هذا هو الأمر Bowtie2-build الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
Bowtie2-build - غلاف ربطة العنق 2-build-*
موجز
Bowtie2-build [الخيارات]*
الوصف
Bowtie 2 الإصدار 2.2.6 بواسطة Ben Langmead ([البريد الإلكتروني محمي]، www.cs.jhu.edu/~langmea)
مرجع_in
قائمة من الملفات مفصولة بفواصل مع تسلسل المرجع
bt2_index_base
اكتب بيانات bt2 إلى الملفات التي تحمل اسم dir / basename هذا
*** تعمل مؤشرات Bowtie 2 فقط مع الإصدار 2 (وليس الإصدار 1). وبالمثل بالنسبة لفهارس v1. ***
OPTIONS
-f الملفات المرجعية هي Fasta (افتراضي)
-c التسلسلات المرجعية المعطاة على خط cmd (مثل )
--مؤشر كبير
مؤشر توليد القوة ليكون "كبيرًا" ، حتى لو كان المرجع أقل من 4 مليارات
النيوكليوتيدات
-a/ - noauto
تعطيل تلقائي -p/ - bmax / - تركيب ذاكرة DCV
-p/--معباه
استخدام السلاسل المعبأة داخليا ؛ أبطأ ، ذاكرة أقل
--بماكس
max bucket sz لمنشئ مجموعة اللاحقة blockwise
--bmaxdivn
max bucket sz كمقسوم على ref len (افتراضي: 4)
--dcv
فترة غطاء الفرق لـ blockwise (الافتراضي: 1024)
--nodc تعطيل غطاء فرق (الخوارزمية تصبح تربيعية)
-r/ - نورف
لا تنشئ ملفات فهرس .3 / .4
-3/ - justref
فقط قم ببناء ملفات فهرسة .3 / .4
-o/ - offrate
يتم أخذ عينات SA كل 2 ^ أحرف BWT (الافتراضي: 5)
-t/ - ftabchars
عدد الأحرف المستهلكة في البحث الأولي (الافتراضي: 10)
--بذرة
البذور لمولد رقم عشوائي
-q/--هادئ
إخراج مطول (للتصحيح)
-h/--يساعد
طباعة وصف مفصل للأداة وخياراتها
--استخدام
اطبع رسالة الاستخدام هذه
--الإصدار
طباعة معلومات الإصدار وإنهاء
استخدم Bowtie2-build عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
