هذا هو الأمر الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
ربطة العنق - بناء مؤشر فضاء ألوان لربطة العنق
موجز
ربطة العنق [الخيارات]*
الوصف
مرجع_in
قائمة من الملفات مفصولة بفواصل مع تسلسل المرجع
ebwt_outfile_base
كتابة بيانات Ebwt إلى ملفات بهذا الاسم dir / basename
OPTIONS
-f الملفات المرجعية هي Fasta (افتراضي)
-c التسلسلات المرجعية المعطاة على خط cmd (مثل )
--مؤشر كبير
مؤشر توليد القوة ليكون "كبيرًا" ، حتى لو كان المرجع أقل من 4 مليارات
النيوكليوتيدات
-C/--لون
بناء مؤشر فضاء الألوان
-a/ - noauto
تعطيل تلقائي -p/ - bmax / - تركيب ذاكرة DCV
-p/--معباه
استخدام السلاسل المعبأة داخليا ؛ أبطأ ، يستخدم ذاكرة أقل
--بماكس
max bucket sz لمنشئ مجموعة اللاحقة blockwise
--bmaxdivn
max bucket sz كمقسوم على ref len (افتراضي: 4)
--dcv
فترة غطاء الفرق لـ blockwise (الافتراضي: 1024)
--nodc تعطيل غطاء فرق (الخوارزمية تصبح تربيعية)
-r/ - نورف
لا تقم ببناء جزء .3 / .4.ebwt (مرجع معبأ)
-3/ - justref
فقط قم ببناء جزء .3 / .4.ebwt (مرجع معبأ)
-o/ - offrate
يتم أخذ عينات SA كل 2 ^ offRate BWT chars (الافتراضي: 5)
-t/ - ftabchars
عدد الأحرف المستهلكة في البحث الأولي (الافتراضي: 10)
- نتوا تحويل Ns في إشارة إلى As
--بذرة
البذور لمولد رقم عشوائي
-q/--هادئ
إخراج مطول (للتصحيح)
-h/--يساعد
طباعة وصف مفصل للأداة وخياراتها
--استخدام
اطبع رسالة الاستخدام هذه
--الإصدار
طباعة معلومات الإصدار وإنهاء
64 بت مبني على lgw01-11 الخميس 26 نوفمبر 11:11:03 UTC 2015 مترجم: إصدار مجلس التعاون الخليجي 5.2.1 20151123
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) الخيارات: -O3 -WL، - أسلوب التجزئة = كليهما -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2
- حامي - قوي -Wformat -خطأ=تنسيق الأمن -g -O2 - حامي - قوي
-Wformat -خطأ=تنسيق الأمن -WLوظائف رمزية -WL، -z، relro Sizeof {int، long،
long long، void *، size_t، off_t}: {4، 8، 8، 8، 8، 8}
استخدم Bowtie-build عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
