boxshade - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

boxshade - طباعة جميلة لمحاذاة تسلسلات متعددة

موجز

ظل الصندوق

الوصف

صندوق هو برنامج لطباعة جميلة لمخرجات المحاذاة المتعددة. البرنامج نفسه
لا يقوم بأي محاذاة، عليك استخدام برنامج محاذاة متعدد مثل ClustalW أو
قم بتجميع مخرجات هذه البرامج واستخدامها كمدخل لـ BOXSHADE.

-مساعدة
أظهر المساعدة.

-التحقق من
إظهار المساعدة وتوسيع سطر الأوامر.

-ديف
استخدم الإعدادات الافتراضية، ولا توجد أسئلة غير ضرورية.

-numdef
استخدم الترقيم الافتراضي.

-الحمض النووي
افترض تسلسل الحمض النووي، استخدم box_dna.par.

-انشق، مزق
إنشاء ملفات منفصلة لصفحات متعددة.

-توسيق=XXX
التظليل حسب التسلسل رقم . XXX.

-في=

هو اسم ملف الإدخال.

-خارج=

هو اسم ملف الإخراج.

-par=

هو اسم ملف المعلمة.

-سم =

هو اسم الملف لمخلفات مماثلة مواطنه.

-grp=

هو اسم الملف لتجميع المخلفات مواطنه.

-th=x

x هو جزء من التسلسلات التي يجب أن توافق على الإجماع.

-ديف=x

x هي فئة جهاز الإخراج (انظر أدناه).

النوع =x

x هو تنسيق ملف الإدخال (انظر أدناه).

-مسطرة
طباعة خط المسطرة.

-سلبيات
إنشاء خط الإجماع.

-الرموز=XYZ

XYZ هي رموز الإجماع.

-الرموز ="XYZ"
إذا لم يعمل ما سبق، جرب هذا.

-يونيكس
يتم إنهاء خطوط ملفات الإخراج بـ LF فقط.

-ماك
يتم إنهاء خطوط ملفات الإخراج بـ CR فقط.

- دوس
يتم إنهاء خطوط ملفات الإخراج بـ CRLF.

تمت كتابة صفحة الدليل هذه لتوزيع دبيان (TM) لأن البرنامج الأصلي
لا يحتوي على صفحة يدوية. المعلومات المقدمة تأتي من وثائق
خدمة ويب من الإصدار 3.21 غير متوفرة كحزمة دبيان.

BOXSHADE هو برنامج لإنشاء مطبوعات ذات مظهر جيد من بروتينات متعددة الانحياز أو
تسلسلات الحمض النووي. لا يقوم البرنامج بإجراء محاذاة من تلقاء نفسه، بل يجب أن يأخذ ملفًا كمدخل
تتم معالجتها مسبقًا بواسطة برنامج محاذاة متعدد أو محرر ملفات متعددة. انظر أدناه للحصول على أ
قائمة تنسيقات الإدخال وأجهزة الإخراج المدعومة. في إخراج BOXSHADE القياسي،
يتم تمثيل المخلفات المتطابقة والمتشابهة في المخطط متعدد المحاذاة بواسطة
ألوان أو ظلال مختلفة. هناك بعض الخيارات الإضافية فيما يتعلق بنوع التظليل
ليتم تطبيقها، والترقيم التسلسلي، ومخرجات الإجماع، وما إلى ذلك. واجهة المستخدم قليلا
أخرق في هذه اللحظة، يجب على المرء أن يجيب على الكثير من الأسئلة من أجل الحصول على المطلوب
انتاج. ومع ذلك، هناك إمكانية استخدام المعلمات الافتراضية من المعيار
ملف المعلمة أو لتزويد البرنامج بمعلمات من سطر الأوامر. في ال
لحظة، إصدارات VMS وDOS من BOXSHADE لها واجهات مستخدم متطابقة.

