cmbuild - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

cmbuild - بناء نموذج (نماذج) التباين المشترك من تسلسل متعدد الحمض النووي الريبي المشروح هيكليًا
محاذاة (محاذاة)

موجز

سمبيلد [خيارات]

الوصف

لكل محاذاة تسلسل متعددة بتنسيق بناء نموذج التغاير وحفظه
ملف جديد .

يجب أن يكون ملف المحاذاة بتنسيق ستوكهولم أو SELEX ، ويجب أن يحتوي على إجماع
شرح الهيكل الثانوي. سمبيلد يستخدم هيكل الإجماع لتحديد
عمارة سم.

قد يكون "-" (شرطة) ، مما يعني قراءة هذا الإدخال من ستدين بدلا من ملف.
لاستخدام "-" ، يجب عليك أيضًا تحديد تنسيق ملف المحاذاة مع --معلومات , كما في
--معلومات ستوكهولم (بسبب القيد الحالي في تطبيقنا ، ملف MSA
لا يمكن اكتشاف التنسيقات تلقائيًا في دفق إدخال غير قابل للفصل.)

قد لا يكون "-" (stdout) ، لأن إرسال ملف CM إلى المعياري سوف تتعارض
مع إخراج النص الآخر للبرنامج.

بالإضافة إلى كتابة CM (s) إلى و سمبيلد ينتج أيضًا سطرًا واحدًا لكل منهما
النموذج الذي تم إنشاؤه ل stdout. يحتوي كل سطر على الحقول التالية: "aln": فهرس
المحاذاة المستخدمة لبناء CM ؛ "idx": فهرس CM في ملف ؛ "اسم":
اسم سم. "nseq": عدد التسلسلات في المحاذاة المستخدمة لبناء CM ؛
"eff_nseq": العدد الفعال للتسلسلات المستخدمة لبناء النموذج ؛ "ألين": الطول
من المحاذاة المستخدمة لبناء CM ؛ "كلين": عدد الأعمدة من المحاذاة
يتم تعريفها على أنها أعمدة التوافق (المطابقة) ؛ "bps": عدد الأزواج الأساسية في CM ؛ "bifs":
عدد التشعبات في CM ؛ "إنتروبيا rel: CM": إجمالي الانتروبيا النسبية لـ
نموذج مقسومًا على عدد أعمدة التوافق ؛ "إنتروبيا rel: HMM": النسبي الإجمالي
إنتروبيا النموذج الذي يتجاهل البنية الثانوية مقسومًا على عدد الإجماع
الأعمدة. "الوصف": وصف النموذج / المحاذاة.

OPTIONS

-h يساعد؛ اطبع تذكيرًا موجزًا ​​باستخدام سطر الأوامر والخيارات المتاحة.

-n اسم CM الجديد . الإعداد الافتراضي هو استخدام اسم المحاذاة (إذا كان أحدهما
موجودة في ) ، أو ، إذا تعذر ذلك ، فإن اسم . If
يحتوي على أكثر من محاذاة ، -n لا يعمل ، وكل محاذاة
يجب أن يكون له اسم مشروح في (كما في ستوكهولم # = شرح رقم GF ID).

-F السماح ليتم الكتابة فوقه. بدون هذا الخيار ، إذا سابقا
موجودا، سمبيلد يخرج مع وجود خطأ.

-o قم بتوجيه إخراج الملخص إلى ملف و بدلا من com.stdout.

-O بعد إنشاء كل نموذج ، أعد حفظ محاذاة المصدر المشروحة في ملف
بتنسيق ستوكهولم. يتم توضيح التسلسلات بأوزان التسلسل النسبية
تم تعيين. يتم أيضًا شرح المحاذاة بسطر تعليق توضيحي مرجعي
يشير إلى الأعمدة التي تم تعيينها كإجماع. إذا كان لمحاذاة المصدر
التعليق التوضيحي المرجعي ("# = GC RF") سيتم استبداله ببقايا إجماع
نموذج أعمدة الإجماع و "." لإدراج الأعمدة ، ما لم يكن --يُسلِّم
تم استخدام الخيار لتحديد المواقف المتفق عليها ، وفي هذه الحالة سيكون كذلك
دون تغيير.

