chemtool - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

chemtool - محرر التركيبات الكيميائية

موجز

كيمتول [اسم الملف]

الوصف

كيمتول هو برنامج لرسم الجزيئات العضوية وتصديرها على هيئة X نقطية ، PNG ،
ملف PicTeX أو Xfig أو SVG أو SXD أو MDL أو EPS. يعمل تحت نظام X Window باستخدام GTK
مجموعة القطعة.

يقدم البرنامج بشكل أساسي تراجعًا / إعادة غير محدود ، خطين نصيين بالإضافة إلى رموز ، سبعة
الألوان والرسم بمقاييس تكبير متعددة وشبكات خلفية مربعة وسداسية لتسهيل الأمر
انتقام.

أمثلة

في جميع أوضاع الرسم والتحرير ، يتم استخدام زر الماوس الأول (الزر الأيسر عادةً)
قم بتمييز أو رسم الكائنات ، بينما يمكن استخدام الزر الثالث (الزر الأيمن) لحذف الكائنات
من النوع الحالي. يستخدم الزر الأوسط بشكل أساسي في أوضاع رسم السندات حيث يكون
يسمح بالتغيير السريع لأنواع السندات. بدءًا من الإصدار 1.5 ، التخزين الافتراضي
دليل لملفات البيانات ، وامتداد اسم الملف المراد استخدامه ، يمكن حفظهما عبر ملف
حوار التكوين.

رسم of سندات:
يمكن رسم الروابط في 4 إعدادات زاوية مختلفة (مسدس بفواصل 30 درجة ، اثنان
البنتاغون بفواصل 72 درجة (اتجاهات مختلفة) ، وثمن 45 درجة ط). (متوسط
الزوايا ممكنة في كل هذه الأوضاع أيضًا - فقط تجاهل نقاط العلامة في هذا
قضية).

يحدد منتقي نمط السندات الموجود في وسط شريط الأزرار نوع الرابطة الموجودة
مرسوم - في البداية ، هذا سند واحد. إذا كنت تريد تغيير نوع السند لاحقًا ،
إما أن تضغط عليها بالزر الأوسط بالماوس للانتقال إلى النوع (الأنواع) التالية ، أو
حدد النوع المناسب في المحدد ثم قم بالتبديل إلى وضع نوع السندات واختر الكل
السندات التي تريد تغييرها إلى النوع الجديد. (اللون المستخدم للسند هو
تحديث في نفس الوقت إذا لزم الأمر.) الضغط على زر الماوس الأوسط على السندات عندما تكون في
وضع "Bondtype" يعكس اتجاه تلك الرابطة.

يؤدي استخدام زر الماوس الثالث (عادةً ما يكون الزر الأيمن) إلى حذف الرابط الموجود بجانب المؤشر
.

أنواع السندات المتاحة هي:

· سند واحد

· الرابطة المزدوجة

· رابطة مزدوجة (خط أقصر على الجانب الآخر)

· الرابطة المزدوجة المتمحورة

· الرابطة الثلاثية (الخطوط المحيطة أقصر من المركزية)

· الرابطة الثلاثية (مع أطوال خطوط متساوية)

· الرابطة الرباعية

· رابطة على شكل إسفين

· رابطة إسفينية متقطعة

· الخط المتموج

· نصف سهم

· سهم عادي

· رابطة واسعة

· دائرة

· خط منقط

· السندات المفردة المتداخلة (التي تقطع قطعة من أي رابطة تعبرها)

· ضوء الفص المداري باي

· الفص الحجاجي الداكن

نصف التلقائي رسم of خواتم:
يمكن رسم الحلقات المكونة من 3 إلى 12 عضوًا بسهولة عن طريق الضغط باستمرار على مفتاح Ctrl أثناء رسم a
خط. سيصبح هذا الخط بعد ذلك الجزء الأول من الحلقة التي يتم رسمها تلقائيًا
في اتجاه عقارب الساعة. يتم ضبط حجم الحلقة بشكل افتراضي على الحجم المناسب للحلقة المحددة
وضع الرسم (أي 5 أو 6 أو 8 جوانب) ، ولكن يمكن ضبطه على أساس كل حلقة بالضغط
Ctlr- قبل رسم الحلقة ، حيث تتوافق الأرقام من 3-9 مع 3 إلى 9 أعضاء
حلقات ، بينما حدد 0 إلى 2 حلقات ذات 10 و 11 و 12 ذرة ، على التوالي.

