بابل - الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

بابل, اوبابيل - محول لملفات بيانات الكيمياء والنمذجة الجزيئية

موجز

بابل [-H خيارات المساعدة]
بابل [OPTIONS] [-i نوع الإدخال] شرير [-o نوع الإخراج] ملف

اوبابيل [-H خيارات المساعدة]
اوبابيل [OPTIONS] [-i نوع الإدخال | -"ابتسامة سلسلة"] شرير [-o نوع الإخراج] -O ملف

الوصف

بابل هو برنامج عبر الأنظمة الأساسية مصمم للتحويل بين العديد من تنسيقات الملفات المستخدمة في
النمذجة الجزيئية والكيمياء الحسابية والمجالات ذات الصلة.

اوبابيل و بابل تختلف قليلاً. الأول أقرب إلى اصطلاح يونكس العادي
لبرامج سطر الأوامر وأكثر مرونة عندما يحتاج المستخدم إلى تحديد قيم المعلمات
على الخيارات. مع بابل هذا يعمل فقط عندما يكون الخيار هو الأخير على السطر ؛ مع اوبابيل
لا ينطبق مثل هذا القيد. كما أن لديها اختصار لدخول سلاسل SMILES ، والتي
يمكن استخدامها في مكان ملف الإدخال.

Open Babel هو أيضًا مجموعة أدوات كاملة للمبرمجين لتطوير برامج الكيمياء. ل
مزيد من المعلومات ، انظر صفحات ويب Open Babelhttp://openbabel.org/>.

OPTIONS

إذا تم تقديم ملفات الإدخال والإخراج فقط ، فسيخمن Open Babel نوع الملف من ملف
امتداد اسم الملف.

-"ابتسامة سلسلة"
أدخل سلسلة SMILES واستخدمها بدلاً من ملف الإدخال. يجب أن تكون سلسلة SMILES
بين علامتي اقتباس. يمكن استخدام أكثر من واحد ، ويمكن استخدام عنوان الجزيء
متضمنة إذا تم تضمينها في علامات الاقتباس.

-a الخيارات
خيارات الإدخال الخاصة بالتنسيق. يرى -H شكل معرف للخيارات التي يسمح بها معين
شكل

- العنوان
إلحاق نص بعنوان الجزيء الحالي

- صيغة
قم بإلحاق الصيغة الجزيئية بعد عنوان الجزيء الحالي

-b تحويل السندات الأصلية: على سبيل المثال ، [N +] ([O -]) = O إلى N (= O) = O

-c مركز الإحداثيات الذرية عند (0,0,0،XNUMX،XNUMX)

-C ادمج الجزيئات في الملف الأول مع الجزيئات الأخرى التي لها نفس الاسم

-e تواصل بعد الأخطاء

-d احذف الهيدروجين

--- خطأ 2
تصفية مستوى الأخطاء والتحذيرات المعروضة:
1 = أخطاء فادحة فقط
2 = تضمين التحذيرات أيضًا (افتراضي)
3 = تضمين الرسائل الإعلامية أيضًا
4 = تضمين رسائل "سجل التدقيق" الخاصة بالتغييرات في البيانات
5 = تضمين رسائل التصحيح أيضًا

-f # بالنسبة لمدخلات متعددة ، ابدأ الاستيراد باستخدام الجزيء # كإدخال أول

-F إخراج أنواع البصمات المتاحة

-h أضف الهيدروجين

-H معلومات استخدام الإخراج

-H شكل معرف
معلومات تنسيق الإخراج وخيارات التنسيق المحدد

-قاعة
معلومات تنسيق الإخراج وخيارات لجميع التنسيقات

-أنا
يحدد تنسيق الإدخال ، انظر أدناه للحصول على التنسيقات المتاحة

-j

--ينضم
انضم إلى جميع جزيئات الإدخال في إدخال جزيء خرج واحد

-k ترجمة الكلمات الرئيسية لنمذجة الكيمياء الحسابية (على سبيل المثال ، GAMESS و Gaussian)

-m إنتاج ملفات إخراج متعددة للسماح بما يلي:
- تقسيم ملف إدخال واحد - ضع كل جزيء في ترقيم متتالي
ملفات الإخراج
- تحويل الدُفعات - تحويل كل ملف من ملفات الإدخال المتعددة إلى ملف
تنسيق الإخراج

-l # بالنسبة لمدخلات متعددة ، توقف عن الاستيراد باستخدام جزيء # كإدخال أخير

-o شكل معرف
يحدد تنسيق الإخراج ، انظر أدناه للتنسيقات المتاحة

-O ملف
حدد ملف الإخراج. ينطبق هذا الخيار على اوبابيل فقط.

