هذا هو الأمر ecoPCR الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
ecoPCR - البحث عن التسلسل والتصنيف الهجين باستخدام بادئات معينة
موجز
com.ecoPCR [خيارات] <nucleotidic أنماط>
الوصف
ecoPCR هو برنامج PCR إلكتروني تم تطويره بواسطة LECA و Helix-Project. يساعد على
تقدير جودة الباركود التمهيدي.
OPTIONS
-a : تركيز الملح في M لحساب Tm (افتراضي 0.05 M)
-c : ضع في اعتبارك أن تسلسل قاعدة البيانات [ج] دائري
-d : قاعدة البيانات [D]: لتتناسب مع الشكل المتوقع ، قاعدة البيانات
يجب تشكيلها أولا من قبل تنسيق ecoPCR(1) برنامج. تنسيق ecoPCR(1) يخلق
ثلاثة أنواع من الملفات:
.sdx: يحتوي على التسلسلات
.tdx: يحتوي على معلومات تتعلق بالتصنيف
.rdx: يحتوي على رتبة التصنيف
يحتاج ecoPCR إلى جميع أنواع الملفات. نتيجة لذلك ، عليك كتابة جذري لقاعدة البيانات
بدون أي امتداد. على سبيل المثال / ecoPCRDB / gbmam
-D : يحتفظ بالعدد المحدد من النيوكليوتيدات على كل جانب من جوانب السليكو
متواليات مضخمة (بما في ذلك جزء الحمض النووي المضخم بالإضافة إلى الهدفين
تسلسل الاشعال).
-e : [E] خطأ: الحد الأقصى من الأخطاء المسموح بها بواسطة قليل النوكليوتيد (0 افتراضيًا)
-h : [H] elp - طباعة يساعد
-i : [I] gnore معرّف التصنيف المحدد.
معرف التصنيف متاح باستخدام برنامج ecofind. انظر مساعدتها في كتابة ecofind
-h للمزيد من المعلومات.
-k : [K] وضع ingdom: اضبط وضع المملكة
وضع المملكة الفائق افتراضيًا.
-l : الحد الأدنى [L] ength: تحديد الحد الأدنى لطول الضغط.
-L : الحد الأقصى [L] ength: تحديد الحد الأقصى لطول amplicationlength.
-m : طريقة تصحيح الملح لحساب Tm (SANTALUCIA: 1
أو OWCZARZY: 2 ، الافتراضي = 1)
-r : [R] يحد من البحث إلى المعرف التصنيفي المحدد.
معرف التصنيف متاح باستخدام برنامج ecofind. انظر مساعدتها في كتابة ecofind
-h للمزيد من المعلومات.
الحجة الأولى: قليل النوكليوتيد للحبلا المباشر
الحجة الثانية: قليل النوكليوتيد للحبلا العكسي
وصف نتيجة الجدول:
العمود 1: رقم الانضمام
العمود 2: طول التسلسل
العمود 3: معرف التصنيف
العمود 4: المرتبة
العمود 5: معرف تصنيف الأنواع
العمود 6: الاسم العلمي
العمود 7: معرف التصنيف الجنس
العمود 8: اسم الجنس
العمود 9: معرف تصنيف الأسرة
العمود 10: اسم العائلة
العمود 11: معرف تصنيف المملكة الفائقة
العمود 12: اسم المملكة الفائقة
العمود 13: حبلا (مباشر أو عكسي)
العمود 14: أول نكليوتيد
العمود 15: عدد أخطاء الخيط الأول
العمود 16: Tm لتهجين التمهيدي 1 في هذا الموقع
العمود 17: قليل النوكليوتيد الثاني
العمود 18: عدد أخطاء الخيط الثاني
العمود 19: Tm لتهجين التمهيدي 1 في هذا الموقع
العمود 20: طول التضخيم
العمود 21: التسلسل
العمود 22: التعريف
استخدم ecoPCR عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