إدخال صيغ
يعرف BOXSHADE 3.2 تنسيقات ملفات الإدخال التالية: (يتم استخدام بعض منها بشكل عام
فقط لأنظمة MSDOS أو VMS) + CLUSTAL وCLUSTALV، برنامج محاذاة متعدد،
DOS/VMS/MAC الامتداد الافتراضي .ALN + ESEE، محرر تسلسل متعدد، الامتداد الافتراضي DOS
.ESE + PHYLIP، حزمة تحليل النشوء والتطور، DOS، VMS، الامتداد الافتراضي لـ UNIX .PHY +
PILEUP و PRETTY لحزمة تحليل تسلسل GCG (الامتدادات الافتراضية VMS/UNIX .MSF)
و.PRE ملحوظة! ننصحك بشدة بعدم استخدام تنسيق PRETTY كمدخل، فقد يكون كذلك
غير متوافق مع الإصدار المنقح من إدخال .MSF. لا يمكننا في الواقع أن نفكر لماذا أي شخص
إذا كنت تستخدم هذا التنسيق الآن، فإن ملفات .MSF أكثر فائدة بشكل عام. + خبيث، متعدد
محرر التسلسل، VMS فقط الامتداد الافتراضي .MAL BOXSHADE يحاول تحديد نوع الملف
من الامتداد ولكنه سيعمل أيضًا إذا تم استخدام امتدادات مختلفة.

الناتج الأجهزة
يقوم POSTSCRIPT/EPS بإنشاء ملفات POSTSCRIPT(TM) للطباعة على طابعة ليزر أو لمزيد من المعلومات
التحويل باستخدام مترجم POSTSCRIPT (مثل GHOSTSCRIPT) + HPGL للتصدير إلى مختلف
برامج الرسومات أو للتحويل/الطباعة باستخدام برنامج تجريبي PRINTGL. التخطيط
لا يُنصح عمومًا بإخراج BOXSHADE على الراسمة + RTF للتصدير إلى مختلف
برامج معالجة النصوص والرسومات + CRT، تستخدم الكتابة المباشرة على الشاشة إلى شاشة الكمبيوتر.
تعتمد الخيارات الممكنة على محول الرسومات المستخدم. جهاز الإخراج هذا مدعوم فقط
في إصدار MSDOS. + أنسي. على جهاز الكمبيوتر، يستخدم هذا الخيار برنامج تشغيل جهاز ANSI (ANSI.SYS)
التي يجب أن يتم تحميلها في CONFIG.SYS مسبقًا. عمليات تسليم الشخصيات المحتملة تكون عكسية،
غامق، مسطر، وامض وما إلى ذلك. في الأنظمة التي لا تعمل بنظام DOS، يتصرف هذا الخيار بشكل أو بآخر
وضع الإخراج VT100. + VT100 للعرض على جهاز طرفي أو محاكي متوافق مع VT100. +
ReGISterm للعرض على محطة رسومات أو محاكي رسومات متوافق مع ReGIS. + ريجيسفيل ل
التحويل لاحقًا بواسطة برنامج RETOS (حقوق الطبع والنشر DEC) للطباعة على الأجهزة الرقمية
سلسلة الطابعة. + LJ250 للطباعة على الطابعة الملونة DIGITALS LJ250. + إخراج أسكي
يُظهر إما المخلفات المحفوظة أو المخلفات المتنوعة (والأخرى باسم "-"). + ملف الشكل ل
الشكل 2.1. + ملفات PICT للاستيراد إلى برامج رسومات Mac وPC. بعض التنسيقات أعلاه
توفر إمكانية تغيير حجم الشخصيات وتدوير الحبكة. حجم الحرف
يجب إدخالها في وحدات "النقطة". يكون اتجاه الإخراج الطبيعي في الوضع الرأسي
(PS/EPS/HPGL/PICT فقط)، للحصول على الإخراج في الاتجاه الأفقي، يحتوي 'Rotateplot = y' على
يتم اختياره. عند إنشاء مخرجات متعددة الصفحات، يتم تضمين كافة الصفحات في مخرجات واحدة
ملف. إذا كنت ترغب في صفحة واحدة لكل ملف، فيجب عليك استخدام معلمة سطر الأوامر /SPLIT.
يتم فرض ذلك عند طلب إخراج ملف EPSF أو PICT، حيث أن ملفات EPSF متعددة الصفحات هي
من المحتمل أن يكون التناقض بين الغرض من EPSF وملفات PICT الكبيرة كبيرًا جدًا
معظم أجهزة الكمبيوتر الشخصية. أثناء استخدام الجهاز كجهاز إخراج، يكون مفتاح "RETURN" موجودًا
ليتم الضغط عليه للحصول على الصفحة التالية من الإخراج.

