cmtk - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

cmtk - مجموعة أدوات القياس الحسابي

موجز

cmtk [خيارات]

الوصف

يوفر هذا البرنامج النصي المساعد وصولاً موحدًا إلى جميع أدوات سطر الأوامر التي يوفرها CMTK.
الرجاء تحديد أمر CMTK المراد تشغيله وخياراته. يرى كمتك- (1) الصفحة الرئيسية أو
مخرج ل cmtk --مساعدة ل خيارات محددة

أوامر

جزء
قم بتسجيل صورة مستهدفة في الأطلس، باستخدام تقاربي متبوعًا بـ B-spline غير الصلب
التسجيل، ثم أعد تنسيق خريطة تسمية الأطلس إلى الصورة المستهدفة.

asegment_sri24
قم بتسجيل صورة مستهدفة لقناة مختارة من أطلس SRI24 للدماغ البشري
إعادة تنسيق إحدى خرائط تسمية الأطلس إلى الصورة المستهدفة. ملاحظة: من المفترض أن ملف
الصورة المستهدفة مجردة من الجمجمة ، أي تحتوي فقط على الدماغ.

Average_affine
تحسب هذه الأداة متوسط ​​تسلسل الإحداثيات التابعة التي يقدمها المستخدم
التحولات.

Average_images
تحسب هذه الأداة متوسط ​​البكسل، أو التباين، أو الانحراف المعياري، أو درجة z، أو
صور الإنتروبيا من قائمة الصور المكثفة المقدمة من المستخدم.

Average_labels
متوسط ​​صور الملصقات المسجلة المشتركة باستخدام وحدات التخزين الجزئية

متوسط
حساب الصور ذات الكثافة المتوسطة وخرائط التشوه باستخدام ملف نشط
نموذج تشوه.

concat_affine
تحسب هذه الأداة التسلسل الصريح للإحداثيات المتعددة
التحولات، كل منها يمكن عكسها اختياريا.

تحويل_الاعوجاج
تقوم هذه الأداة بتحويل إحداثيات التشوه ذات التنسيق الحر غير الصلبة B-spline
التحولات بين تمثيلات مختلفة (على سبيل المثال، المطلق مقابل النسبي
ثلاثة أبعاد). كما يخلق التحولات الكسرية.

com.convertx
تقوم هذه الأداة بالتحويل بين تنسيقات ملفات الصور وأنواع بيانات البكسل. ويمكن أن تنطبق أيضا
عمليات صور بسيطة للأغراض العامة في هذه العملية. عدد تعسفي من
يمكن تحديد العمليات في سطر الأوامر، والتي سيتم تطبيقها بالضبط في
أمر معين.

com.dbtool
تقوم هذه الأداة بتعديل قاعدة بيانات الصور والتحويلات بينها والاستعلام عنها
لهم.

dcm2image
ادمج مجموعات شرائح DICOM في مجموعات صور ثلاثية الأبعاد

وصف
تقوم هذه الأداة بطباعة وصف تفصيلي لملفات الإدخال إما على شكل صورة (صور) أو
التحول (ق).

معدم
يقوم هذا البرنامج بتصحيح القطع الأثرية الشريطية في حزم الصور التي تم الحصول عليها والتي يمكن أن تنتج عن
فروق مقياس الشدة بين الشرائح.

Detect_adni_phantom
تكتشف هذه الأداة مواقع جميع المعالم الكروية في صورة ثلاثية الأبعاد للموقع
شبح التصوير الهيكلي Magphan EMR051 (المعروف أيضًا باسم ADNI Phantom).