يمكن حذف الحلقات المرسومة حديثًا بالضغط على Ctrl وزر الماوس 3 معًا.

رسم of منحن خطوط:
يمكن رسم الخطوط المنحنية لكائنات مثل الأسهم أو الفصوص المدارية في وضع منحنى الشريحة بواسطة
تحديد أربع نقاط تحكم تشكل مضلعًا محيطًا (نقطة البداية ، نقطتان في
على جانبي الذروة ، نقطة النهاية). من أنواع السندات العادية المتوفرة في قائمة Style ،
تحتفظ "السطر المفرد" و "السهم شبه" والسهم و "الخط المتقطع" بوظائفها المعتادة ، بينما
يستخدم نوع "الخط العريض" للدلالة على مضلع معبأ. نقاط التحكم فقط
مرئي في تحرك الوضع ، حيث يمكن سحبها لتغيير شكل المنحنى بعد ذلك
يتم رسمه.

الضبط رباط نمط
في وضع نمط السندات ، يؤدي النقر فوق أي رابط في الرسم التخطيطي إلى تغيير تمثيله إلى
النوع المحدد في القائمة المنسدلة بجوار ملف النوع .

نوع السندات الإضافي المتاح في القائمة المنسدلة ،

سهم منحني

متاح فقط للرسم. إنه في الواقع اختصار لأحد رسم المنحنى
الوظائف الموضحة أعلاه ، مع نقطتي التحكم الثانية والثالثة تلقائيًا
ولدت. على هذا النحو ، لا يمكن تحويلها إلى أو من أي من أنواع السندات التقليدية.

(ومع ذلك ، يمكن للمرء تحويله إلى أي من أنواع المنحنيات الأخرى ، على سبيل المثال لتغيير نوع
رأس السهم). عادة ما يحتاج شكل السهم إلى تعديل عن طريق إزاحة
نقطة التحكم التي تظهر بجانبها في وضع "النقل".

إدراج نص
يمكن وضع النص المكتوب في مربع النص بالمؤشر وقد يظهر على اليسار ،
الوسط أو اليمين بمحاذاة في الرسم. يمكن تحديد حجم النص ولونه من ملف ثابت
قائمة الاختيارات. هناك نوعان من الأحرف الخاصة لاستخدامهما في الكتابة الفرعية والمرتفعة
الشخصية التالية:

"^" للانتقال لأعلى (على سبيل المثال N ^ +)

"_" للتبديل لأسفل (مثل CH_3)

حرف التحكم '|' يستخدم لجعل الحرف التالي مائلاً ، كما في | t-Bu.

يمكن تحديد نوع الخط الغامق ، الذي يستخدم عادة لترقيم المركبات ، بسبق
حرف بعلامة "#".

يتحول الحرف الخاص "@" إلى وضع الرمز ، والذي يستخدم رمز X11 القياسي
الخط. تنتج جميع المفاتيح الأبجدية الأحرف اليونانية المقابلة في هذا الوضع ، و
تتوفر العديد من الرموز الأخرى إذا كانت مكافئاتها القياسية Latin1 موجودة بالفعل
على لوحة المفاتيح:

ين -> اللانهاية

واصلة -> uparrow

مكرون -> downarrow

الرموز "plusminus" و "المسجلة" (العلامة التجارية) موجودة بالفعل في الخط القياسي ،
على الرغم من عدم توفرها عادةً على لوحة المفاتيح. استخدم الأوامر التالية (أو
أضف الإعلانات إلى ملف .xmodmaprc ) لإتاحتها عبر +
( + ):

xmodmap -e 'keysym r = r R مسجل' \
-E 'keysym o = o O yen' \
-E 'keysym p = p P plusminus' \
-e 'keysym u = u U hyphen' \
-E 'keysym d = d D macron'

(يؤدي هذا إلى AltGr-P = plusminus و AltGr-R = مسجل في الوضع العادي و AltGr-O =
اللانهاية ، AltGr-U = uparrow ، AltGr-D = downarrow في خط الرمز).

