هذا هو الأمر diffseqe الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
diffseq - قارن ميزات تسلسلين متشابهين وقم بالإبلاغ عنها
موجز
فرق -تسلسل \ تدرج تسلسل -النتيجة تسلسل -حجم الكلمة عدد صحيح
[- الاختلافات العالمية منطقية] -ملف تقرير -عالية تميز -مقدمة تميز
فرق -مساعدة
الوصف
فرق هو برنامج سطر أوامر من EMBOSS ("البيولوجيا الجزيئية الأوروبية المفتوحة
مجموعة برامج"). إنه جزء من مجموعة (مجموعات) أوامر "محاذاة: اختلافات".
OPTIONS
إدخال قسم
-تسلسل \ تدرج تسلسل
-النتيجة تسلسل
مطلوب: قسم
-حجم الكلمة عدد صحيح
تم العثور على المناطق المتشابهة بين التسلسلين عن طريق إنشاء جدول تجزئة لـ
الكلماتحجم اللقطات اللاحقة. 10 هو تقصير معقول. جعل هذه القيمة أكبر (20؟)
قد يسرع البرنامج قليلاً ، لكنه سيعني أن أي اختلافين داخل
سيتم تجميع "حجم الكلمات" لبعضها البعض كمنطقة اختلاف واحدة. هذه القيمة
قد تكون أصغر (4؟) لتحسين دقة الاختلافات القريبة ، ولكن
البرنامج سيذهب أبطأ بكثير. القيمة الافتراضية: 10
إضافي قسم
- الاختلافات العالمية منطقية
سيجد هذا البرنامج عادةً مناطق هوية بطول امتداد
حجم الكلمة المحدد أو أكبر ، وبعد ذلك سيبلغ عن مناطق الاختلاف بين
هذه المناطق المطابقة. هذا يعمل بشكل جيد وهو ما يريده معظم الناس إذا كانوا كذلك
العمل مع سلاسل الأحماض النووية المتداخلة الطويلة. انت عادة غير مهتم
في النهايات غير المتداخلة لهذه التسلسلات. إذا كان لديك تسلسل بروتيني أو قصير
ومع ذلك ، سوف تكون مهتمًا بالاختلافات في نهايات تسلسل الحمض النووي الريبي. هو - هي
تم تعيين هذا الخيار ليكون صحيحًا ، ثم سيتم أيضًا الإبلاغ عن الاختلافات في النهايات.
القيمة الافتراضية: N
الناتج قسم
-ملف تقرير
-عالية تميز
ملف لإخراج ميزات التسلسل الأول القيمة الافتراضية: $ (asequence.name) .diffgff
-مقدمة تميز
ملف لإخراج ميزات التسلسل الثاني القيمة الافتراضية: $ (bsequence.name) .diffgff
استخدم diffseqe عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
