featureCounts - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

featureCounts - برنامج تلخيص للقراءة عالي الكفاءة ودقيق

الاستعمال

ميزة [خيارات] -a -o input_file1 [input_file2]


الحجج المطلوبة:

-a
اسم ملف التعليقات التوضيحية. تنسيق GTF افتراضيًا. يرى -F خيار لمزيد من التنسيقات.

-o
اسم ملف الإخراج بما في ذلك قراءة التهم. ملف منفصل يتضمن الملخص
يتم أيضًا تضمين إحصائيات نتائج العد في الإخراج (` .ملخص')

ملفات_المدخلات
قائمة ملفات الإدخال بتنسيق BAM أو SAM. لا يحتاج المستخدمون إلى تحديد أنه BAM أو
جلس.

وسيطات اختيارية:

-A
اسم ملف محدد بفواصل بما في ذلك الأسماء المستعارة للكروموسوم المستخدمة للمطابقة
أسماء الكروموسومات المستخدمة في التعليقات التوضيحية مع تلك المستخدمة في إدخال BAM / SAM ، إذا كانت كذلك
مختلف. انظر دليل المستخدمين لتنسيق الملف.

-F
حدد تنسيق ملف التعليق التوضيحي المقدم. تشمل التنسيقات المقبولة GTF و
"القوات المسلحة السودانية". "GTF" افتراضيًا. انظر دليل المستخدمين لوصف تنسيق SAF.

-t
حدد نوع الميزة في تعليق GTF التوضيحي. "exon" افتراضيًا. الميزات المستخدمة للقراءة
سيتم استخراج العد من التعليق التوضيحي باستخدام القيمة المقدمة.

-g
حدد نوع السمة في تعليق GTF التوضيحي. "gene_id" افتراضيًا. الميزات الوصفية المستخدمة
لقراءة العد سيتم استخراجه من التعليق التوضيحي باستخدام القيمة المقدمة.

-f قم بإجراء عد القراءة على مستوى الميزة (على سبيل المثال ، عد القراءات لـ exons بدلاً من
الجينات).

-O قراءات التعيين لجميع ميزاتها الوصفية المتداخلة (أو الميزات إذا كان -f is
محدد).

-s
أداء عد القراءة الخاصة بحبلا. القيم الممكنة: 0 (غير محدد) ، 1
(تقطعت بهم السبل) و 2 (تقطعت بهم السبل بشكل عكسي). 0 افتراضيًا.

-M سيتم أيضًا احتساب قراءات التعيين المتعدد. لقراءة الخرائط المتعددة ، تم الإبلاغ عن كل ما فيها
سيتم احتساب المحاذاة. تُستخدم علامة "NH" في إدخال BAM / SAM للكشف
يقرأ متعدد الخرائط.

-Q
الحد الأدنى من نقاط جودة التعيين التي يجب أن تفي بها القراءة حتى يتم احتسابها. ل
قراءات مقترنة بنهاية ، يجب أن تفي نهاية واحدة على الأقل بهذه المعايير. 0 افتراضيًا.

-T
عدد الخيوط. 1 افتراضيًا.

-v إصدار إخراج البرنامج.

-J عد عدد القراءات التي تدعم كل تقاطع exon-exon. كانت المفارق
التي تم تحديدها من تلك القراءات الممتدة exon في الإدخال (تحتوي على "N" في CIGAR
خيط). يتم حفظ نتائج العد في ملف يسمى ' .jcounts '

-G
يحتوي ملف Fasta على الجينوم المرجعي المستخدم في إنشاء إدخال SAM أو
ملفات BAM. هذه الحجة مطلوبة فقط عند إجراء عد الوصلات.

-R إخراج نتيجة مهمة مفصلة لكل قراءة. سيتم إنشاء ملف نصي لـ
تم قراءة كل ملف إدخال ، بما في ذلك أسماء القراءات والميزات الوصفية / الميزات
مخصص ل. انظر دليل المستخدمين لمزيد من التفاصيل.

- أكبر تداخل
تتم قراءة التخصيص لميزة وصفية / ميزة بها أكبر عدد من التداخلات
القواعد.

- دقيقة
حدد الحد الأدنى لعدد الأسس المتداخلة المطلوبة بين قراءة و
الميزة الوصفية / الميزة التي تم تعيين القراءة لها. 1 افتراضيًا.

- قراءة 2 موضع <5: 3>
قم بتقليل القراءات إلى 5 "الأكثر قاعدة أو 3" الأكثر قاعدة. ثم يتم إجراء عد القراءة
استنادًا إلى قاعدة واحدة يتم تقليل القراءة إليها.

--تمديد القراءة 5 يتم تمديد قراءات المنبع بواسطة قواعد من
5 'نهاية.

--تمديد القراءة 3 يتم تمديد قراءات المنبع بواسطة قواعد من
3 'نهاية.

--جزء
استخدم العد الكسري 1 / n ، بدلاً من 1 (واحد) لكل محاذاة تم الإبلاغ عنها
قراءة متعددة الخرائط في قراءة العد. n هو العدد الإجمالي للمحاذاة التي تم الإبلاغ عنها
لقراءة الخرائط المتعددة. يجب استخدام هذا الخيار مع خيار "-M".

--أساسي
عد المحاذاة الأولية فقط. يتم تحديد المحاذاة الأولية باستخدام البت 0x100 في
حقل SAM / BAM FLAG.

--تراجع
تجاهل القراءة المكررة في قراءة العد. يتم تحديد القراءات المكررة باستخدام البت
Ox400 في حقل BAM / SAM FLAG. يتم تجاهل زوج القراءة بالكامل إذا كانت إحدى القراءات
قراءة مكررة لبيانات النهاية المقترنة.

--countSplitAlignmentsOnly عد المحاذاة المنقسمة فقط (على سبيل المثال. المحاذاة مع
سلسلة CIGAR تحتوي على "N"). مثال على المحاذاة المنقسمة هو exon-spanning reads
في بيانات RNA-seq.

-p عد الأجزاء (أزواج القراءة) بدلاً من القراءات الفردية. لكل زوج قراءة ، لها
يجب أن تكون قراءتان متجاورتان في إدخال BAM / SAM.

-P تحقق من صلاحية مسافة النهاية المزدوجة عند عد أزواج القراءة. يستخدم -d و -D إلى
وضع الحدود.

-d
الحد الأدنى لطول الجزء / القالب ، 50 افتراضيًا.

-D
أقصى طول للجزء / القالب ، 600 افتراضيًا.

-B عد أزواج القراءة التي تم محاذاة كلا الطرفين بنجاح فقط.

-S
حدد اتجاه قراءتين من نفس الزوج ، بشكل افتراضي "fr"
(إعادة).

-C لا تحسب أزواج القراءة التي لها طرفيها يرسمان إلى كروموسومات مختلفة
أو تعيين نفس الكروموسوم ولكن على خيوط مختلفة.

- دونوتورت
لا تفرز القراءات في إدخال BAM / SAM. لاحظ أن القراءات من نفس الزوج مطلوبة
لتكون بجوار بعضها البعض في الإدخال.

- maxMOp
الحد الأقصى لعدد عمليات "M" المسموح بها في سلسلة CIGAR. 10 بشكل افتراضي. كلاهما
يتم التعامل مع 'X' و '=' على أنها 'M' ويتم دمج عمليات 'M' المجاورة في CIGAR
سلسلة.

استخدم featureCounts عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net