-p أضف الهيدروجين المناسب للأس الهيدروجيني (استخدم تحويلات في phmodel.txt)

--ملكية
إضافة أو استبدال خاصية (على سبيل المثال ، في ملف MDL SD)

-s SMARTS
قم بتحويل الجزيئات التي تطابق نمط SMARTS المحدد فقط

--منفصل
افصل الأجزاء المنفصلة في السجلات الجزيئية الفردية

-t تصف جميع ملفات الإدخال جزيء واحد

--لقب لقب
أضف أو استبدل العنوان الجزيئي

-x الخيارات
خيارات الإخراج الخاصة بالتنسيق. يرى -H شكل معرف للخيارات التي يسمح بها معين
شكل

-v SMARTS
تحويل الجزيئات فقط لا تم تحديد نمط SMARTS المطابق

-V رقم إصدار الإخراج والخروج

-z ضغط الإخراج باستخدام gzip

FILE صيغ

التنسيقات التالية مدعومة حاليًا بواسطة Open Babel:
acr - كارين ASCI كريستال
تنسيق alc - Alchemy
arc - Accelrys / MSI Biosym / Insight II CAR format [للقراءة فقط]
bgf - تنسيق MSI BGF
صندوق - تنسيق Dock 3.5 Box
بكالوريوس - تنسيق الكرة والعصا
c3d1 - تنسيق Chem3D الديكارتي 1
c3d2 - تنسيق Chem3D الديكارتي 2
caccrt - تنسيق كاكاو ديكارتي
ذاكرة التخزين المؤقت - تنسيق CAChe MolStruct [كتابة فقط]
cacint - تنسيق Cacao الداخلي [كتابة فقط]
يمكن - تنسيق الابتسامات الكنسي
السيارة - تنسيق Accelrys / MSI Biosym / Insight II CAR [للقراءة فقط]
ccc - تنسيق CCC [للقراءة فقط]
cdx - تنسيق ChemDraw الثنائي [للقراءة فقط]
cdxml - تنسيق ChemDraw CDXML
cht - تنسيق Chemtool [كتابة فقط]
cif - ملف معلومات علم البلورات
cml - لغة الترميز الكيميائية
cmlr - تنسيق تفاعل CML
com - Gaussian 98/03 المدخلات الديكارتية [كتابة فقط]
نسخ - نسخ نص خام [كتابة فقط]
crk2d - تنسيق الرسم التخطيطي ثنائي الأبعاد لمجموعة الموارد الكيميائية
crk3d - تنسيق مجموعة الموارد الكيميائية ثلاثية الأبعاد
csr - تنسيق Accelrys / MSI Quanta CSR [كتابة فقط]
cssr - تنسيق CSD CSSR [كتابة فقط]
ct - تنسيق جدول اتصال ChemDraw
dmol - تنسيق إحداثيات DMol3
ent - تنسيق بنك بيانات البروتين
fa - تنسيق FASTA [كتابة فقط]
fasta - تنسيق FASTA [كتابة فقط]
fch - تنسيق ملف نقطة تفتيش غاوسي [للقراءة فقط]
fchk - تنسيق ملف نقطة تفتيش غاوسي [للقراءة فقط]
fck - تنسيق ملف نقطة تفتيش غاوسي [للقراءة فقط]
الفذ - تنسيق الميزة
fh - تنسيق Fenske-Hall Z-Matrix [كتابة فقط]
الإصلاح - تنسيق SMILES FIX [كتابة فقط]
fpt - تنسيق بصمة الإصبع [كتابة فقط]
fract - تنسيق كسور حر
fs - فتح قاعدة بيانات Babel FastSearching
fsa - تنسيق FASTA [كتابة فقط]
g03 - Gaussian 98/03 Output [للقراءة فقط]
g98 - Gaussian 98/03 Output [للقراءة فقط]
gam - GAMESS Output [للقراءة فقط]
gamin - إدخال GAMESS [كتابة فقط]
gamout - GAMESS Output [للقراءة فقط]