تسلسل الترقيم
بدءًا من الإصدار 2.2، هناك إمكانية إضافة ترقيم إلى ملفات الإخراج.
تتم طباعة الأرقام بين أسماء التسلسل والتسلسل نفسه. وبما أن معظم
لا تستخدم ملفات الإدخال أي ترقيم أو ترقيم الموضع الأول في المحاذاة
دائمًا بالرقم "1" (وهذا لا يعكس بالضرورة الأرقام الموجودة في النص الأصلي
تسلسل)، يُطلب من المستخدم إدخال موضع البداية لكل تسلسل. الامر
علامة السطر /DEFNUM تمنع هذا السؤال، ويفترض أن موضع البداية هو 1 للجميع
تسلسلات. يبدأ Boxshade بالقيمة التي تم إدخالها في الموضع الموجود في أقصى اليسار ويستمر
ترقيم كل رمز صالح، وتخطي الفراغات، '-'،'.' وأشياء من هذا القبيل.

الترتيب المعلمات
أشار لي العديد من الأشخاص الذين يستخدمون الإصدارات السابقة من BOXSHADE إلى الحاجة إلى الحصول عليها
المعلمات الافتراضية لمختلف الأسئلة التي يطرحها البرنامج. وزعموا أن معظم
تستخدم المواقع نوعًا واحدًا فقط من ملفات الإدخال وجهاز إخراج واحدًا واختيارًا واحدًا للألوان
انتاج. ولذلك أضفت إدارة المعلمات الافتراضية مما يسمح بمستويين من
المساعدة للمستخدم. 1) يتم تضمين جميع المعلمات الافتراضية في ملف ASCII الذي يمكنه ذلك
يمكن تعديلها بسهولة لتناسب أذواق المستخدمين. تم توثيق التنسيق تقريبًا داخل
رأس الملف، فهو يشبه إدخال لوحة المفاتيح الذي يجب على الشخص إجراؤه في حالة استخدام البرنامج
بشكل تفاعلي. هناك نوعان من الملفات المتوفرة مع هذا الإصدار من BOXSHADE،
BOX_DNA.PAR وBOX_PEP.PAR، مع الاحتفاظ ببعض أمثلة المعلمات للببتيد و
مقارنات الحمض النووي. لا توجد اختلافات كبيرة بين هذين، والفرق الرئيسي هو ذلك
عند تظليل مقارنات الحمض النووي، لا يهتم المرء بالبقايا "المشابهة". 2) لتشغيل البرنامج
مع الحد الأدنى من تفاعل المستخدم، أضفت إمكانية استخدام سطر الأوامر
حدود. في الوقت الحالي، يمكنك استخدام: /check : سرد جميع معلمات سطر الأوامر المسموح بها
(هذه القائمة) وتسمح بإضافة المعلمات. /def : البرنامج يعمل بدون أسئلة،
يتم استخدام BOX_PEP.PAR كملف افتراضي /dna: يجعل البرنامج يستخدم BOX_DNA.PAR كملف معلمة
/pep : يجعل البرنامج يستخدم BOX_PEP.PAR كملف معلمة /in=xxx : يجعل البرنامج
خذ xxx كملف إدخال /out=yyy : يجعل البرنامج يأخذ yyy كملف إخراج (note1)
/par=zzz : يجعل البرنامج يستخدم zzz كملف معلمة افتراضي /type=1 : يجعل
يفترض البرنامج ملف إدخال من النوع 1 (PRETTY/MSF) / ديف=1 : يجعل البرنامج يفترض و
جهاز الإخراج من النوع 1 (CRT) /numdef : استخدم الترقيم الافتراضي (جميع التسلسلات تبدأ بـ
"1") /thr : جزء العتبة من المخلفات التي يجب أن توافق على الإجماع / الانقسام: القوى
صفحة واحدة لكل ملف إخراج، مما يؤدي إلى إنشاء ملفات إخراج متعددة. / سلبيات : يجعل البرنامج ينشأ
خط إجماع إضافي (انظر أدناه) /symbcons=: يؤثر على طريقة خط الإجماع
يتم عرض. (انظر أدناه) /unix : يكتب ملفات الإخراج بأسلوب Unix (LF فقط) (note2) /dos
: يكتب ملفات الإخراج بأسلوب DOS (CR/LF) (note2) note1: على أجهزة Unix، استخدم out=OUTPUT
للإخراج الطرفي على أجهزة DOS، استخدم out=con: على أجهزة VMS، استخدم out=tt: note2: if
لم يتم تحديد أي وضع، ويتم استخدام النمط الأصلي للجهاز.