بالنسبة لمخططات "النقاط والتقاطعات" ، قد تكون التعيينات التالية لخط الرمز
مفيد: حاد -> تقاطع (على سبيل المثال ، keysym x = x X حاد) النقطة الوسطى -> نقطة مملوءة (على سبيل المثال ، keyym
d = d D تمركزت) (باستخدام علامة الدرجة للنقطة المفتوحة).

تتوفر الإصدارات المحاطة بدائرة من علامتي الجمع والطرح للإشارة إلى الشحنة الأيونية على شكل @ +
و @- .

عندما تريد استخدام الرموز كنصوص فرعية أو مرتفعة ، ضع حرفًا فرعيًا أو مرتفعًا
قبل الحرف "@" ، على سبيل المثال K_ @ a.

في وضع النص ، يحذف زر الماوس الأيمن التسمية الموجودة في موضع المؤشر. التغيير
يمكن تحديد حجم الملصق أو خطه أو لونه عن طريق النقر بزر الماوس الأيسر فوقه بعد اختيار ملف
المجموعة المطلوبة من الإعدادات. عندما يكون مربع إدخال النص أعلى منطقة الرسم فارغًا ،
يتم تحديث الإعدادات فقط دون تغيير محتويات الملصق ، وإلا فإن
يتم استبدال نص التسمية أيضًا. إذا كنت تريد نسخ نص تسمية موجودة إلى ملف
مربع إدخال النص ، انقر فوقه بزر الماوس الأوسط.

التعبير - الاختصارات
في جميع أوضاع رسم الروابط ، تتوفر العديد من اختصارات لوحة المفاتيح لإضافة رموز الذرة
دون الحاجة إلى مغادرة وضع الرسم. يتم وضع الملصق في موضع الرسم الحالي
(نقطة نهاية آخر سطر تم رسمه ، أو آخر نقطة تم النقر عليها).

المفاتيح "c" و "h" و "n" و "o" و "s" و "p" و "r" تُدخل الحرف الكبير المقابل ، "l"
(الأحرف الصغيرة L) تُدرج "Cl" ، بينما تُدرج "1" و "2" و "3" CH و CH_2 و CH_3 ، على التوالي. ال
مفتاح النجمة (*) يدخل دائرة مملوءة.

يسمح لك الضغط على شريط المسافة مرة واحدة بإدخال ملصقات عشوائية ، والتي سيتم وضعها في
الموضع الحالي عند الضغط على مفتاح الرجوع.

رسم الإلكترون أزواج
يمكن استخدام مفاتيح لوحة المفاتيح الرقمية لرسم خطوط قصيرة "زوج الإلكترون" بجوار ملف
رمز العنصر - إذا تخيل المرء أن رمز العنصر يجلس على المفتاح "5" المركزي ،
كل مفتاح يرسم زوج الإلكترون المناسب لموقعه. عند استخدامها مع ملف
مفتاح Shift ، يتم رسم نقطتين بدلاً من خط - ما عليك سوى حذف إحدى النقاط مرة أخرى إذا
أنت بحاجة إلى عدد فردي من الإلكترونات.

ترقيم ذرات
للترقيم السريع للذرات في الجزيء ، قم بالتبديل إلى أحد أوضاع النص ، واضغط باستمرار
مفتاح التحكم واختيار كل ذرة على التوالي مع زر الماوس الأيسر. الترقيم
يبدأ من 1 ، ويمكن إعادة ضبط التسلسل في أي وقت عن طريق النقر على زر الفأرة الأيمن.
إذا كنت بحاجة إلى استخدام نظام الترقيم الخاص بك ، فانقر فوق الزر الأوسط (بينما لا يزال
الضغط باستمرار على مفتاح التحكم) يجعله يلتقط أي رقم موجود في حقل إدخال النص.

تمركز
إذا لم تكن هناك مساحة كافية للجزيء ، يمكنك وضعه في منتصف الورقة
مع زر الوسط.

