هذا هو الأمر bp_fetchp الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
bp_fetch.pl - يجلب التسلسلات من قواعد البيانات المفهرسة من bioperl
موجز
bp_fetch.pl swiss: ROA1_HUMAN
bp_fetch.pl net :: genbank: JX295726
bp_fetch.pl net :: genpept: ROA1_HUMAN
bp_fetch.pl ace :: myserver.somewhere.edu، 21000: X56676
bp_fetch.pl -fmt GCG swiss: ROA1_HUMAN
الوصف
يجلب التسلسلات باستخدام أنظمة الوصول إلى قاعدة البيانات في Bioperl. الاستخدام الأكثر شيوعًا لهذا هو
لجلب تسلسلات bp_fetch من مؤشرات bioperl المبنية باستخدام bpindex.pl ، أو لجلب التسلسلات
من موقع NCBI
تنسيق استرجاع التسلسلات يشبه تنسيق GCG / EMBOSS مثل تنسيق
التالية:
ديسيبل: الاسم
مع إمكانية وضع نوع قاعدة بيانات "ميتا" ، يجري
ميتا :: ديسيبل: الاسم
يمكن أن تكون المعلومات الوصفية واحدة من ثلاثة أنواع
قاعدة بيانات ملفات ثابتة محلية مفهرسة
net - الشبكي المتشعب http: قاعدة البيانات القائمة
ace - قاعدة بيانات ACeDB
يتم تعيين هذه المعلومات افتراضيًا على "محلي" لأسماء قواعد البيانات التي لا تحتوي على معلومات meta db
OPTIONS
-fmt - تنسيق الإخراج
Fasta (افتراضي) أو EMBL أو Raw أو Swiss أو GCG
-acc - السلسلة هي رقم تعريف وليست
الهوية.
خيارات لاستخدام الخبراء فقط
-دير - دليل للعثور على ملفات الفهرس
(يتجاوز متغير بيئة BIOPERL_INDEX)
-يكتب - نوع ملف DBM المراد فتحه
(يتجاوز متغير البيئة BIOPERL_INDEX_TYPE)
البيئة
ينسق bp_index و bp_fetch مكان تواجد قواعد البيانات باستخدام متغير البيئة
BIOPERL_INDEX. يمكن تجاوز هذا باستخدام الخيار -dir. نوع الفهرس (SDBM أو
DB_File أو ملف فهرس آخر) يتحكم فيه متغير BIOPERL_INDEX_TYPE. هذا
الافتراضي SDBM_File
باستخدام IT نفسك
bp_fetch عبارة عن غلاف حول وحدات bioperl التي تدعم Bio :: DB :: BioSeqI
واجهة مجردة. وتشمل هذه:
كود المؤلف
جيمس جيلبرت - مفهرس فاستا ، مفهرس الملخصات
آرون ماكاي - وصول GenBank و GenPept DB
إيوان بيرني - EMBL .dat indexer
كثير من الناس - كود SeqIO
يمكن استخدام هذه الوحدات مباشرة ، وهو أفضل بكثير من استخدام هذا البرنامج النصي كنظام
دعوة أو أنبوب للقراءة منه. اقرأ الكود المصدري لـ bp_fetch لترى كيف يتم استخدامه.
تمتد IT
يستخدم bp_fetch عددًا من الوحدات النمطية المختلفة لتوفير الوصول إلى قواعد البيانات. أي وحدة
التي تشترك في واجهة Bio :: DB :: BioSeqI يمكن استخدامها هنا. لملف ثابت
المفهرسات ، وأفضل طريقة للقيام بذلك هي توسيع Bio :: Index :: Abstract ، كما هو الحال في
Bio :: Index :: EMBL and Bio :: Index :: Fasta. للوصول إلى قواعد البيانات الأخرى سوف تحتاج إلى
لفة واجهتك الخاصة.
لتنسيقات الإخراج الجديدة ، تحتاج إلى إضافة وحدة SeqIO جديدة. أسهل شيء هو البحث
في Bio :: SeqIO :: Fasta واكتشف كيفية اختراقه للتنسيق الخاص بك (أطلق عليه شيئًا
مختلف بشكل واضح).
ردود الفعل
البريدية قوائم
تعد ملاحظات المستخدم جزءًا لا يتجزأ من تطور هذه الوحدة النمطية ووحدات Bioperl الأخرى. يرسل
يفضل أن تكون تعليقاتك واقتراحاتك على قائمة بريد Bioperl. إشتراكك
هو محل تقدير كبير.
[البريد الإلكتروني محمي] - مناقشة عامة
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - حول القوائم البريدية
التقارير البق
أبلغ عن الأخطاء إلى نظام تتبع الأخطاء في Bioperl لمساعدتنا في تتبع الأخطاء و
دقة. يمكن إرسال تقارير الأخطاء عبر الويب:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
استخدم bp_fetchp عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
