هذا هو مخطط الأوامر الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
amap - محاذاة متعددة للبروتين عن طريق التلدين التسلسلي
موجز
خريطة [OPTION] [مافايل] [مافايل]
الوصف
AMAP هي أداة لإجراء محاذاة متعددة للتسلسلات الببتيدية. يستخدم اللاحق
فك التشفير ، ومحاذاة التلدين التسلسلي ، بدلاً من التدريجي التقليدي
طريقة المحاذاة. إنه برنامج المحاذاة الوحيد الذي يسمح للمرء بالتحكم في ملف
مقايضة الحساسية / النوعية. يعتمد على كود مصدر ProbCons ، لكنه يستخدم
دقة قياس المحاذاة والقضاء على تحويل الاتساق.
في التكوين الافتراضي ، يتم ضبط AMAP لزيادة مقياس المحاذاة المتوقع
درجة الدقة (AMA) - مقياس جديد لدقة المحاذاة ، استنادًا إلى مقياس لـ
مساحة محاذاة متعددة ، والتي تدمج الحساسية والخصوصية في واحدة
مقياس متوازن. يتم تعريف AMA على أنه جزء من المخلفات المحاذاة بشكل صحيح (إما إلى
بقايا أخرى أو فجوة) من إجمالي عدد البقايا في جميع المتتاليات.
خريطة يوازن التسلسلات المتوفرة بتنسيق MFA. يتكون هذا التنسيق من تسلسلات متعددة.
يبدأ كل تسلسل بتنسيق MFA بوصف من سطر واحد ، متبوعًا بسطر
بيانات التسلسل. يتم تمييز سطر الوصف عن بيانات التسلسل بواسطة a
أكبر من (">") في العمود الأول.
OPTIONS
-كلوستالو
استخدم تنسيق الإخراج CLUSTALW بدلاً من MFA
-c --تناسق اعادة \ عد
استخدم 0 <= اعادة \ عد <= 5 (افتراضي: 0) يمر من تحويل التناسق
الأشعة تحت الحمراء - صقل متكرر اعادة \ عد
استخدم 0 <= اعادة \ عد <= 1000 (افتراضي: 0) تمريرات للتنقيح التكراري
- قبل --التدريب قبل اعادة \ عد
استخدم 0 <= اعادة \ عد <= 20 (افتراضي: 0) جولات من التدريب المسبق
-أزواج
إنشاء جميع الأزواج المحاذاة الزوجي
-فيتربي
استخدم خوارزمية Viterbi لإنشاء جميع الأزواج (تُمكن تلقائيًا -أزواج)
-v - الإسراف
الإبلاغ عن التقدم أثناء المحاذاة (الافتراضي: إيقاف)
-لا اسم الملف
كتابة تعليق توضيحي لمحاذاة متعددة ل اسم الملف
-t --يدرب اسم الملف
حساب احتمالات انتقال EM ، وتخزينها اسم الملف (افتراضي: لا تدريب)
-e - الإرساليات
إعادة تقدير احتمالات الانبعاث (الافتراضي: إيقاف)
-p --ملف المعلمة اسم الملف
قراءة المعلمات من اسم الملف (تقصير: )
-a - ترتيب المحاذاة
تسلسلات الطباعة بترتيب المحاذاة بدلاً من ترتيب الإدخال (افتراضي: إيقاف)
-g - عامل الفجوة GF
تستخدم GF كمعامل عامل الفجوة ، مضبوط على 0 للحصول على أفضل حساسية ، وقيم أعلى لـ
نوعية أفضل (الافتراضي: 0.5)
-w - عتبة الوزن W
أوقف عملية التلدين المتسلسل عندما يكون وزن الحافة الأفضل أقل من W، اضبط على 0
لأفضل حساسية ، قيم أعلى لتحسين نوعية (الافتراضي: 0)
-بروج --تدريجي
استخدام المحاذاة التدريجية بدلاً من محاذاة التلدين التسلسلية (افتراضي: إيقاف)
-لا ترتيب - لا حافة إعادة الترتيب
تعطيل إعادة ترتيب الحواف أثناء محاذاة التلدين بالتسلسل (الافتراضي: إيقاف)
-الخطوة القصوى --استخدام الحد الأقصى للحجم
استخدم الحد الأقصى لحجم خطوة التحسين بدلاً من ترتيب حافة tGf (افتراضي: إيقاف)
-طباعة - طباعة الخلفية
فقط اطبع مصفوفات الاحتمال اللاحق (الافتراضي: إيقاف)
-Gui إبدأ الخطوة
إخراج الطباعة لواجهة المستخدم الرسومية المستندة إلى AMAP Display Java (الافتراضي:) بدءًا من الوزن إبدأ
(افتراضي: ما لا نهاية) بحجم الخطوة الخطوة (تقصير: )
أمثلة
لتشغيل AMAP مع الخيارات الافتراضية ، قم بالتغيير إلى ملف و الدليل والنوع:
% خريطة
إذا لم يتم توفير اسم ملف ، فستتم طباعة قائمة الخيارات.
من أجل استخدام شاشة AMAP ، قم بتشغيل AMAP مع الخيار -gui ، واحفظ الإخراج في ملف
ملف ، ثم استخدم الملف كمدخل إلى AmapDisplay. على سبيل المثال ، اكتب:
% محاذاة / amap -Gui أمثلة / BB12020.tfa > أمثلة / BB12020.tfa.out
% جافا -إناء عرض / AmapDisplay.jar أمثلة / BB12020.tfa.out
(على أنظمة دبيان ، فإن ملف أمثلة الدليل موجود في / usr / share / doc / amap-align / أمثلة
نوت
في الإصدارات الأقدم (<2.0-1) من حزمة أنظمة دبيان (TM) ، فإن ملف خريطة كان الأمر
إعادة تسمية amap- محاذاة لأنه كان هناك بالفعل أداة أخرى تسمى خريطة (الذي ينفذ بعض
تشخيصات شبكة الكمبيوتر). ارتباط رمزي amap- محاذاة لا يزال متاحًا للترقية
ولكن ستتم إزالتها في إصدارات دبيان اللاحقة لـ Etch (Debian 4.0).
استخدم amap عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