ألاستراد والتصدير إلى أجنبي الأشكال:
يمكنك تصدير جزيئاتك كصورة X نقطية أو PNG أو صورة EMF ومغلفة
ملف بوستسكريبت ، ملف إدخال لبريان سميث ' xfig(1) برنامج MDL ver. 2000 مولفيل
لتبادل البيانات مع الحزم التجارية أو ملف SVG لصفحات الويب XHTML أو بتنسيق
PicTeX للتضمين المباشر في مستندات LaTeX. ملفات PicTeX و PNG و EMF و
تعتمد وظائف إخراج بوستسكريبت على ملف معرف com لهذا التطبيق هو com.Fig2dev81) برنامج من تحول(1 حزمة
ولا تتوفر إلا عند اكتشاف هذا البرنامج عند بدء التشغيل. إذا كان Fig2sxd1
تم تثبيت البرنامج ، يتوفر خيار تصدير إضافي لتنسيق OpenOffice SXD.
وبالمثل ، إذا تم تثبيت برنامج babel (المفتوح) ، فستتوفر قائمة تصدير إضافية
يصبح الوصول إلى جميع أنواع الملفات التي تدعمها هذه الأداة متاحًا.

يمكنك إنشاء مخرجات بأحجام مختلفة وفقًا لمقياس التكبير الحالي.
يمكن أيضًا إنشاء ملفات بوستسكريبت و PicTeX بمقاييس عشوائية يمكن تحديدها على ملف
قائمة ملف التصدير.

يمكن تعيين خيار في قائمة التكوين للاتصال معرف com لهذا التطبيق هو com.Fig2dev في اللغة الدولية
الوضع ، والذي سيعرض تلقائيًا أي نص مكتوب بالخط البديل (Times) باستخدام
خط التذييل المناسب للإعدادات المحلية الحالية (الكرواتية حاليًا ، السيريلية ،
التشيكية ، المجرية ، اليابانية ، الكورية ، البولندية). انظر معرف com لهذا التطبيق هو com.Fig2dev وثائق للحصول على التفاصيل.

لتضمين ملف PicTeX في مستند LaTeX ، ستحتاج إلى حزمة ماكرو pictex.
اعتمادًا على الإصدارات التي تستخدمها ، قد تضطر أيضًا إلى تحميل حزمة "اللون" في ملف
ديباجة ملف LaTeX الخاص بك. إذا واجهت رسائل خطأ "تم تجاوز سعة TeX" ،
زيادة المعلمة extra_mem_bot في ملف textmf.cnf ملف (عادةً بتنسيق
/ usr / share / texmf / web2c, / usr / local / texmf or / etc / texmf). تشتهر Pictex بأنها غير عادية
(حسب معايير tex) متطلبات الذاكرة ، والإعدادات القياسية لا تأخذ في الحسبان ذلك
(على الرغم من أنك قد تجد تعليقًا على غرار "تغيير هذا إذا كنت تستخدم pictex" في ملف textmf.cnf
ملف). شيء مثل extra_mem_bot = 400000 يجب ألا يؤذي أي حديث إلى حد ما
نظام.

الطباعة الرسومات
منذ الإصدار 1.5 ، أصبحت الطباعة المباشرة للرسومات التخطيطية إلى جهاز طباعة متوافق مع بوستسكريبت (أو
عادةً ما تكون قائمة انتظار الطباعة التي تعمل بنظام ghostscript) ممكنة. حجم الورق ،
التكبير واسم الطابعة وأمر الطباعة المراد استخدامه (حاليًا إما lp(1) LPR1
or kprinter(1)) في مربع حوار التكوين.

اختيار من جميع or أجزاء of a رسم For التحولات:
باستخدام الزر "وضع علامة" ، يمكنك بسهولة تحديد أجزاء من الرسم الحالي عن طريق التضمين
مع مستطيل "مطاطي".

إذا كنت بحاجة إلى إضافة ذرات خارج منطقة المستطيل إلى اختيارك ، فما عليك سوى الرسم
شريط مطاطي آخر حولهم أثناء الضغط باستمرار على مفتاح Ctrl.

