السيرك - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

____ _
/ ___ (_) __ ___ ___ ___
| | | | '__/ __/ _ \/ __|
| |___| | | | (_| (_) \__ \
\ ____ | _ | _ | \ ___ \ ___ / | ___ /

الجولة جيدة

السيرك - إنشاء رسومات معلومات دائرية مركبة

موجز

# تخمين موقع ملف التكوين
السيرك

# استخدم ملف التكوين المحدد
Circos -conf circos.conf [-صامت]

# تشخيص الوحدات المطلوبة
وحدات السيرك

# صفحة رجل
السيرك -رجل

# تصحيح مفصل لمكونات التعليمات البرمجية
# يرى http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging
السيركوس -debug_group GROUP1،[GROUP2،...]

# التصحيح الكامل
السيرك -debug_group _all

# تفريغ التكوين لكتلة (أو شجرة كتلة) من
# أي معلمات تطابق REGEXP (اختياري)
Circos -cdump [BLOCK1 / [BLOCK2 / ...]] {: REGEXP}

# تجاوز معلمات التكوين
Circos -param image / radius = 2000p -param idogram / show = no

# للمتعة - قم بترتيب جميع الألوان بشكل عشوائي في الصورة باستثناء
# COLOR1 و COLOR2
السيروس -Randomcolor COLOR1 ، [COLOR2 ، ...]

الوصف

السيروس مخصص لتصور البيانات في تخطيط دائري ، وهو مثالي لاستكشاف العلاقات
بين الأشياء أو المواقف. هناك أسباب أخرى لوجود التخطيط الدائري
مفيدة ، وليس أقلها حقيقة أنها جذابة.

السيرك ليس حلا. إنها أداة لحل مشاكل التصور. لاجل منحه
المشكلة ، فأنت لست متأكدًا من أنها مناسبة.

لديك تحكم جيد في كيفية عرض كل عنصر من عناصر البيانات ، مما يساعدك على المطابقة
بروز الملاءمة.

CONFIGURATION

من المفترض أن يتم تمرير الإعدادات باستخدام ملف تكوين نص عادي. يمكن أن يكون هذا الملف
تم إنشاؤه يدويًا أو بواسطة برنامج نصي آخر ، مما يسمح بتشغيل السيروس بشكل آلي بالكامل.

للحصول على الوثائق الكاملة ، انظر

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials>

بناء الجملة
التكوين عبارة عن نص عادي ويتكون من كتل هرمية. بعض الكتل مثل
" إلزامية ، بينما البعض الآخر مثل " اختيارية.

للبدء ، راجع البرنامج التعليمي للدليل السريع.

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/quick_guide>

قد يبدو ملف التكوين النموذجي بهذا الشكل

# حجم الصورة وشكلها




# موضع وحجم إيديوغرام




# موضع ونوع وتنسيق مسارات البيانات







# الألوان والخطوط وأنماط التعبئة
< >

# معلمات النظام
< >

نمطية
إن "< > يستورد التوجيه ملف تكوين واحد إلى ملف آخر. هذا
مرفق يساعد على الحفاظ على ملفات التكوين وحدات.

تعريفات المعلمات التي لا تتغير بشكل متكرر ، مثل تعريفات اللون والخط ،
يتم استيرادها بشكل تقليدي من الملفات الموجودة في إلخ/ في التوزيع.

في البرامج التعليمية ، ستجد أن " و " يتم استيراد الكتل إلى
ملف التكوين الرئيسي. لأن هذه الكتل يمكن أن تصبح كبيرة جدًا ، فإن الحجم الرئيسي
يكون ملف التكوين أكثر وضوحًا إذا تم ترحيله إلى ملفات منفصلة.

تجاوز مع *
لتجاوز معلمة تم تضمينها من ملف ، استخدم اللاحقة "*". اللاحقة
مطلوب لأنه غير مسموح بتعريفات متعددة للمعلمة، إلا في الحالات
حيث قد يكون للمعلمة أكثر من قيمة واحدة.


# ملف مضمن يحدد "نصف القطر"
< >
# سيؤدي هذا إلى تجاوز قيمة نصف القطر
نصف القطر * = 2500 بكسل


يمكن تكرار اللاحقة "*" لتحديد القيمة التي لها الأسبقية في الكتلة.

