هذا هو الأمر alimask الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
أليماسك - أضف خط القناع إلى محاذاة تسلسل متعدد
موجز
أليماسك [خيارات]
الوصف
أليماسك يستخدم لتطبيق خط قناع على محاذاة متعددة التسلسل ، بناءً على المقدمة
المحاذاة أو إحداثيات النموذج. متى hmmbuild يتلقى محاذاة مقنعة كمدخلات
ينتج نموذج ملف تعريف يتم فيه تعيين احتمالات الانبعاث في المواقع المقنعة
لمطابقة تردد الخلفية ، بدلاً من ضبطه بناءً على الترددات المرصودة في
المحاذاة. لا يتم تغيير معدلات الإدراج والحذف الخاصة بالموضع ، حتى في
مناطق ملثمة. أليماسك يكتشف تنسيق الإدخال تلقائيًا ، وينتج محاذاة مقنعة بتنسيق
تنسيق ستوكهولم. قد تحتوي على محاذاة تسلسلية واحدة فقط.
الدافع الشائع لإخفاء منطقة في محاذاة هو أن المنطقة تحتوي على ملف
تكرار الترادف البسيط الذي لوحظ أنه يتسبب في معدل مرتفع بشكل غير مقبول للإيجابية الكاذبة
الزيارات.
في أبسط الحالات ، يتم إعطاء نطاق القناع في الإحداثيات بالنسبة للإدخال
المحاذاة باستخدام - Alirange . ومع ذلك فإنه في كثير من الأحيان الحال أن تكون المنطقة
تم تحديد ملثمين في إحداثيات تتعلق بنموذج الملف الشخصي (على سبيل المثال بناءً على
التعرف على نمط تكرار بسيط في محاذاة ضربات خاطئة أو في شعار HMM). ليس كل شيء
يتم تحويل أعمدة المحاذاة لتتناسب مع مواضع الحالة في ملف التعريف (انظر ملف - سيمفراك
علم ل hmmbuild للمناقشة) ، لذلك لا تتطابق المواقف النموذجية بالضرورة مع
مواضع عمود المحاذاة. لإزالة عبء تحويل مواضع النموذج إلى
مواقف المحاذاة ، أليماسك يقبل إدخال نطاق القناع في إحداثيات النموذج أيضًا ،
استخدام --نموذج . عند استخدام هذا العلم ، أليماسك يحدد أي محاذاة
سيتم تحديد المواقف من خلال hmmbuild مثل حالات المطابقة ، وهي عملية تتطلب ذلك
الكل hmmbuild يتم تقديم الأعلام التي تؤثر على هذا القرار إلى أليماسك. ولهذا السبب
أن العديد من hmmbuild يتم استخدام الأعلام أيضًا بواسطة أليماسك.
OPTIONS
-h يساعد؛ اطبع تذكيرًا موجزًا باستخدام سطر الأوامر وجميع الخيارات المتاحة.
-o قم بتوجيه إخراج الملخص إلى ملف بدلا من المعياري.
OPTIONS لأي التحديد MASK RANGE
يتم إعطاء نطاق قناع واحد كزوج مفصول بشرطة ، مثل --نموذج 10-20 و
يمكن إرسال نطاقات متعددة كقائمة مفصولة بفواصل ، --نموذج 10-20,30-42.
--نموذج
قم بتوفير النطاق (النطاقات) المحددة في إحداثيات النموذج.
- Alirange
قم بتوفير النطاق (النطاقات) المحددة في إحداثيات المحاذاة.
- قناع
أضف إلى القناع الموجود مع المحاذاة. الافتراضي هو الكتابة فوق أي
القناع الموجود.
- نموذج 2ali
بدلاً من إنتاج المحاذاة المقنعة بالفعل ، قم ببساطة بطباعة نطاق (نطاقات) النموذج
المقابلة لنطاق (نطاقات) محاذاة الإدخال.
--ali2model
بدلاً من إنتاج المحاذاة المقنعة بالفعل ، قم ببساطة بطباعة نطاق (نطاقات) المحاذاة
المقابلة لنطاق (نطاقات) نموذج الإدخال.
OPTIONS لأي التحديد ال الأبجدية
يتم الكشف عن نوع الأبجدية (أمينو أو DNA أو RNA) تلقائيًا بشكل افتراضي ، من خلال النظر إلى
تكوين com.msafile. عادة ما يكون الاكتشاف التلقائي موثوقًا تمامًا ، ولكن في بعض الأحيان
قد يكون نوع الأبجدية غامضًا وقد يفشل الاكتشاف التلقائي (على سبيل المثال ، في لعبة صغيرة
محاذاة عدد قليل من المخلفات). لتجنب ذلك ، أو لزيادة المتانة في التشغيل الآلي
خطوط أنابيب التحليل ، يمكنك تحديد نوع الأبجدية من com.msafile مع هذه الخيارات.
--امينو
حدد أن كل التسلسلات بتنسيق com.msafile هي بروتينات.
--الحمض النووي حدد أن كل التسلسلات بتنسيق com.msafile هي الحمض النووي.
--rna حدد أن كل التسلسلات بتنسيق com.msafile هي RNAs.
OPTIONS المتابعة الملف الشخصي إنشاءات
تتحكم هذه الخيارات في كيفية تعريف أعمدة التوافق في المحاذاة.