ATTENTION
في أنظمة يونكس، يجب استخدام الشرطة (-) بدلاً من الشرطة المائلة (/) كفاصل
حرف لمعلمات سطر الأوامر. على سبيل المثال، سطر أوامر نظام التشغيل Unix الصالح هو:
ظل الصندوق -ديف -numdef -سلبيات -الرموز =" . * "

تظليل استراتيجيات (تشابه إلى إجماع or عزباء تسلسل)
بدءًا من الإصدار 3، أصبح لدى BOXSHADE نظام تظليل جديد. الفرق الأول هو
إدخال جزء عتبة من المخلفات التي يجب أن يتم الاتفاق عليها ليكون هناك أ
إجماع. في السابق، كان البرنامج يفترض أن بعض البقايا كانت دائمًا محل إجماع. لو
لم يكن هناك أي مخلفات متماثلة، وقدم التسلسل الأول بقايا الإجماع. هذا
يمكن أن يكون كسر العتبة أي رقم بين 0.0 و1.0. عدد التسلسلات التي
يجب أن نتفق على أن يكون هناك إجماع، كما قد تتوقع، هذا الكسر مضروبًا في
العدد الإجمالي للتسلسلات في المحاذاة (كسور التسلسل تعتبر واحدة، على سبيل المثال 3.2
يصبح 4). والفرق الثاني هو فكرة «الإجماع بالتشابه». هذا يحاول
خذ في الاعتبار المواقف التي قد تحتوي فيها جميع التسلسلات (على سبيل المثال) على R أو K عند a
الموقف، ولكن ليس في الأغلبية. لن يكون من المنطقي تظليل نوع واحد من البقايا
على أنه "متطابق" والآخر على أنه "مشابه"؛ قد يتم أيضًا إلغاء وظيفة العتبة
كلاهما بأعداد صغيرة جدًا. لذلك، إذا لم يكن هناك بقايا واحدة
محفوظًا (أكبر من العتبة) في موضع ما، يبحث البرنامج عن "مجموعة" من
الأحماض الأمينية التي تلبي المتطلبات. يتم تعريف "المجموعات" في ملفات .grp. المستخدمين
يمكنهم تكييف هذه مع تحيزاتهم الشخصية. من المفترض أن أي حمض أميني غير مدرج في القائمة لا يفعل ذلك
كن في مجموعة. يعتبر جميع أعضاء المجموعة متشابهين، على عكس
ملفات .sim الموضحة أدناه. فإذا وجد الإجماع على التشابه، جميع البقايا في
يتم تظليل الإجماع باستخدام التظليل "المشابه" الذي يحدده المستخدم. إذا لم يفعل ذلك المستخدم
حدد "التظليل بالتشابه"، ويتم النظر فقط إلى إجماع نوع الهوية. إذا كان
تم العثور على إجماع على نوع الهوية، ويتم تشغيل تظليل التشابه في البرنامج
يتطلع لمعرفة ما إذا كانت البقايا المتبقية مشابهة للبقايا المتفق عليها. هنا
يتم استخدام ملفات box_xxx.sim. الفرق الرئيسي بين العلاقات في هذه الملفات و
تلك الموجودة في ملفات .grp هي أنه، على سبيل المثال، في ملف .grp، يعني السطر STA أن الثلاثة
AAS متشابهة بشكل متبادل. في ملف .sim، يعني S TA أنه يتم أخذ كل من T وA في الاعتبار
مشابه لـ S، حيث توجد بقايا S محفوظة في أكثر من عدد العتبة
تسلسلات. ومع ذلك، هذا لا يعني أن T وA متشابهان. لاحظ أن
الحالات التي يستوفي فيها اثنان من المخلفات، أو مجموعة من المخلفات، متطلبات العتبة (مثل
يمكن أن يحدث مع قيم thr. يتم التعامل مع الكسر الأقل من أو يساوي 0.5) على أنه
عدم وجود إجماع. يصف هذا نموذج التظليل الرئيسي "التظليل وفقًا لـ
إجماع'. النموذج البديل يسمى "التظليل حسب التسلسل الرئيسي". في
في هذه الحالة يُطلب من المستخدم إجراء تسلسل للمحاذاة ثم ذلك على التوالي
يعتبر التسلسل بمثابة "الإجماع". فقط تلك البقايا تصبح مظللة
متطابقة أو مشابهة للتسلسل المختار. يميل الإخراج الذي تم الحصول عليه باستخدام هذا الخيار إلى أن يكون
أقل تظليلاً ويهمل أوجه التشابه بين التسلسلات الأخرى (غير المختارة). ابتداء
في الإصدار 2.7، يمكن إخفاء هذا "التسلسل الرئيسي". وبالتالي، فإنه يؤثر فقط على التظليل
تسلسلات أخرى دون أن تظهر نفسها.