Discover_spheres_matched_filter
تكتشف هذه الأداة الكائنات الكروية في الصور ثلاثية الأبعاد.

dof2mat
تحويل التحويل التقاربي من تمثيل درجات الحرية إلى شكل المصفوفة

dwi_mask_bad_slices
تقوم هذه الأداة بقراءة مجموعة من صور الرنين المغناطيسي الموزونة ثلاثية الأبعاد وتجد شرائح سيئة. سيء
تم اكتشاف الشريحة في صورة الانتشار على أنها شريحة متوسط ​​شدتها خارج نطاق a
الفاصل الزمني المحدد حول متوسط ​​متوسط ​​جميع الشرائح المقابلة من
صور الانتشار المتبقية

إبيونوارب
تصحيح التشوه الناجم عن عدم تجانس المجال B0 في صور Echo Planar (على سبيل المثال،
الصور الموزونة للانتشار) باستخدام صورتين تم الحصول عليهما من خلال تشفير الطور المتعارض
الاتجاهات.

fib2image
تتم قراءة نتائج تتبع الألياف من أداة UNC Fiber Tracking من الإدخال القياسي
ويتم رسم جميع نقاط الألياف في صورة ثلاثية الأبعاد. النتيجة مكتوبة في واحدة من
تنسيقات ملفات الصور المدعومة.

com.fibxform
تتم قراءة ملف يحتوي على نتائج تتبع الألياف من أداة UNC Fiber Tracking
يتم تطبيق الإدخال القياسي وتحويلات إحداثية واحدة أو أكثر (متسلسلة).
لجميع إحداثيات نقطة الألياف. تتم كتابة النتيجة إلى الإخراج القياسي، مرة أخرى
تنسيق ملف الألياف UNC.

فيلم تقوم هذه الأداة بتقسيم صورة الإدخال المتداخلة إلى صور المرور، وتسجيلها بشكل مشترك،
ويعيد بناء الصورة المصححة للحركة

تصفية
تطبق هذه الأداة عوامل التصفية المكانية، بما في ذلك العوامل الحساسة للمعلومات
المشغلين، على أساس حبات غاوسية انتقائية.

fit_affine_dfield
تناسب تحويل تقاربي خطي إلى تحويل غير جامدة، إما B-الخط
تشوه حر الشكل أو مجال تشوه غير حدودي.

fit_affine_xform
احتواء تحويل تقاربي خطي إلى قائمة متسلسلة ومقلوبة اختياريًا،
التحولات.

fit_affine_xform_landmarks
تناسب التحول الخطي تقاربي لمجموعة من المعالم المتطابقة.

fit_spline_dfield
تناسب التحول غير جامدة حدودي (تشوه الشكل الحر B-الخط) إلى أ
مجال التشوه

fit_spline_xform
احتواء تحويل غير جامد حدودي (تشوه الشكل الحر B-الخط) إلى القائمة
من التحولات المتسلسلة والمقلوبة اختياريًا.

com.fview

Geomatch
تقوم هذه الأداة بقراءة صورتين أو أكثر واختبار ما إذا كانت أبعاد شبكتها بالبكسل أم لا
تتطابق الأحجام والتحولات من الصورة إلى الفضاء. اختياريا، جميع الصور
إعادة توجيهها إلى الاتجاه القياسي قبل إجراء الاختبار. إذا كانت جميع الصور متطابقة،
تعود الأداة برمز الخروج 0، وإلا فإنها تعود برمز الخروج 2. في حالة
خطأ (على سبيل المثال، لا يمكن قراءة إحدى الصور)، رمز الخروج هو 1.

GLM النمذجة الإحصائية لشدة البكسل في صور متعددة باستخدام الخطي العام
نموذج.

خرائط Google للجوال قم بتقسيم الصورة إلى فئات c باستخدام خوارزمية EM للمخاليط الغوسية
مقدمات اختيارية.

com.gregxform
هذه الأداة مهملة. يرجى استخدام Streamxform بدلاً من ذلك.

groupwise_affine
تسجل هذه الأداة مجموعة من الصور المدخلة في وقت واحد، بدون قالب،
باستخدام إما خوارزمية "التجميد" أو قياس التشابه الجماعي بناءً على أ
التقريب المستمر للمعلومات المتبادلة ('RMI').

groupwise_init
حساب المحاذاة الأولية لمجموعة من الصور المدخلة، والتي يمكن استخدامها كصورة
المدخلات للتسجيل الجماعي

groupwise_warp
تقوم هذه الأداة بتسجيل مجموعة من الصور المدخلة بشكل غير ثابت في وقت واحد، دون الحاجة إلى ملف
القالب، باستخدام إما خوارزمية "التجميد" أو مقياس التشابه الجماعي
بناءً على التقريب المستمر للمعلومات المتبادلة ("RMI").