--بسرعة حدد أعمدة الإجماع على أنها الأعمدة التي تحتوي على كسر> = سيمفراك من المخلفات مثل
مقابل الثغرات. (انظر أدناه للحصول على - سيمفراك الخيار.) هذا هو الافتراضي.
--يُسلِّم حدد أعمدة الإجماع في ملف التعريف التالي باستخدام التعليق التوضيحي المرجعي إلى المضاعفات
تنسيق. هذا يسمح لك بتحديد أي أعمدة توافق في الآراء تريدها.
- سيمفراك
حدد عتبة الكسر المتبقي اللازمة لتحديد عمود توافق متى
يستخدم ال --بسرعة خيار. الافتراضي هو 0.5. كسر الرمز في كل عمود هو
محسوبة بعد أخذ ترجيح التسلسل النسبي في الاعتبار ، وتجاهل الفجوة
الأحرف المقابلة لنهايات أجزاء التسلسل (على عكس الداخلية
عمليات الإدراج / الحذف). تعيين هذا على 0.0 يعني أن كل عمود محاذاة سيفعل ذلك
يتم تعيينه كإجماع ، والذي قد يكون مفيدًا في بعض الحالات. ضبطه على 1.0
يعني أن الأعمدة التي تتضمن 0 فجوات فقط (عمليات الإدراج / الحذف الداخلية) ستكون كذلك
كإجماع.
- فراجثريش
نريد فقط حساب الفجوات النهائية على أنها عمليات حذف إذا كان التسلسل المحاذي معروفًا
أن يكون كامل الطول ، ليس إذا كان جزءًا (على سبيل المثال ، لأن جزءًا منه فقط
تم تسلسله). يستخدم HMMER قاعدة بسيطة لاستنتاج الأجزاء: إذا كان طول التسلسل
L أصغر من أو يساوي كسرًا مرات طول المحاذاة في الأعمدة ،
ثم يتم التعامل مع التسلسل على أنه جزء. الافتراضي هو 0.5. جلسة
- فراجثريش0 سيحدد أي تسلسل (غير فارغ) كقطعة ؛ قد ترغب في ذلك
افعل هذا إذا كنت تعلم أنك حصلت على محاذاة كاملة الطول منسقة بعناية
التسلسلات. جلسة - فراجثريش1 سيحدد جميع التسلسلات على أنها شظايا ؛ يمكنك
تريد القيام بذلك إذا كنت تعلم أن محاذاة تتكون بالكامل من أجزاء ، مثل
كما ترجمت قراءات قصيرة في بيانات بندقية ميتاجينومية.
OPTIONS المتابعة نسبيا WEIGHTS
يستخدم HMMER خوارزمية ترجيح تسلسل مخصص لتقليل أهمية التسلسلات وثيقة الصلة
وزيادة الوزن منها ذات الصلة البعيدة. هذا له تأثير جعل النماذج أقل تحيزًا
التمثيل غير المتكافئ النشوء والتطور. على سبيل المثال ، عادة ما يكون هناك تسلسلين متطابقين
يحصل كل منها على نصف الوزن الذي يحصل عليه التسلسل الواحد. هذه الخيارات تتحكم في ملفات
يتم استخدام الخوارزمية.
--wpb استخدم مخطط الوزن المتسلسل المستند إلى الموضع Henikoff [Henikoff و Henikoff ،
J. مول. بيول. 243: 574 ، 1994]. هذا هو الافتراضي.
--wgsc استخدم خوارزمية الترجيح Gerstein / Sonnhammer / Chothia [Gerstein et al، J. Mol.
بيول. 235: 1067 ، 1994].
- بلوسوم
استخدم نفس مخطط التجميع الذي تم استخدامه لوزن البيانات في حساب BLOSUM
مصفوفات الإحالة [Henikoff and Henikoff، Proc. ناتل. أكاد. علوم 89: 10915 ، 1992].
التسلسلات عبارة عن رابطة أحادية الارتباط مجمعة عند عتبة الهوية (الافتراضي 0.62 ؛ راجع
- معرَّض) وضمن كل مجموعة من متواليات c ، يحصل كل تسلسل على وزن نسبي
1 / ج.
- وحيد
لا توجد أوزان نسبية. يتم تعيين وزن موحد لجميع التسلسلات.
- معرَّض
يضبط حد الهوية المستخدم بواسطة نظام المجموعة أحادي الارتباط عند الاستخدام - بلوسوم.
غير صالح مع أي نظام ترجيح آخر. الافتراضي هو 0.62.
أخرى OPTIONS
--معلومات
تعلن أن الإدخال com.msafile في شكل . حاليا المضاعف المقبول
تتضمن تنسيقات ملفات تسلسل المحاذاة ستوكهولم و Aligned FASTA و Clustal و NCBI
PSI-BLAST و PHYLIP و Selex و UCSC SAM A2M. الافتراضي هو الكشف التلقائي عن تنسيق
الملف.
--بذرة
زرع مولد الأرقام العشوائية مع ، عدد صحيح> = 0. إذا غير صفري ، أي
ستكون المحاكاة العشوائية قابلة للتكرار ؛ نفس الأمر سيعطي نفس الشيء
النتائج. لو هو 0 ، يتم تصنيف مولد الأرقام العشوائية بشكل تعسفي ، و
سوف تختلف عمليات المحاكاة العشوائية من تشغيل إلى تشغيل نفس الأمر. الافتراضي
البذرة 42.
استخدم alimask عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