gau - Gaussian 98/03 المدخلات الديكارتية [للكتابة فقط]
gjc - Gaussian 98/03 المدخلات الديكارتية [كتابة فقط]
gjf - المدخلات الديكارتية Gaussian 98/03 [للكتابة فقط]
gpr - التنسيق الكيميائي
gr96 - تنسيق GROMOS96 [كتابة فقط]
hin - تنسيق HyperChem HIN
inchi - IUPAC InChI [كتابة فقط]
inp - GAMESS Input [كتابة فقط]
الإضافية - تنسيق ShelX [للقراءة فقط]
jin - تنسيق إدخال Jaguar [كتابة فقط]
jout - تنسيق إخراج Jaguar [للقراءة فقط]
mdl - تنسيق MDL MOL
mmd - تنسيق MacroModel
mmod - تنسيق MacroModel
mol - تنسيق MDL MOL
mol2 - شكل Sybyl Mol2
molreport - فتح تقرير جزيء بابل [كتابة فقط]
moo - تنسيق إخراج MOPAC [للقراءة فقط]
ممسحة - تنسيق MOPAC ديكارتي
mopcrt - تنسيق MOPAC ديكارت
موبين - موباك داخلي
mopout - تنسيق إخراج MOPAC [للقراءة فقط]
mpc - تنسيق MOPAC الديكارتي
mpd - تنسيق واصف Sybyl [كتابة فقط]
mpqc - تنسيق إخراج MPQC [للقراءة فقط]
mpqcin - تنسيق إدخال مبسط MPQC [كتابة فقط]
nw - تنسيق إدخال NWChem [كتابة فقط]
nwo - تنسيق إخراج NWChem [للقراءة فقط]
pc - تنسيق PubChem [للقراءة فقط]
تنسيق pcm - PCModel
pdb - تنسيق بنك بيانات البروتين
pov - تنسيق الإدخال POV-Ray [كتابة فقط]
pqs - تنسيق حلول الكم المتوازية
الإعدادية - تنسيق Amber Prep [للقراءة فقط]
qcin - تنسيق إدخال Q-Chem [كتابة فقط]
qcout - تنسيق إخراج Q-Chem [للقراءة فقط]
تقرير - فتح تنسيق تقرير بابل [كتابة فقط]
res - تنسيق ShelX [للقراءة فقط]
rxn - تنسيق MDL RXN
sd - تنسيق MDL MOL
sdf - تنسيق MDL MOL
SMI - تنسيق الابتسامات
sy2 - تنسيق Sybyl Mol2
tdd - تنسيق حراري
اختبار - تنسيق الاختبار [كتابة فقط]
Thermo - تنسيق Thermo
tmol - تنسيق تنسيق TurboMole
txyz - تنسيق Tinker MM2 [كتابة فقط]
unixyz - تنسيق UniChem XYZ
vmol - تنسيق ViewMol
xed - تنسيق XED [كتابة فقط]
xml - تنسيق XML العام [للقراءة فقط]
xyz - تنسيق الإحداثيات الديكارتية XYZ
yob - تنسيق YASARA.org YOB
zin - تنسيق الإدخال ZINDO [كتابة فقط]

FORMAT OPTIONS

قد تحتوي تنسيقات الملفات الفردية على خيارات تنسيق إضافية.

خيارات تنسيق الإدخال مسبوقة بـ "a" ، على سبيل المثال -as

خيارات تنسيق الإخراج مسبوقة بـ "x" ، على سبيل المثال -xn

لمزيد من المعلومات والخيارات المحددة ، استخدم -H
على سبيل المثال ، -Hcml

أمثلة

التحويل القياسي:
بابل-ixyz إيثانول.xyz-opdb إيثانول.pdb
التحويل من ملف SMI في STDIN إلى ملف Mol2 مكتوب إلى STDOUT:
بابل -سمي -ومول 2
قم بتقسيم ملف متعدد الجزيئات إلى new1.smi ، new2.smi ، إلخ:
بابل infile.mol new.smi -m

استخدم Babel عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net