إجماع عرض
بدءًا من الإصدار 2.5، يوفر BOXSHADE إمكانية إنشاء خط إضافي
عقد رمز الإجماع. يمكن الحصول على هذا السطر إما باستخدام سطر الأوامر
المؤهل /CONS أو بشكل تفاعلي من خلال الإجابة على السؤال "إنشاء إجماع؟" '. الطريقة
يمكن تعديل سطر الإجماع المعروض بواسطة معلمة سطر الأوامر
SYMBCONS=xyz، عن طريق تحرير الإدخال المعني في ملف .PAR أو بشكل تفاعلي. منذ
بناء جملة SYMBCONS ليس بديهيًا، إليك وصف مختصر: تتكون معلمة SYMBCONS
من ثلاثة رموز بالضبط: + الأول يرمز إلى بقايا التسلسل "العادي".
لا تشارك في أي علاقة مماثلة / متطابقة. + يمثل الرمز الثاني
المواضع المتشابهة في جميع تسلسلات المحاذاة. راجع الملفات BOX_PEP.SIM
وBOX_DNA.SIM لمعرفة البقايا التي تعتبر متشابهة. + يمثل الرمز الثالث
المواضع المتطابقة في جميع تسلسلات المحاذاة. معلمة الرموز
السلسلة ".*" (فارغة/نقطة/علامة النجمة) تعني: قم بتسمية جميع المواضع في المحاذاة بـ
المخلفات المتطابقة تمامًا بواسطة علامة النجمة، جميع المواضع مع جميع المخلفات المتشابهة بواسطة أ
أشر ولا تحدد المواضع الأخرى. يمكن استخدام الحرف "B" بدلاً من الحرف "B".
فارغًا، وهذا ضروري على سبيل المثال عند استخدام خيار سطر الأوامر /SYMBCONS=B.* الذي يعطي
نفس النتيجة كما في المثال أعلاه. سيؤدي الخيار /SYMBCONS= .* إلى ظهور خطأ
سلوك غير متوقع لأن MSDOS يضغط على الفراغات من سطر الأوامر. بجانب
النقاط والعلامات النجمية والرموز الأخرى، هناك حرفان خاصان عند ظهورهما
سلسلة SYMBCONS: "L" و"U". الحرف "L" يعني أن تمثيلًا صغيرًا لـ
يجب استخدام البقايا الأكثر وفرة في هذا الموضع بدلاً من رمز الإجماع الثابت
بينما يعني الحرف "U" تمثيلًا بأحرف كبيرة لتلك البقايا. ممكن
سيكون التطبيق عبارة عن سلسلة SYMBCONS " LU " حيث يتم تمثيل المخلفات المشابهة
الأحرف الصغيرة وتطابق الأحرف الكبيرة.