هاوسدورف
تحسب هذه الأداة مسافة Hausdorff بين صورتي تسمية.

الرسم البياني
أنشئ رسمًا بيانيًا لشدة الصورة واكتبه كملف نصي مفصول بعلامات جدولة
الإخراج القياسي

imagemath
قم بإجراء عمليات على الصور باستخدام تدوين postfix القائم على التكديس.

interleaved_bad_slices
تقرأ هذه الأداة سلسلة زمنية من الصور ثلاثية الأبعاد وتكتشف القيم المتطرفة.

iterative_shape_averaging

jidb تقوم هذه الأداة بتقسيم صورة الإدخال المتداخلة إلى صور المرور، وتسجيلها بشكل مشترك،
ويعيد بناء الصورة المصححة للحركة

مجموعة مستوى
تجزئة من نوع Levelset للمقدمة/الخلفية باستخدام الحد الأدنى من التباين الإقليمي
طاقة

com.lmsba
تجمع هذه الأداة بين عدة قطاعات متعددة الفئات من التسجيل المشترك و
الأطالس المعاد تنسيقها باستخدام المتوسط ​​المعتمد على الشكل والمرجح محليًا.

lsba تجمع هذه الأداة بين العديد من الأقسام الثنائية من التسجيل المشترك وإعادة التنسيق
الأطالس باستخدام متوسط ​​مرجح محليًا يعتمد على الشكل.

lvote
تجمع هذه الأداة بين أجزاء متعددة من الأطالس المسجلة والمعاد تنسيقها
باستخدام التصويت المرجح محليا.

make_initial_affine
حساب التحول التقاربي الأولي عن طريق محاذاة مراكز الكتلة أو المحاور الرئيسية

mat2dof
تحويل مصفوفة التحويل إلى درجات الحرية

مكافيني
تسجيل الصور المتقاربة متعدد القنوات باستخدام الرسم البياني أو القائم على التباين
تدابير الإنتروبيا المشتركة

com.mcwarp
تسجيل الصور غير الصلبة B-spline متعدد القنوات باستخدام الرسم البياني أو
تدابير الإنتروبيا المشتركة القائمة على التغاير

mk_adni_phantom
إنشاء صورة لشبح معايرة التصوير الهيكلي ADNI (المعروف أيضًا باسم Magphan
EMR051).

mk_analyze_hdr
قم بإنشاء ملف رأس وفقًا لتنسيق Analzye 7.5 استنادًا إلى المعلمات التي يوفرها المستخدم لـ
الهندسة ونوع البيانات والاتجاه وما إلى ذلك.

mk_nifti_hdr
قم بإنشاء ملف رأس وفقًا لتنسيق ملف NIFTI استنادًا إلى المعلمات التي يوفرها المستخدم لـ
الهندسة ونوع البيانات والاتجاه وما إلى ذلك.

mk_phantom_3d
قم بإنشاء صور رقمية ثلاثية الأبعاد باستخدام مجموعة مختارة من أوامر الرسم

com.mrbias
يقوم هذا البرنامج بتصحيح آثار عدم تجانس الشدة في صور الرنين المغناطيسي باستخدام التحيز
المجال المقدر عن طريق التقليل الانتروبيا.

