملف BAM. ملف BAM فقط
تحتوي على قراءات تعيين ل contigs مختلفة ، ومعرف القراءة والتسلسل والجودة
سيتم استبدال السلاسل بأحرف "*".

فهرس pe
قم بإنشاء فهرس للوحدات التي تستخدمها خريطة الهاوية.

contigs
تجميع contigs.

contigs-dot
إخراج الرسم البياني التداخل contig.

النائب- سام يقرأ Map mate-pair إلى contigs وإخراج ملف SAM. ملف SAM فقط
تحتوي على قراءات تعيين ل contigs مختلفة ، ومعرف القراءة والتسلسل والجودة
سيتم استبدال السلاسل بأحرف "*".

النائب- بام يقرأ Map mate-pair إلى contigs ويخرج ملف BAM. ملف BAM فقط
تحتوي على قراءات تعيين ل contigs مختلفة ، ومعرف القراءة والتسلسل والجودة
سيتم استبدال السلاسل بأحرف "*".

مؤشر النائب
قم بإنشاء فهرس للكونتيج الذي تستخدمه خريطة الهاوية.

سقالات
قم بتجميع السقالات.

سقالات نقطة
إخراج الرسم البياني تراكب السقالة.

scaftigs
كسر السقالات وإنشاء ملف AGP.

سقالات طويلة
Rescaffold باستخدام contigs تجميع RNA-Seq.

طويلة السقالات نقطة
إخراج الرسم البياني تراكب سقالة RNA.

الإحصائيات عرض إحصائيات تواصُل التجميع.

نظيف إزالة الملفات الوسيطة.

الإصدار
اعرض نسخة الهاوية.

الإصدارات
عرض إصدارات جميع البرامج المستخدمة من قبل abyss-pe.

مساعدة اعرض رسالة مفيدة.

ديدا

تدعم ABySS استخدام DIDA (المحاذاة المرسلة للفهرسة الموزعة) ، وهي تعتمد على MPI
إطار المحاذاة لحساب تسلسل المحاذاة عبر أجهزة متعددة. ليستخدم
DIDA مع ABySS ، قم أولاً بتنزيل وتثبيت DIDA من
http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/dida، ثم حدد `dida` كقيمة لـ
ال تقويم المعلمة ل الهاوية pe.

DIDA ذات الصلة الهاوية pe المعلمات
DIDA_MPIRUN
يستخدم الأمر "mpirun" لتشغيل وظائف DIDA.

DIDA_RUN_OPTIONS
خيارات وقت التشغيل مثل عدد سلاسل العمليات لكل رتبة MPI وقيم البيئة
المتغيرات (مثل PATH ، LD_LIBRARY_PATH). قم بتشغيل "abyss-dida --help" للحصول على قائمة بـ
الخيارات المتاحة.

DIDA_OPTIONS
الخيارات التي يتم تمريرها مباشرة إلى ثنائي DIDA. على سبيل المثال ، يمكن استخدام هذا
للتحكم في الحد الأدنى لطول المحاذاة. قم بتشغيل `dida-wrapper --help` لملف
قائمة الخيارات المتاحة.

MPI التوافق
نظرًا لاستخدامها للترابط المتعدد ، فقد عرفت DIDA مشاكل الجمود مع OpenMPI. استخدام
يوصى بشدة بمكتبة MPICH MPI عند تشغيل التجميعات باستخدام DIDA. اختبارات
تم إجراؤه باستخدام MPICH 3.1.3 ، تم تجميعه باستخدام - تمكين - خيوط = قمع.

مثال
تكوين وقت التشغيل الموصى به لـ DIDA هو رتبة MPI لكل جهاز وخيط واحد لكل جهاز
وحدة المعالجة المركزية الأساسية. على سبيل المثال ، لتشغيل تجميع عبر 3 عقد عنقودية تحتوي كل منها على 12 مركزًا ، قم بما يلي:

abyss-pe k = 64 name = ecoli in = 'reads1.fa reads2.fa' aligner = dida
DIDA_RUN_OPTIONS = '- j12' DIDA_MPIRUN = 'mpirun -np 3 -ppn 1 -bind-to board'

يستخدم هذا المثال خيارات سطر أوامر MPICH لـ "mpirun". هنا ، يشير "-np 3"
عدد مراتب MPI ​​، "-ppn 1" تشير إلى عدد مراتب MPI ​​لكل "عقدة" ، و
يعرّف "-bind-to board" "العقدة" على أنها لوحة أم (أي آلة كاملة).

البيئة المتغيرات

يمكن أيضًا تحديد أي معلمة يمكن تحديدها في سطر الأوامر في ملف
متغيرات البيئة.

PATH يجب أن يحتوي على الدليل حيث تم تثبيت ملفات ABySS التنفيذية. استخدم الهاوية-
إصدارات pe` للتحقق من تكوين PATH بشكل صحيح.

تمبير يحدد دليلاً لاستخدامه للملفات المؤقتة

جدولة التكامل
تتكامل ABySS جيدًا مع برامج جدولة الوظائف العنقودية ، مثل:
* SGE (محرك شبكة الشمس)
* نظام الدُفعات المحمولة (PBS)
* مرفق تقاسم الأحمال (LSF)
* آي بي إم LoadLeveler

يمكن استخدام متغيرات بيئة SGE JOB_NAME و SGE_TASK_ID و NSLOTS لتحديد
اسم المعلمات ، k و np ، على التوالي ، وبالمثل للمجدولين الآخرين.

أمثلة

واحد اقتران نهاية مكتبة
abyss-pe k = 64 name = ecoli in = 'reads1.fa reads2.fa'

قد يؤدي إجراء اقتران نهاية المكتبات
abyss-pe k = 64 name = ecoli lib = 'lib1 lib2' \
lib1='lib1_1.fa lib1_2.fa' lib2='lib2_1.fa lib2_2.fa' \
se = 'se1.fa se2.fa'

اقتران نهاية و رفيق الزوج المكتبات
abyss-pe k = 64 name = ecoli lib = 'pe1 pe2' mp = 'mp1 mp2' \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' pe2='pe2_1.fa pe2_2.fa' \
mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' mp2='mp2_1.fa mp2_2.fa' \
se = 'se1.fa se2.fa'

بما فيه RNA- تسلسل المجالس
abyss-pe k = 64 name = ecoli lib = pe1 mp = mp1 long = long1 \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' \
long1 = long1.fa

MPI
abyss-pe np = 8 k = 64 name = ecoli in = 'reads1.fa reads2.fa'

شركة سوسيتيه جنرال
qsub -N ecoli -t 64 -pe openmpi 8 \
abyss-pe n = 10 in = 'reads1.fa reads2.fa'

استخدم abyss-pe عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net