ستظهر الأجزاء المحددة مميزة باللون الأزرق وتكون متاحة على الفور

يتحرك ببساطة اسحب الجزء إلى الموضع المطلوب باستخدام الماوس أثناء الضغط
أسفل زر الفأرة الأيسر. (إذا كنت بحاجة فقط إلى تحريك الذرات الفردية أو
الروابط ، يمكنك ببساطة اختيارهم وسحبهم في وضع "النقل" دون الحاجة إلى وضع علامة
منهم أولا).

دوار تترجم الحركة الأفقية للماوس إلى دوران سلس حول
تم تحديد النقطة المحورية عند الضغط على زر الماوس

التقليب (انعكاس) الجزء الموجود حول مستوى مرآة أفقي أو رأسي من خلاله
مركزها: يتم ذلك عن طريق النقر على زر القائمة المناسب

تقليد يؤدي النقر فوق زر القائمة "نسخ" إلى إنشاء نسخة طبق الأصل من الملف المحدد
جزء يقابله قليلاً إلى الأصل. العلامة تلقائيا
نقلها إلى النسخة الجديدة.

تصغير تتم ترجمة حركة الماوس الأفقية إلى زيادة سلسة أو نقصان
حجم الجزء المحدد

حذف لحذف الجزء المحدد ، ما عليك سوى النقر فوق الثالث (عادةً ما يكون على اليمين)
زر الماوس بعد تمييزه.

صياغة اختيار أحد الرموز من القائمة المنسدلة لأنماط الإطارات والأقواس
يرسم الكائن المقابل ، على سبيل المثال زوج من الأقواس المستديرة ، حول
جزء مميز.

تحسين النقر على رمز "الجرافة والمكنسة" يستدعي وظيفة تزيلها
روابط متداخلة (مكررة) وملصقات من الرسم وتقويمها
خطوط أفقية أو رأسية تقريبًا.

إضافة سابقا تم الحفظ الأرقام:
لإضافة جزيء آخر من رسم chemtool محفوظ مسبقًا ، حدده في الملف
نافذة التحديد التي تظهر عند الضغط على زر "إضافة". النقر مرة واحدة على أي ملف
يعرض اسم الملف في القائمة معاينة صغيرة للجزيء للمساعدة في التحديد. ال
يتم تنشيط الجزيء المضاف حديثًا تلقائيًا بحيث يمكن تغيير موضعه كـ
مرغوب.

إذا كنت تريد إضافته إلى موضع محدد مسبقًا على جزيء آخر ، فيمكنك تحديد ذلك
موقع المرفق عن طريق النقر عليه بزر الماوس الأيسر بدلاً من سحب مستطيل التحديد. صغير
ستظهر النقطة الخضراء في ما هو الآن الموضع المرجعي للجزء الجديد. إذا قمت بحفظ ملفات
الجزيئات التي تحتوي على مجموعة علامات كهذه ، فإنها بدورها ستحدد موقع ارتباطها عندما تكون
تضاف إلى رسم آخر.

إضافة صورة واحدة؟ of ال معرفة مسبقا القوالب:
يؤدي تحديد "النماذج" من قائمة "الأدوات" إلى فتح نافذة ثانية بها مجموعة صغيرة
من الهياكل المحددة مسبقًا. ما عليك سوى النقر فوق صورة الجزيء المطلوب لإضافته إليه
الرسم الخاص بك. يمكن أن تظل نافذة النموذج مفتوحة طوال جلسة chemtool - إذا كانت
مخفية بواسطة نافذة أخرى ، يمكنك نقلها إلى الأمام عن طريق تحديد قائمة "النموذج"
في chemtool مرة أخرى.

