ديسولفيندر - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

ديسولفيندر - حالة الترابط ثاني كبريتيد السيستين وتوقع الاتصال

موجز

ديسولفيندر [خيارات]

الوصف

"disulfinder" مخصص للتنبؤ بحالة ترابط ثاني كبريتيد السيستين وعناصرها
اتصال ثاني كبريتيد يبدأ من التسلسل وحده. تلعب الجسور ثاني كبريتيد دورا رئيسيا
في تثبيت عملية الطي للعديد من البروتينات. التنبؤ ثاني كبريتيد
وبالتالي فإن الجسور من التسلسل وحدها مفيدة للدراسة الهيكلية والوظيفية
خصائص البروتينات المحددة. وبالإضافة إلى ذلك، معرفة حالة الترابط ثاني كبريتيد
من السيستين قد يساعد في عملية تحديد البنية التجريبية وقد يكون مفيدًا
في مهام الشرح الجيني الأخرى. يتنبأ "ديسولفيندر" بأنماط ثاني كبريتيد في قسمين
المراحل الحسابية: (1) يتم التنبؤ بحالة الترابط ثاني كبريتيد لكل سيستين بواسطة أ
المصنف الثنائي BRNN-SVM؛ (2) السيستينات المعروفة بالمشاركة في التكوين
يتم إقران عدد من الجسور بواسطة شبكة عصبية متكررة للحصول على نمط اتصال.

المراجع

A. Ceroni، A. Passerini، A. Vullo و P. Frasconi. DISULFIND: حالة الترابط ثاني كبريتيد
وخادم التنبؤ باتصال السيستين، أبحاث الأحماض النووية، 34 (خادم الويب
العدد):W177-W181، 2006.

للحصول على توقع اتصال ثاني كبريتيد، انظر:

أ. فولو و ب. فراسكوني. التنبؤ باتصال ثاني كبريتيد باستخدام العصبية العودية
الشبكات والمعلومات التطورية، المعلوماتية الحيوية، 20، 653-659، 2004.

للحصول على متنبئ حالة الترابط السيستين، انظر:

P. فراسكوني، A. Passerini، وA. Vullo. بنية SVM ذات مرحلتين للتنبؤ
حالة الترابط ثاني كبريتيد السيستين، بروك. ورشة عمل IEEE حول الشبكات العصبية للإشارة
المعالجة، الصفحات 25-34، 2002.
A.Ceroni، P.Frasconi، A.Passerini وA.Vullo. التنبؤ بحالة الترابط ثاني كبريتيد
السيستين مع مجموعات من آلات النواة، مجلة معالجة الإشارات VLSI، 35،
287-295، 2003.

OPTIONS

-أ، --البدائل=عدد
أنماط الاتصال البديلة (الافتراضي=3)

-o ، - الإخراج =DIR
دير الإخراج حيث سيتم حفظ التنبؤات (الافتراضي=$PWD)

-p, --psi2=ملف|دير
الإدخال بتنسيق psi2 (مصفوفة PSI-BLAST بتنسيق ASCII)، إما ملف واحد أو ملف
الدليل(؟). قم بإنشاء هذا باستخدام "blastpgp -j -Q FILE" حيث N >= 2.

-r, --rootdir=DIR
دليل العمل (الافتراضي =~/disulfinder)

-ك، --pkgdatadir=DIR
دليل بيانات الحزمة الذي يحتوي على النماذج (الافتراضي=/usr/share/disulfinder)

-F، --format={html|ascii}
نوع تنسيق الإخراج (الافتراضي = ascii)

-د --blastdb=DIR
خيارblastpgp -d (افتراضي=/data/sp+trembl)

-ج، --cleanpred
تنظيف ملفات التنبؤ المتوسطة (الافتراضي = خطأ)

-P, --usepssm
استخدم pssm بدلاً من أعداد الملفات الشخصية (افتراضي = خطأ)

-C، - حالة الترابط المعروفة
افترض أن حالة الترابط معروفة (ملف واحد لكل سلسلة في الدليل
/Predictions/Bondstate/Viterbi) (افتراضي=خطأ)

-v ، - الإصدار
نسخة ديسولفيندر

-؟، --يساعد
شاشة المساعدة

أمثلة

"ديسولفيندر -a 1 -p /usr/share/doc/disulfinder/examples/res_id_41483.blastPsiMatTmb -o
./disulfinder_results_dir"

استخدم disulfinder عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net