تداخل
حساب تدابير التداخل بين صورتين أو أكثر

مسبار
تقوم هذه الأداة بطباعة قيم البكسل أو التسميات الرمزية في قائمة الصور المقدمة من المستخدم
إحداثيات.

com.pxsearch
تقرأ هذه الأداة ملف صورة، بالإضافة إلى قائمة بإحداثيات البكسل من المستوى القياسي
مدخل. لكل بكسل، يتم البحث عن الحي المحلي في الصورة
القيمة القصوى. ثم تتم كتابة موقع الحد الأقصى إلى الإخراج القياسي.

reformatx
أداة موسعة لإعادة تنسيق الحجم لحساب الصور المعاد تنسيقها والخرائط اليعقوبية من
التسلسل التعسفي للتحولات المتسلسلة

السجل الضريبي
ينفذ هذا البرنامج تسجيلًا صارمًا وصارمًا للصور باستخدام دقة وضوح متعددة
تحسين مقاييس تشابه الصور المستندة إلى فوكسل.

التسجيل x
ينفذ هذا البرنامج تسجيلًا صارمًا وصارمًا للصور باستخدام دقة وضوح متعددة
تحسين مقاييس تشابه الصور المستندة إلى فوكسل.

تراجع
الانحدار الخطي (ومتعدد الحدود ذو الترتيب العالي) لحقول التشوه والصور.

إعادة توجيه
التحويل بين اتجاهات الصورة، أي إعادة ترتيب مجموعة البكسل فعليًا والتكيف معها
معلومات التوجه التشريحي المخزنة

SBA متوسط ​​التجزئة (حقول التسمية) باستخدام تحويل المسافة الإقليدية. الجميع
يجب أن تكون الصور المدخلة في نفس المساحة. يتم حساب EDT في هذه المساحة أيضًا. يرى
http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 للحصول على تفاصيل الخوارزمية الأساسية.

sbai متوسط ​​التجزئة (حقول التسمية) باستخدام تحويل المسافة الإقليدية. هذا
تقوم الأداة بإجراء الاستيفاء المشترك والمتوسط ​​عن طريق الاستيفاء من EDT. هذا
يتطلب أن تكون المدخلات عبارة عن تحويلات من نفس الثابت إلى (ليس بالضرورة)
صور متحركة مختلفة. يتم حساب EDT في مساحة كل صورة متحركة.
يرى http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 للحصول على تفاصيل الأساسية
الخوارزمية.

تسلسل
تحليل تسلسل القيم العددية ، والتي تتم قراءتها من الإدخال القياسي

تشابه
حساب مقاييس التشابه مثل اختلاف الكثافة أو تداخل الملصقات بين بعضها البعض
صورتين.

انقسم
تقسيم حجم الصورة إلى صور فرعية، أي لفصل الصور المتداخلة إلى ممرات

إحصائيات
الحسابات الإحصائية على شدة بكسل الصورة، أي الوسائل والمعيارية
الانحرافات

دفق_بكسل
تقرأ هذه الأداة صورة واحدة أو أكثر وتكتب كل وحدات البكسل الخاصة بها إلى الإخراج القياسي بتنسيق
شكل ثنائي. اختياريًا ، يمكن إعادة توجيه كل صورة إلى شكل تشريحي محدد
الاتجاه و/أو تحويلها إلى نوع بيانات مختلف. وهذا مفيد للأنابيب
بيانات الصورة من خلال خط أنابيب، على سبيل المثال، مجموعة أدوات Camino DTI.

com.streamxform
تتم قراءة قائمة إحداثيات النقاط بتنسيق ASCII من الإدخال القياسي وملف المستخدم
يتم تطبيق التسلسل المقدم من تحويلات الإحداثيات (كل مقلوب اختياريًا).
لهم. ثم تتم كتابة النقاط المحولة إلى الإخراج القياسي.

Sympl
قم بحساب مستوى التماثل التقريبي للصورة لتحديد، على سبيل المثال،
المستوى السهمي الأوسط في صور الدماغ البشري. يتم دعم أشكال مختلفة من الإخراج،
على سبيل المثال، كتابة صورة الإدخال مع رسم مستوى التماثل فيها، أو الإدخال
إعادة ترتيب الصورة على طول مستوى التماثل.