كومبيوتري/PD برامج مفيد in بالتزامن مع صندوق
يمكن إنشاء ملفات المحاذاة المتعددة التي سيتم استخدامها بواسطة BOXSHADE، من بين أشياء أخرى، بواسطة
برامج PD/المجانية التالية: + PHYLIP بواسطة Joe Felsenstein، متاح عبر بروتوكول نقل الملفات من
anthro.utah.edu + ESEE بقلم إريك كابوت، متاح من نفس مصادر BOXSHADE (انظر
أعلاه) + CLUSTAL بواسطة Des Higgins، كما سبق لمعاينة/تحويل ملفات POSTSCRIPT،
يوصى بشدة باستخدام برنامج GHOSTSCRIPT من مؤسسة برمجيات GNU. إنه متاح
من جميع مواقع MSDOS ftp الرئيسية (مثل SIMTEL أو ftp.uni-koeln.de) هناك أيضًا إصدار
تم اختباره للاستخدام مع boxshade المتوفر على vax0.biomed.uni-koeln.de على الرغم من أن هذا قد يكون
ليس الإصدار الأخير. لمستخدمي Mac، هناك MacGhostscript، وهو متاح أيضًا على
الأرشيفات الرئيسية (info-mac، umich ومراياها). أداة *جدًا* جيدة لوضع ملف
معاينة الصورة في ملف EPSF، غالبًا ما يكون ذلك شرطًا أساسيًا للدمج في الرسم
الحزمة، هي PS2EPS، بواسطة بيتر ليروب. يمكن العثور على هذا على info-mac. للمعاينة/التحويل
لملفات HPGL، يوصى بشدة باستخدام البرنامج التجريبي PRINTGL 1.18 من Cary Ravitz. هو - هي
متاح من العديد من مواقع بروتوكول نقل الملفات MSDOS ومن [البريد الإلكتروني محمي] - الإخراج على النقطة
الطابعات - نظرًا لأن PRINTGL يقدم مجموعة واسعة من أنواع الطابعات وهو برنامج رائع، فإن I
نوصي باستخدامه لطباعة مخرجات BOXSHADE على الطابعات غير POSTSCRIPT. استخدم مخرجات HPGL
مع الخيارات 0F1N للمخلفات العادية 2F1N للمخلفات المتطابقة 3F1N للمخلفات المماثلة
البقايا 2F4N للبقايا المحفوظة 8 لحجم الحرف غير المدورة (هذه هي
المعلمات القياسية في BOX_PEP.PAR) لإنشاء ملفات HPGL. (دعونا نسميها TEST.PLT) الآن
استخدم PRINTGL إما بشكل تفاعلي عن طريق الاتصال بـ PMI أو استخدم سطر الأوامر مثل: PRINTGL
/Fx/S0340/Waaac/Ptest.plt حيث سيتم استبدال test.plt باسم الملف للتحويل و
يجب استبدال x في التعبير /Fx بحرف الطابعة التي تستخدمها. (يرى
وثائق PRINTGL لمزيد من التفاصيل)

القيود

لا تزال تطبيقات إخراج RTF وإدخال PHYLIP تجريبية. من فضلك قل لي
تجاربكم مع البرنامج. + إصدار DOS الحالي يدعم 13 تسلسلًا فقط
مع 2000 بقايا لكل منهما. يمكن تغيير هذه المعلمات بسهولة في الكود المصدري. اذا أنت
لا يمكنك ترجمة المصادر لأنك تفتقر إلى مترجم باسكال، اتصل بالمؤلف
للإصدارات المترجمة مسبقًا

الاقتباس صندوق

لا يوجد منشور على BOXSHADE ولم يتم التخطيط لأي شيء. معظم الناس يستخدمونه فقط من أجل
الأرقام في المنشورات ولا تذكر شيئا، وهذا أمر جيد بالنسبة لمؤلفي
صندوق. إذا كنت ترغب حقًا في ذكر BOXSHADE، فيمكنك إما الاعتراف بذلك
وسيلة إيضاح الشكل أو في جزء Mat&Meth الخاص بتحليل التسلسل.

استخدم boxshade عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net