- مساعدة تعليمات الطباعة ، كما هو الحال مع -h , ولكن تشمل أيضًا خيارات الخبراء التي ليست كذلك
المعروضة مع -h . لا يُتوقع أن تكون خيارات الخبراء هذه ذات صلة بـ
الغالبية العظمى من المستخدمين وبالتالي لم يتم وصفها في صفحة الدليل. الوحيد
الموارد لفهم ما يفعلونه في الواقع هي موجز من سطر واحد
أوصاف الناتج عندما - مساعدة وتم تمكين شفرة المصدر.

OPTIONS المتابعة فئة الساعة : إنشاءات

تتحكم هذه الخيارات في كيفية تعريف أعمدة التوافق في المحاذاة.

--بسرعة حدد أعمدة الإجماع تلقائيًا على أنها الأعمدة التي تحتوي على كسر> = سيمفراك of
المخلفات على عكس الثغرات. (انظر أدناه للحصول على - سيمفراك الخيار.) هذا هو
افتراضي.

--يُسلِّم استخدم شرح الإحداثيات المرجعي (# = خط GC RF ، في ستوكهولم) لتحديد أيهما
الأعمدة إجماع ، والتي يتم إدراجها. يشير أي حرف غير متباعد إلى أ
عمود الإجماع. (على سبيل المثال ، قم بتمييز أعمدة الإجماع بـ "x" ، وقم بإدراج الأعمدة
مع ".".) هذا الخيار كان يسمى --الترددات اللاسلكية في الإصدارات السابقة من Infernal (0.1
من خلال 1.0.2).

- سيمفراك
حدد عتبة الكسر المتبقي اللازمة لتحديد عمود توافق متى
عدم استخدام --يُسلِّم. الافتراضي هو 0.5. كسر الرمز في كل عمود هو
محسوبة بعد أخذ ترجيح التسلسل النسبي في الاعتبار. ضبط هذا على
0.0 يعني أنه سيتم تعيين كل عمود محاذاة كتوافق ، وقد يتم ذلك
مفيد في بعض الحالات. تعيينه على 1.0 يعني أن الأعمدة التي تحتوي على 0 فجوات فقط
سيتم تعيين إجماع. يحل هذا الخيار محل ملف - جابثريش خيار
من الإصدارات السابقة من Infernal (0.1 إلى 1.0.2) ، مع يساوي (1.0 -
). على سبيل المثال لإعادة إنتاج السلوك لأمر سمبيلد - جابثريش 0.8
في إصدار سابق ، استخدم سمبيلد - سيمفراك 0.2 مع هذا الإصدار.

- الخلاصة تجاهل التعليق التوضيحي للهيكل الثانوي ، إن وجد ، بتنسيق وبناء CM مع
صفر basepairs. سيكون هذا النموذج مشابهًا لملف تعريف HMM و com.cmsearch و
سمسكان ستستخدم البرامج خوارزميات HMM التي تكون أسرع من تلك الخوارزمية لهذا الغرض
نموذج. بالإضافة إلى ذلك ، لا يلزم معايرة نموذج القاعدة الصفرية cmcalibrate
قبل الجري com.cmsearch معها. ال - الخلاصة يجب استخدام الخيار إذا لم يكن هناك
شرح الهيكل الثانوي في .

--البحث
قم بمعلمة درجات الانبعاثات على غرار البحث ، باستخدام مصفوفة الريبوسوم الموجودة في الملف .
بدافع --البحث مُمكّن ، جميع المحاذاة بتنسيق يجب أن يحتوي على واحد بالضبط
تسلسل أو --مكالمة يجب أيضًا تمكين الخيار. جميع المواقف في كل تسلسل
سوف تعتبر "أعمدة" توافق الآراء. في الواقع ، درجات الانبعاثات لهذه
لن تكون النماذج متطابقة مع درجات RIBOSUM بسبب الاختلافات في النمذجة
بين الجهنمية و RSEARCH ، لكنهما سيكونان متشابهين قدر الإمكان.
يتم تضمين ملفات مصفوفة RIBOSUM مع Infernal في الدليل الفرعي "matrices /" لـ
دليل المستوى الأعلى "infernal-xxx". مصفوفات الريبوسوم هي نقاط الاستبدال
مصفوفات مدربة خصيصًا للـ RNAs الهيكلية ذات الجديلة المفردة المنفصلة
درجات استبدال البقايا وزوج القاعدة. لمزيد من المعلومات انظر البحث
(Klein and Eddy، BMC Bioinformatics 4:44، 2003).

