cutadapt - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

cutadapt - صفحة دليل لـ cutadapt 1.8.3

الوصف

cutadapt الإصدار 1.8.3 حقوق الطبع والنشر © 2010-2015 Marcel Martin[البريد الإلكتروني محمي]>

cutadapt يزيل تسلسل المحول من قراءات التسلسل عالي الإنتاجية.

الاستخدام:
com.cutadapt -a محول [خيارات] [-o output.fastq] input.fastq

في حالة اقتران نهاية على ما يلي:
com.cutadapt -a التكيف 1 -A ADAPT2 [خيارات] -o out1.fastq -p out2.fastq in1.fastq
in2.fastq

استبدل "ADAPTER" بالتسلسل الفعلي للمحول 3. أحرف البدل IUPAC
مدعمون. * لا * يتم البحث عن المكمل العكسي تلقائيًا. كل ما يقرأ من
سيتم كتابة input.fastq إلى output.fastq مع إزالة تسلسل المحول. مشترك كهربائي
المطابقة متسامحة مع الخطأ. يمكن إعطاء تسلسلات محول متعددة (استخدم المزيد -a
خيارات) ، ولكن ستتم إزالة المحول الأفضل مطابقة فقط.

قد يكون الإدخال أيضًا بتنسيق FASTA. يتم دعم المدخلات والمخرجات المضغوطة و
تم اكتشافه تلقائيًا من اسم الملف (.gz ، .xz ، .bz2). استخدم اسم الملف "-" للمعيار
الإدخال / الإخراج. بدون ال -o الخيار ، يتم إرسال الإخراج إلى الإخراج القياسي.

بعض آخر متاح ملامح هي:
* أنواع مختلفة من المحولات الأخرى (5 محولات ، محولات "مختلطة" 5 "/ 3" وما إلى ذلك) *
اقتطاع عدد ثابت من القواعد * تشذيب الجودة * اقتطاع قراءة مساحة الألوان *
يقرأ التصفية حسب معايير مختلفة

استخدم "cutadapt --مساعدة"لمشاهدة كافة خيارات سطر الأوامر. راجع
http://cutadapt.readthedocs.org/ للحصول على الوثائق الكاملة.

OPTIONS

--الإصدار
إظهار رقم إصدار البرنامج والخروج

-h, --مساعدة
إظهار رسالة المساعدة هذه والخروج

-f صيغة، --صيغة=FORMAT
تنسيق ملف الإدخال ؛ يمكن أن تكون "fasta" أو "fastq" أو "sra-fastq". عندما تجاهلت
قراءة ملفات csfasta / qual (افتراضي: الاكتشاف التلقائي من امتداد اسم الملف).

الخيارات التي تؤثر على كيفية العثور على المحولات:

كل من المعلمات الثلاثة التالية (-a, -b, -g) يمكن استخدامها عدة مرات و
في أي مجموعة للبحث عن مجموعة كاملة من المحولات ربما مختلفة
أنواع. يتم اقتطاع أفضل محول مطابق فقط من كل قراءة (ولكن انظر ملف
- مرات خيار). بدلاً من إعطاء محول مباشرة ، يمكنك أيضًا الكتابة
file: ستتم قراءة FILE وتسلسلات المحول من الملف المحدد (والذي يجب أن يكون
بتنسيق FASTA).

-a مشترك كهربائي، --مشترك كهربائي=مشترك كهربائي
تسلسل محول تم ربطه بالطرف 3. المحول نفسه و
يتم قطع أي شيء يتبع. إذا انتهى تسلسل المحول بـ "$"
حرف ، يتم إرساء المحول بنهاية القراءة ويتم العثور عليه فقط إذا كان ملف
لاحقة القراءة.

-g مشترك كهربائي، --أمام=مشترك كهربائي
تسلسل محول تم ربطه بالطرف 5. إذا كان تسلسل المحول
يبدأ بالحرف "^" ، يكون المحول "مثبتًا". يجب أن يكون المحول المثبت
تظهر بالكامل في نهاية 5 'للقراءة (إنها بادئة للقراءة). أ
قد يظهر المحول غير المثبت جزئيًا في نهاية 5 ، أو قد يحدث داخل
يقرأ. إذا تم العثور عليه ضمن قراءة ، فسيكون التسلسل الذي يسبق المحول أيضًا
قلص. في جميع الحالات ، يتم قطع المحول نفسه.

-b مشترك كهربائي، --في أى مكان=مشترك كهربائي
تسلسل محول تم ربطه بنهاية 5 أو 3. إذا كان المحول
الموجودة داخل القراءة أو المتراكبة في نهاية القراءة 3 ، يكون السلوك هو
نفس الشيء بالنسبة ل -a خيار. إذا تداخل المحول مع نهاية 5 '(بداية
read) ، يتم قطع الجزء الأولي من القراءة المطابقة للمحول ، ولكن
يتم الاحتفاظ بأي شيء يتبع.