تختلف البيانات الموجودة في نظام القوالب عن رسومات chemtool العادية فقط بحقيقة ذلك
يتم تخزينها داخل البرنامج ، وبتنسيق محرج بعض الشيء (إحداثيات x و y
مدرج بشكل منفصل في ملف القوالب المصدر. h). هذه تهدف إلى توفير
مجموعة أساس مناسب متاحة لجميع المستخدمين ، ولكنها غير قابلة للتمديد بشكل فردي (يمكنك استخدام ملفات
وظيفة "إضافة" للهياكل الخاصة بك). يرجى إعلامنا إذا كنت تريد محددًا
تمت إضافة جزيئات إلى القوالب - اسمها أو بشكل مثالي ملف رسم chemtool عادي
هو كل ما نحتاجه. (إرسال بريد إلكتروني إلى [البريد الإلكتروني محمي])

استيراد أجنبي ملف الأشكال:
يوفر Chemtool وظائف لاستيراد الملفات بتنسيق PDB المستخدم بواسطة البروتين
قاعدة البيانات (ومعظم حزم النمذجة الجزيئية) وصيغة MDL molfile الخاصة
المستخدمة من قبل ISISdraw ومفهومة من قبل حزم الرسم الهيكلية وقاعدة البيانات الأخرى
الواجهات.

نظرًا لأن كلاهما عبارة عن تنسيقات ملفات ثلاثية الأبعاد ، بينما يتعامل chemtool فقط مع الإسقاطات ثنائية الأبعاد ، التي يتم استيرادها
تُقرأ الجزيئات في مخزن مؤقت في البداية وتُعرض باللون الأزرق على القماش.
يمكن بعد ذلك تدوير هذا التمثيل ثلاثي الأبعاد باستخدام الماوس. فقط بعد الضغط على العودة
المفتاح الموجود على لوحة المفاتيح هل تم تحويله إلى الإسقاط ثنائي الأبعاد النهائي الذي يمكن تحريره. بينما
هذا الاستيراد ثلاثي الأبعاد قيد التقدم ، وتم تعطيل جميع وظائف الرسم والتحرير العادية.

مع استيراد MDL molfile ، يتم التخلص من ملصقات ذرة الكربون تلقائيًا. ل PDB
استيراد ، يمكن اختيار مقدار الملصقات في مربع حوار اختيار الملف الذي يقدم
الاحتفاظ إما بجميع الملصقات ، فقط تلك الخاصة بالذرات غير الهيدروجينية ، أو فقط غير الرقمية
جزء من التسميات.

إذا تم تثبيت برنامج babel - إما النسخة الأصلية التي كتبها Pat Walters أو
جهد OpenBabel الأحدث - سيقدم chemtool تلقائيًا خيار قائمة لـ
الاستيراد من أي من تنسيقات الملفات التي يدعمها هذا.

تحديد مجموع معادلة و جزيئي الوزن:
يحتوي التوزيع على برنامج مساعد ، CHT(1) ، بقلم راديك ليبوسكا (براغ) لحساب
صيغة الجمع والوزن الجزيئي (الدقيق) من ملف رسم chemtool. بل هو أيضا
متاح من داخل chemtool لحساب هذه البيانات للهيكل الحالي أو أ
جزء ملحوظ منه. CHT يمكن تضليله عن طريق السندات المكررة (لا يزيل chemtool
روابط متداخلة ، مثل أنها قد تنتج عن أنظمة حلقات الانصهار ، تلقائيًا) و
بواسطة رمز "الحلقة العطرية" ، لذا يجب تجنبها والتحقق من معقولية
ولدت صيغة الجمع حيثما أمكن ذلك.

رسم وظائف ليس متاح في غضون كيمتول:
بالنسبة إلى الميزات التي لا يدعمها chemtool حاليًا ، مثل وظائف رسم الخطوط العامة ،
الحصول على حزمة رسم XFig من Brian Smith xfig ينصح بشدة. عن فقط
الشيء الذي لا يقدمه هو دعم الأنماط الخطية "الكيميائية" ورسم الزوايا - وهو
لماذا تمت كتابة chemtool كنوع من البرامج المصاحبة. (من المحتمل أن يكون هناك المزيد من
أكثر خيارات الرسم التي تمس الحاجة إليها والتي تمت إضافتها إلى أداة chemtool بمرور الوقت ، ولكن مع تكرار ملف
المزيد من ميزات الأغراض العامة xfig يبدو عديم الجدوى إلى حد ما).

استخدم chemtool عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net