أخرى فئة الساعة : إنشاءات OPTIONS

--باطل
اقرأ نموذجًا فارغًا من . يحدد النموذج الفارغ احتمال كل RNA
النوكليوتيدات في تسلسل الخلفية ، الافتراضي هو استخدام 0.25 لكل نوكليوتيد.
تم تحديد تنسيق الملفات الفارغة في دليل المستخدم.

--قبل
اقرأ Dirichlet قبل من و استبدال المزيج الافتراضي Dirichlet. ال
تم تحديد تنسيق الملفات السابقة في دليل المستخدم.

استعمل - مساعدة لرؤية خيارات بناء نموذج إضافية ، خلاف ذلك غير موثقة.

OPTIONS المتابعة نسبيا WEIGHTS

سمبيلد يستخدم خوارزمية ترجيح تسلسل مخصص لتقليل الوزن المرتبط بشكل وثيق
التسلسل وزيادة الوزن ذات الصلة البعيدة. هذا له تأثير جعل النماذج أقل
منحازة التمثيل غير المتكافئ النشوء والتطور. على سبيل المثال ، قد يكون هناك تسلسلين متطابقين
عادةً ما يتلقى كل منها نصف الوزن الذي يحصل عليه التسلسل الواحد. تتحكم هذه الخيارات
الخوارزمية التي يتم استخدامها.

--wpb استخدم مخطط الوزن المتسلسل المستند إلى الموضع Henikoff [Henikoff و Henikoff ،
J. مول. بيول. 243: 574 ، 1994]. هذا هو الافتراضي.

--wgsc استخدم خوارزمية الترجيح Gerstein / Sonnhammer / Chothia [Gerstein et al، J. Mol.
بيول. 235: 1067 ، 1994].

- وحيد
إيقاف ترجيح التسلسل ؛ على سبيل المثال ، قم بتعيين جميع أوزان التسلسل بشكل صريح على 1.0.

- وجيفين
استخدم أوزان التسلسل على النحو الوارد في التعليق التوضيحي في ملف محاذاة الإدخال. إذا كان الجواب لا
أعطيت الأوزان ، لنفترض أنها كلها 1.0. الافتراضي هو تحديد الجديد
أوزان التسلسل بواسطة خوارزمية Gerstein / Sonnhammer / Chothia ، مع تجاهل أي منها
أوزان مشروحة.

- بلوسوم
استخدم خوارزمية ترشيح BLOSUM لوزن التسلسلات ، بدلاً من الافتراضي
ترجيح GSC. قم بتجميع المتتاليات عند هوية نسبة معينة (انظر --wid) ؛
تعيين وزن إجمالي لكل مجموعة 1.0 ، موزعة بالتساوي بين الأعضاء
من تلك المجموعة.

- معرَّض
يتحكم في سلوك - بلوسوم خيار الترجيح عن طريق تحديد النسبة المئوية
هوية لتجميع المحاذاة ل .

OPTIONS المتابعة فعال تسلسل عدد

بعد تحديد الأوزان النسبية ، يتم تطبيعها لتصل إلى إجمالي فعال
رقم التسلسل، افنسيق. قد يكون هذا الرقم هو العدد الفعلي للتسلسلات في ملف
المحاذاة ، لكنها دائمًا ما تكون أصغر من ذلك. ترجيح الانتروبيا الافتراضي
طريقة (- آخر) يقلل من رقم التسلسل الفعال لتقليل محتوى المعلومات
(الانتروبيا النسبية ، أو متوسط ​​الدرجة المتوقعة على المتجانسات الحقيقية) لكل موضع إجماع. ال
يتم التحكم في الانتروبيا النسبية المستهدفة بواسطة دالة ذات معلمتين ، حيث يتم التحكم فيهما
المعلمات قابلة للتعيين باستخدام - هنا و - الحسم.

