هذا هو الأمر create_matrix الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
create_matrix - حساب مصفوفة تشابه وفرة الجينوم
موجز
إنشاء مصفوفة [الخيارات] أسماء
الوصف
احسب مصفوفة التشابه.
أولاً ، يتم محاكاة مجموعة من القراءات لكل جينوم مرجعي باستخدام محاكي القراءة من
core / tools.py المحدد عبر -s. ثانيًا ، يتم تعيين القراءات المحاكاة لكل نوع
مقابل جميع الجينومات المرجعية باستخدام مخطط الخرائط المحدد بـ -m. الثالث ، الناتج
يتم تحليل ملفات SAM لحساب مصفوفة التشابه. يتم تخزين مصفوفة التشابه
كملف numpy (-o).
OPTIONS
أسماء اسم ملف الأسماء ؛ يجب أن يحتوي ملف أسماء النص العادي على اسم واحد لكل ملف
خط. يستخدم الاسم كمعرف في الخوارزمية بأكملها.
-h, --مساعدة
إظهار رسالة المساعدة هذه والخروج
-s محاكاة ، --محاكي=SIMULATOR
معرف محاكي القراءة المحدد في core / tools.py [افتراضي: لا شيء]
-r المرجع ، --المرجعي=REF
نموذج ملف التسلسل المرجعي لمحاكاة القراءة. العنصر النائب للاسم هو
"٪س". [افتراضي: ./ref/٪s.fasta]
-m خريطة ، - مخطط=مخطط
معرف مخطط الخرائط المحدد في core / tools.py [افتراضي: لا شيء]
-i فِهرِس، --فهرس=INDEX
ملفات الفهرس المرجعية لمعيار القراءة. العنصر النائب للاسم هو "٪ s".
[افتراضي: ./ref/٪s.fasta]
-t مؤقت، --مؤقت=مؤقت
دليل لتخزين مجموعات البيانات المحاكاة المؤقتة وملفات SAM. [افتراضي: ./temp]
-o خارج، --انتاج=OUT
إخراج ملف مصفوفة تشابه. [افتراضي: ./similarity_matrix.npy]
استخدم create_matrix عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