رمز
قم بحساب مستوى التماثل التقريبي للصورة لتحديد، على سبيل المثال،
المستوى السهمي الأوسط في صور الدماغ البشري. يتم دعم أشكال مختلفة من الإخراج،
على سبيل المثال، كتابة صورة الإدخال مع رسم مستوى التماثل فيها، أو الإدخال
إعادة ترتيب الصورة على طول مستوى التماثل.

com.tttest
اختبارات Pixelwise ذات دلالة إحصائية. قم أيضًا بحساب الارتباطات ودرجات z

غير منقسم
انضم إلى حزم الصور المنفصلة في وحدة تخزين صورة مشذرة واحدة

unwarp_image_phantom
تحسب هذه الأداة إما تحويل متعدد الحدود أو الشكل الحر للخط B
تشوه ل unwarp الصورة. يعتمد التحول على المتوقع والمكتشف
المعالم في صورة شبح هيكلي تم الحصول عليها على نفس الماسح الضوئي. استخدم ال
أداة "detect_adni_phantom" لاكتشاف معالم ADNI Phantom في الصورة و
قم بإنشاء ملف وصف وهمي مناسب للاستخدام مع هذه الأداة.

vol2csv
تحسب هذه الأداة أحجام المناطق في صورة التسمية. يقبل بشكل اختياري
خرائط الكثافة (على سبيل المثال، للأنسجة المختلفة) وتحسب وتطبع كل منطقة
المحتوى لكل. أيضًا، يمكن للأداة قبول خريطة "حجم البكسل" الاختيارية للحساب
لاختلافات حجم البكسل المحلي، على سبيل المثال، بسبب التشوه المكاني.

Volume_injection
إعادة بناء وحدة تخزين عالية الدقة من عدة مسجلات مشتركة (دقة منخفضة)
الصور باستخدام حقن حجم إلى الأمام

Volume_reconstruction
إعادة بناء الحجم التكراري من الصور المسجلة بشكل مشترك باستخدام الاستيفاء العكسي
أو تشويش المفاصل

vtkxform
تتم قراءة ملف VTK بتنسيق ASCII من الإدخال القياسي والإحداثيات التي يوفرها المستخدم
يتم تطبيق التحويل (المقلوب اختياريًا) على إحداثيات الرأس. فتك
تتم بعد ذلك كتابة الملف ذو النقاط المحولة إلى الإخراج القياسي.

انفتل يقوم هذا البرنامج بتسجيل الصور غير الصلبة باستخدام تحسين الدقة المتعددة
من مقاييس تشابه الصور المستندة إلى فوكسل وخط B متعدد الدقة
نموذج التحول.

warp2ps
اكتب حقل التشوه كشبكة مشوهة بتنسيق PostScript للتصور و
توضيح

warpx
يقوم هذا البرنامج بتسجيل الصور غير الصلبة باستخدام تحسين الدقة المتعددة
من مقاييس تشابه الصور المستندة إلى فوكسل وخط B متعدد الدقة
نموذج التحول.

xform2dfield
تحويل تحويل حدودي جامد أو غير جامد إلى مجال التشوه، وأخذ عينات في
مواقع البكسل لصورة مرجعية معينة

xform2itk
تقوم هذه الأداة بتحويل تحويلات الإحداثيات من تنسيق CMTK إلى تنسيق ITK، وفي
هذه العملية، تصحح أيضًا الاختلافات في اصطلاحات تنسيق الصورة

xform2scalar
تستخرج هذه الأداة القياسات العددية من التحويلات ومجالات التشوه،
أخذ عينات في مواقع الشبكة، ويكتب النتائج على الصورة. أمثلة على المدعومة
التدابير العددية هي: x، y، z مكون التحويل وحجم
التحول والمحددات اليعقوبية.

مؤلفون

Torsten Rohlfing ، مع مساهمات من Michael P. Hasak ، و Greg Jefferis ، و Calvin R.
ماورر ودانييل بي روساكوف وياروسلاف هالشينكو

استخدم cmtk عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net