- حديث استخدم إستراتيجية ترجيح الإنتروبيا لتحديد رقم التسلسل الفعال الذي
يعطي الهدف يعني الانتروبيا النسبية حالة المطابقة. هذا الخيار هو الافتراضي ، و
يمكن إيقاف مع --ينون. الهدف الافتراضي يعني حالة تطابق نسبي
الانتروبيا هو 0.59 بت للنماذج التي تحتوي على 1 زوج أساسي على الأقل و 0.38 بت للنماذج
مع صفر أزواج أساسية ، ولكن مع التغيير - هنا. القيمة الافتراضية 0.59 أو 0.38 بت هي
يتغير تلقائيًا إذا كان إجمالي الانتروبيا النسبية للنموذج (تطابق إجمالي
الانتروبيا النسبية للحالة) أقل من القطع ، وهو 6.0 بت افتراضيًا ، ولكن
يمكن تغييرها مع الخبير ، غير الموثقين --السابق خيار. إذا كنت تريد حقا أن
العب بهذا الخيار ، استشر الكود المصدري.

--ينون
قم بإيقاف تشغيل إستراتيجية ترجيح الانتروبيا. رقم التسلسل الفعال هو فقط
عدد التسلسلات في المحاذاة.

- هنا
قم بتعيين الهدف يعني الانتروبيا النسبية لحالة المطابقة . الهدف افتراضيا
الانتروبيا النسبية لكل موضع تطابق 0.59 بت للنماذج ذات 1 على الأقل
basepair و 0.38 للموديلات التي لا تحتوي على أزواج أساسية.

- مينسيك
حدد الحد الأدنى المسموح به لرقم التسلسل الفعال كـ .

- همري
قم بتعيين هدف HMM يعني الانتروبيا النسبية لحالة المطابقة . الانتروبيا ل
يتم حساب حالات المطابقة الأساسية باستخدام انبعاثات basepair المهمشة
الاحتمالات.

--eset
قم بتعيين رقم التسلسل الفعال لترجيح الانتروبيا كـ .

OPTIONS المتابعة منقي P7 HMM إنشاءات

لكل سم ذلك سمبيلد يُنشئ ، مرشح مصاحب p7 HMM مبني من المدخلات
المحاذاة كذلك. هذه الخيارات التحكم في تصفية HMM البناء:

--p7ere
قم بتعيين الهدف يعني الانتروبيا النسبية لحالة المطابقة للمرشح p7 HMM كـ . By
الافتراضي الانتروبيا النسبية الهدف لكل موضع مطابقة هو 0.38 بت.

- p7ml استخدم أقصى احتمال p7 HMM مبني من CM كمرشح HMM. هذا HMM سوف
أن تكون مشابهًا قدر الإمكان لـ CM (بينما يجهل بالضرورة الثانوية
بنية).

استعمل - مساعدة لرؤية خيارات بناء HMM إضافية ، وغير موثقة بخلاف ذلك.

OPTIONS المتابعة منقي P7 HMM معايرة

بعد بناء كل مرشح HMM ، سمبيلد يحدد معلمات القيمة الإلكترونية المناسبة لاستخدامها
أثناء التصفية في com.cmsearch و سمسكان عن طريق أخذ عينات من مجموعة من المتواليات والبحث عنها
مع كل تكوين وخوارزمية مرشح HMM.

--إم إن قم بتعيين عدد التسلسلات التي تم أخذ عينات منها لمعايرة HMM لمرشح MSV المحلي إلى .
200 بشكل افتراضي.

- إيفن قم بتعيين عدد التسلسلات التي تم أخذ عينات منها لمعايرة HMM لمرشح Viterbi المحلي إلى
. 200 بشكل افتراضي.

--الفن قم بتعيين عدد التسلسلات التي تم أخذ عينات منها لمعايرة HMM للمرشح الأمامي المحلي إلى
. 200 بشكل افتراضي.

--EgfN تعيين عدد تسلسل العينات لمعايرة HMM مرشح جلوكال إلى الأمام
إلى . 200 بشكل افتراضي.

استعمل - مساعدة للاطلاع على خيارات معايرة HMM الإضافية ، وغير الموثقة بخلاف ذلك.

