هذا هو الأمر autogrid4 الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
autogrid - إعداد البروتين والرابط لتحليل AutoDock
موجز
الشبكة التلقائية4 [الخيارات] -p ملف معلمة الشبكة
الوصف
شبكة تلقائية يعد تمثيلًا شبكيًا ثلاثي الأبعاد لطاقات التفاعل غير التساهمية التي
سوف تواجه أنواع مختلفة من ذرات الترابط التي يحددها المستخدم حول هدف محدد من قبل المستخدم
جزيء ضخم. بالإضافة إلى ذلك ، الجهد الكهربائي وشبكة الطاقة الخالية من الذوبان
يمكن أيضًا حساب الخرائط. يتم تخزين خرائط الشبكة في ملفات نصية عادية بامتداد
التمديد ".map" ويطلبه AutoDock 4 لأداء عمليات الإرساء. AutoGrid أيضا
يخرج ملف ".xyz" الذي يصف النطاقات المكانية لمربع الشبكة ، و AVS
الحقل ".fld" الذي يصف المجموعة المتسقة من خرائط شبكة التقارب الذرية التي
تم حسابهما معًا لجزيء كبير مستهدف معين. ملاحظة: من الضروري أن
حساب خرائط الشبكة لجميع أنواع الذرة في الترابط أو مجموعة الروابط التي ستكون
رست ، بالإضافة إلى خريطة شبكة الجهد الكهروستاتيكي وخريطة طاقة خالية من الذوبان.
على سبيل المثال ، إذا كان الترابط يحتوي على كربون أليفاتي وأكسجين يقبل رابطة الهيدروجين
atom ، سيكون من الضروري حساب كل من خريطة "C" وخريطة "OA". يرى
http://autodock.scripps.edu/faqs-help/faq/where-do-i-set-the-autodock-4-force-field-
معلمات لمزيد من المعلومات حول أنواع ذرات AutoDock 4.
من الأفضل إعداد المدخلات إلى AutoGrid باستخدام مجموعة البرامج AutoDockTools. لا يوجد
طريقة لتشغيل autodock4 بدون شبكة.
OPTIONS
-o استخدم تنسيق PDBq القديم (q في الأعمدة 55-61)
-u معلومات الاستخدام ، أيضًا -h على دبيان.
-d زيادة الإسهاب في الرسائل للمساعدة في تصحيح الأخطاء.
-l ملف تسجيل
-p filename يحدد ملف معلمة الشبكة
مثال
تتوفر مجموعة من الاختبارات باستخدام مصادر AutoGrid التي يمكن استخدامها على النحو التالي:
$ D = / usr / share / doc / autogrid / Tests
$ cd / تمة
$ ln -s $ D / AD4_parameters.dat.
$ gunzip -c $ D / hsg1_sm.pdbqt.gz> hsg1_sm.pdbqt
$ autogrid4 -p $ D / hsg1_no_receptor_types.gpf -l hsg1_no_receptor_types.glg
يقوم هذا الأمر بإعداد ملفات خريطة الشبكة لكل نوع من أنواع atom AutoDock المحددة في ملف
ملف معلمة الشبكة (في هذه الحالة: hsg1_sm.A.map ، hsg1_sm.C.map ، hsg1_sm.d.map ،
hsg1_sm.e.map ، hsg1_sm.HD.map ، hsg1_sm.NA.map ، hsg1_sm.N.map ، hsg1_sm.OA.map) ، خريطة AVS
ملف الحقل (hsg1_sm.maps.fld) و hsg1_sm.maps.xyz. لإجراء حساب تصويب ،
يجب تنفيذ AutoDock ، على الرغم من أنه يتطلب ملف معلمة إرساء منفصل (بامتداد
التمديد .dpf). يشير "DPF" إلى ملفات خريطة الشبكة الضرورية لرسو السفن
ويسمح بتعيين معلمات مهمة أخرى ، مثل طريقة البحث وكيف
العديد من عمليات الإرساء لأداء.
استخدم autogrid4 عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