نصف القطر = 1500p
نصف القطر * = 2500 بكسل
radius ** = 3000p # سيتم استخدام مثيل نصف القطر هذا

تجاوز مع أمر خط
يمكن تحديد أي معلمة تكوين في اسم كتلة فريد في سطر الأوامر
استخدام

-param PATH / PARAM = القيمة

على سبيل المثال،


عرض = لا



-إيديوغرام / عرض المعلمة = لا

و



الافتراضي = 0.01r




-المعلمة إيديوغرام / تباعد / افتراضي = 0.01r

متى أسيوط () يستخدم في ملف التكوين لاسترداد قيمة المعلمة (أي
المعلمة ، وليس فقط تلك التي تم تعيينها بواسطة -param) ، يمكنك الحصول على نظام مرن لتغيير
التكوين في سطر الأوامر.

الأنواع = الإنسان
karytotype = data/karyotype/karyotype.conf(species).txt

أنواع المعلمات = الفئران

يمكن إعادة تعريف العديد من المعلمات ، ولكل منها علامة "-param" الخاصة بها

-param show_ticks = no -param image / radius = 2000p

دمج Blocks
يتم دمج مثيلات متعددة للكتل التالية تلقائيًا: " ,
" ، " ، " ، " ، " ، " و " .

والغرض من ذلك هو السماح لك بإضافة التعريفات الأساسية.

# هذا الملف يحدد الافتراضي و و
< >

# إضافة إلى كتلة الألوان

mycolor = 150,25,25،XNUMX،XNUMX

OPTIONS

الاعداد
-ملف التكوين
اسم ملف التكوين. هذا مطلوب.

سيحاول Circos تخمين موقع هذا الملف ، والبحث عن "circos.conf" في
"."، ".."، و "../ ..".

الناتج شكل
-png ، -nopng
-svg ، -nosvg
يبدل إخراج ملفات PNG و SVG.

صورة عناصر
-show_ticks، -noshow_ticks
-show_tick_labels، -noshow_tick_labels
تجاوز عرض القراد وتسمياتها. يتم تعريف كلاهما عادة في
حاجز.

الناتج مسارات
-outputdir DIR ، -دير DIR
-outputfile FILE ، -file FILE
قم بتغيير دليل الإخراج واسم الملف. يمكن أن يحتوي الملف على مسار.

التصحيح
-ديبوغ
قم بتشغيل إخراج التصحيح الأساسي. تقارير المعلومات من

صورة ، io ، طبقة ، ملخص ، مؤقت

مجموعات التصحيح (انظر أدناه).

-debug_group {+ -} GROUP1، [{+ -} GROUP2، ...]
قم بتشغيل إخراج التصحيح لمجموعات محددة. للحصول على قائمة المجموعات ، انظر

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging>

لإضافة مجموعة إلى بادئة الإخراج ، استخدم +. لإزالته ، مع -.

# استخدم مجموعات تصحيح الأخطاء الافتراضية ولكن استبعد الطبقة و io
-debug -debug_group -layer -io

# استخدام مجموعات التصحيح الافتراضية وإضافة مسافات
-debug -debug_group + تباعد

# تحديد المجموعات صراحة
-debug_group png ، io ، مؤقت

لسرد المجموعات المدعومة ، استخدم العلامة بدون وسيطة

-مجموعة الأخطاء

-زمن
الإبلاغ عن معلومات التوقيت. نفس -debug_group + timer

-صامتة
لا تولد أي تقارير.

-بارانويد ، -نوبرانويد
تشغيل في وضع بجنون العظمة (افتراضي) ، أو لا. يتم تحديد الإعداد الافتراضي لهذا الإعداد بواسطة
"بجنون العظمة" في etc / housekeeping.conf.

- تحذيرات
عرض التحذيرات ، أو لا (افتراضي). يتم تحديد الإعداد الافتراضي لهذا الإعداد بواسطة
"تحذيرات" في etc/housekeeping.conf.

-fakeerror = عنصر - خطأ خطأ CAT = عنصر - خطأ ، معرف = عنصر - خطأ خطأ CAT ، معرف
قم بعمل خطأ عن طريق عرض رسالة الخطأ لفئة CAT ومعرف اسم الخطأ. لو
تم تحديد واحد أو لا أحد منهما ، قوائم الأخطاء المتوفرة.

ما لم تستمتع حقًا برؤية رسائل الخطأ ، يجب ألا يكون هناك سبب وجيه لذلك
تريد استخدام هذا.

الأستعمال
-الإصدار
عرض الإصدار.

-مساعدة
عرض موجز الاستخدام.

-رجل
عرض صفحة الرجل.

الأبله حول
- لون عشوائي [color1، color2، ...]
قم بترتيب لون كل عنصر في الصورة عشوائيًا ، باستثناء قائمة اختيارية بـ
الألوان.

على سبيل المثال، للحفاظ على الخلفية بيضاء وأي شيء أسود،

لون عشوائي أبيض ، أسود

استخدم السيرك عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net