OPTIONS لأي التكرير ال INPUT انتقام

--صقل
حاول تحسين المحاذاة قبل بناء CM باستخدام التوقع-
تعظيم (م). يتم إنشاء CM أولاً من المحاذاة الأولية كالمعتاد. ثم،
تتم إعادة تنظيم التسلسلات في المحاذاة على النحو الأمثل (باستخدام CYK النطاقات HMM
خوارزمية ، الأمثل يعني الأمثل بالنظر إلى النطاقات) إلى CM ، ويتم بناء CM جديد
من المحاذاة الناتجة. يتم بعد ذلك إعادة محاذاة التسلسلات إلى CM الجديد ، و a
تم بناء CM جديد من هذا المحاذاة. استمر هذا حتى التقارب ،
على وجه التحديد عندما لا تكون المحاذاة لتكرارين متتاليين
تختلف اختلافًا كبيرًا (درجات البت المجمعة لجميع التسلسلات في ملف
تتغير المحاذاة بنسبة أقل من 1٪ بين تكرارين متتاليين). الاخير
المحاذاة (المحاذاة المستخدمة لبناء CM الذي تتم كتابته إليه ) is
كتبت إلى .

-l بدافع --صقل، قم بتشغيل خوارزمية المحاذاة المحلية ، والتي تسمح بالمحاذاة إلى
تمتد إلى اثنين أو أكثر من التكرارات اللاحقة إذا لزم الأمر (على سبيل المثال ، إذا كانت هياكل الاستعلام
النموذج والتسلسل المستهدف يتم مشاركتهما جزئيًا فقط) ، مما يسمح ببعض الحجم الكبير
يتم معاقبة عمليات الإدراج والحذف في الهيكل بشكل مختلف عن المعتاد
إينديلز. الافتراضي هو محاذاة نموذج الاستعلام بشكل عام للتسلسلات الهدف.

- جيبس
يعدل سلوك --صقل لذلك يتم استخدام أخذ عينات جيبس ​​بدلاً من EM. ال
الاختلاف هو أنه خلال مرحلة المحاذاة ، لا تكون المحاذاة بالضرورة
الأمثل ، بدلاً من ذلك يتم أخذ عينات محاذاة (parsetree) لكل تسلسل من
التوزيع اللاحق للمحاذاة على النحو الذي تحدده الخوارزمية الداخلية. بسبب
خطوة أخذ العينات هذه - جيبس هي غير حتمية ، لذلك هناك طرق مختلفة لها نفس الشيء
قد تؤدي المحاذاة إلى نتائج مختلفة. هذا ليس صحيحا عندما --صقل ويستخدم
بدون ال - جيبس الخيار ، وفي هذه الحالة ستكون المحاذاة النهائية و CM دائمًا
نفس الشيء. متى - جيبس تم تمكين --بذرة يمكن استخدام الخيار للبذر
مولد رقم عشوائي بشكل متوقع ، مما يجعل النتائج قابلة للتكرار. هدف
ال - جيبس الخيار هو مساعدة القيمين على محاذاة الحمض النووي الريبي الخبراء على صقل الهيكلية
المحاذاة من خلال السماح لهم بمراقبة المحاذاة البديلة عالية الدرجات.

--بذرة
زرع مولد الأرقام العشوائية مع و عدد صحيح> = 0. هذا الخيار يمكن فقط
يمكن استخدامها مع - جيبس. If هو أخذ عينات عشوائية غير صفرية من
ستكون المحاذاة قابلة للتكرار ؛ نفس الأمر سيعطي نفس النتائج. لو
هو 0 ، مولد الأرقام العشوائية مصنّف بشكل تعسفي ، وصحفي
قد تختلف العينات من تشغيل إلى تشغيل نفس الأمر. البذور الافتراضية هي 0.

- جيك بدافع --صقل، تتماشى مع خوارزمية CYK. افتراضيا الدقة المثلى
الخوارزمية المستخدمة. هناك المزيد من المعلومات حول هذا في سمالين صفحة دليل.

- لا ينقر
بدافع --صقل، قم بإيقاف تشغيل خوارزمية المحاذاة المقطوعة. هناك أكثر
معلومات عن هذا في سمالين صفحة دليل.

استعمل - مساعدة لرؤية خيارات تحسين المحاذاة الإضافية ، غير الموثقة ، مثل
بالإضافة إلى خيارات وخيارات ملف الإخراج الأخرى لبناء نماذج متعددة لملف واحد
انتقام.

استخدم cmbuild عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net