-e نسبة الخطأ، --نسبة الخطأ=نسبة الخطأ
الحد الأقصى لمعدل الخطأ المسموح به (عدد الأخطاء مقسومًا على طول المطابقة
المنطقة) (الافتراضي: 0.1)

- لا إينديلز
لا تسمح باستخدام indels في المحاذاة (اسمح فقط بعدم التطابق). حاليا فقط
مدعوم للمحولات المثبتة. (افتراضي: السماح لكل من عدم التطابق و indels)

-n عدد، - مرات=بالإحصاء
حاول إزالة المحولات COUNT مرة على الأكثر. يكون مفيدًا عند إلحاق محول
عدة مرات (الافتراضي: 1).

-O طول، --تداخل=الطول
الحد الأدنى لطول التداخل. إذا كان التداخل بين القراءة والمحول أقصر
من LENGTH ، لم يتم تعديل القراءة. هذا يقلل من لا. من القواعد قلص بحتة
بسبب تطابق المحول العشوائي القصير (الافتراضي: 3).

- تطابق-قراءة-البدل
السماح بأحرف البدل IUPAC في القراءات (الافتراضي: خطأ).

-N, - لا تطابق محول البدل
لا تفسر أحرف البدل IUPAC في المحولات.

خيارات لتصفية القراءات المعالجة:

- تجاهل-قلص, --ينبذ
تجاهل القراءات التي تحتوي على المحول بدلاً من قصها. أيضا استخدام -O in
من أجل تجنب التخلص من عدد كبير جدًا من القراءات المطابقة العشوائية!

- تجاهل-دون تشذيب, --مقص فقط
يقرأ تجاهل التي لا تحتوي على المحول.

-m طول، - الحد الأدنى للطول=الطول
تجاهل القراءات التي تم اقتصاصها والتي تكون أقصر من LENGTH. قراءات قصيرة جدًا حتى
قبل إزالة المحول يتم التخلص منها أيضًا. في فضاء الألوان ، لا يكون التمهيدي الأولي
محسوب (الافتراضي: 0).

-M طول، --الحد الأقصى لطول=الطول
تجاهل القراءات المقتطعة التي يزيد طولها عن LENGTH. قراءات طويلة جدًا حتى
قبل إزالة المحول يتم التخلص منها أيضًا. في فضاء الألوان ، لا يكون التمهيدي الأولي
محسوب (الافتراضي: بلا حدود).

- لا تقليم
المطابقة وإعادة التوجيه يقرأ إلى الإخراج / untrimmed-output كالمعتاد ، لكن لا تقم بإزالته
المحولات.

- ماكس ن=الطول
أقصى نسبة مسموح بها لـ N في القراءة. سيتم التعامل مع رقم <1 على أنه أ
النسبة بينما سيتم التعامل مع الرقم> 1 على أنه الحد الأقصى لعدد N's
يتضمن.

- محول قناع
قم بإخفاء المحولات باستخدام أحرف 'N' بدلاً من قصها.

الخيارات التي تؤثر على ما يصل الناتج إلى حيث:

--هادئ
لا تطبع تقريرًا في النهاية.

-o ملف، --انتاج=FILE
كتابة قراءات معدلة إلى FILE. يتم اختيار تنسيق FASTQ أو FASTA بناءً على الإدخال.
يتم إرسال تقرير الملخص إلى الإخراج القياسي. استخدم "{name}" في FILE لإزالة تعدد الإرسال
يقرأ في ملفات متعددة. (افتراضيًا: تتم كتابة القراءات المقطوعة إلى الإخراج القياسي)

--ملف-info=FILE
اكتب معلومات حول كل قراءة ومحولها المطابق في FILE. انظر
وثائق لتنسيق الملف.

-r ملف، - مسند ملف=FILE
عندما يتطابق المحول في منتصف القراءة ، اكتب الباقي (بعد
محول) في FILE.

- ملف بطاقة برية=FILE
عندما يكون للمحول قواعد أحرف بدل ('N') ، اكتب قواعد المحول التي تطابق حرف البدل
من المواقف إلى FILE. عندما يكون هناك indels في المحاذاة ، لن يكون هذا غالبًا
دقيقة.

- انتاج قصير جدا=FILE
قراءات الكتابة قصيرة جدًا (وفقًا للطول المحدد بواسطة -m) إلى ملف.
(افتراضي: تجاهل القراءة)

- خرج طويل جدًا=FILE
قراءات الكتابة طويلة جدًا (وفقًا للطول المحدد بواسطة -M) إلى ملف.
(افتراضي: تجاهل القراءة)

- إخراج غير مقطوع=FILE
قراءات الكتابة التي لا تحتوي على محول إلى FILE. (افتراضي: الإخراج إلى نفس الملف
كما يقرأ قلص)

تعديلات إضافية على القراءات:

-u طول، --يقطع=الطول
قم بإزالة LENGTH من القواعد من بداية أو نهاية كل قراءة. إذا كان LENGTH موجبًا ،
تتم إزالة القواعد من بداية كل قراءة. إذا كان LENGTH سالبًا ، فإن ملف
تتم إزالة القواعد من نهاية كل قراءة. يمكن تحديد هذا الخيار مرتين إذا
للأطوال علامات مختلفة.

-q [5 "إيقاف" ، 3 "إيقاف ، - قطع الجودة=[5"قصّة ،] 3" قصّة
قم بقص القواعد منخفضة الجودة من 5 'و / أو 3' نهايات القراءة قبل إزالة المحول. لو
يتم إعطاء قيمة واحدة ، ويتم قطع نهاية 3 فقط. إذا كانت هناك قطعتان مفصولتان بفاصلة
بالنظر إلى ذلك ، يتم قطع الطرف 5 'مع القطع الأول ، والنهاية 3' بالثانية. ال
الخوارزمية هي نفسها التي يستخدمها BWA (انظر التوثيق). (افتراضي: لا
زركشة)

- قاعدة الجودة=نوعية_قاعدة
افترض أن قيم الجودة مشفرة على أنها ascii (جودة + QUALITY_BASE). ال
الافتراضي (33) عادة ما يكون صحيحًا ، باستثناء القراءات التي تنتجها بعض إصدارات
خط أنابيب Illumina ، حيث يجب تعيين هذا على 64. (الافتراضي: 33)

- تقليم ن
Trim N's في نهايات القراءات.

-x اختصار، --اختصار=اختصار
أضف هذه البادئة لقراءة الأسماء

-y SUFFIX ، - غلاف=لاحقة
أضف هذه اللاحقة لقراءة الأسماء

- لاحقة الشريط=STRIP_SUFFIX
قم بإزالة هذه اللاحقة من أسماء القراءة إن وجدت. يمكن أن تعطى عدة مرات.

-c, - مساحة الألوان
وضع مساحة الألوان: قم أيضًا بقص اللون المجاور للمحول الموجود.

-d, - تشفير مزدوج
عندما تكون في مساحة الألوان ، قم بترميز الألوان المزدوج (قم بتعيين 0,1,2,3,4،XNUMX،XNUMX،XNUMX،XNUMX إلى A ، C ، G ، T ، N).

-t, - تقليم التمهيدي
عندما تكون في مساحة الألوان ، قم بقص قاعدة البرايمر واللون الأول (وهو الانتقال
إلى النوكليوتيدات الأولى)

- شريط F3
لمساحة الألوان: قم بنزع اللاحقة _F3 لأسماء القراءة

--ماق, --بوا
إخراج فضاء ألوان متوافق مع MAQ و BWA. وهذا يتيح -c, -d, -t, - شريط F3 و
-y "/ 1".

- طول الوسم=TAG
ابحث عن TAG متبوعًا برقم عشري في حقل الوصف للقراءة.
استبدل الرقم العشري بالطول الصحيح للقراءة المقطوعة. ل
على سبيل المثال ، استخدم - طول الوسم "length =" لتصحيح الحقول مثل "length = 123".

- لا صفر سقف
لا تغير قيم الجودة السلبية إلى الصفر. قيم جودة مساحة الألوان -1
ستظهر كمسافات في ملف الإخراج FASTQ. منذ العديد من الأدوات لديها مشاكل
مع ذلك ، يتم تحويل الصفات السلبية إلى الصفر عند قص بيانات مساحة الألوان.
استخدم هذا الخيار للحفاظ على الصفات السلبية.

-z, - غطاء صفر
قم بتغيير قيم الجودة السلبية إلى الصفر. يتم تمكين هذا بشكل افتراضي عندما
-c/ - تم تمكين مساحة الألوان أيضًا. استخدم الخيار أعلاه لتعطيله.

خيارات النهاية المزدوجة:

• -A/ -G / -B / -U تعمل خيارات مثل -a/ -b / -g / -u النظراء.

-A مشترك كهربائي
3 'محول ليتم إزالته من القراءة الثانية في زوج.

-G مشترك كهربائي
5 'محول ليتم إزالته من القراءة الثانية في زوج.

-B مشترك كهربائي
5 '/ 3 محول ليتم إزالته من القراءة الثانية في زوج.

-U الطول
قم بإزالة LENGTH من القواعد من بداية أو نهاية كل قراءة (انظر --يقطع).

-p ملف، - ازدواج الإخراج=FILE
اكتب القراءة الثانية في زوج إلى FILE.

- إخراج غير مقيد=FILE
اكتب القراءة الثانية في زوج لهذا FILE عندما لم يتم العثور على محول في الأول
يقرأ. استخدم هذا الخيار مع - إخراج غير مقطوع عند تقليم اقتران النهاية
يقرأ. (افتراضيًا: الإخراج إلى نفس الملف مثل القراءات المقتطعة.)

استخدم cutadapt عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net