هذا هو الأمر filter.pl الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
filter.pl - يقوم بتصفية الإخراج من Murasaki بناءً على مرشحات مختلفة
موجز
filter.pl [خيارات] [ملف إلاخراج]
OPTIONS
خيارات التصفية:
يمكن إجراء التصفية على "الطول" أو "النتائج" أو "tfidf" أو "النتيجة".
يمكنك التصفية إما عن طريق تعيين إما "min" أو "max".
على سبيل المثال: يقوم "--minlength 50" بتصفية أي نقاط ارتساء بمتوسط
الطول أقصر من 50. (يستخدم متوسط الطول كمرساة
قد تكون بأحجام مختلفة في تسلسلات مختلفة).
يمكن أن تستخدم المرشحات أيضًا المتوسط (x) ، والانحراف المعياري (الانحرافات) ،
variance (v) أو عدد الارتساء (a) في تعبير لتعيين مرشح.
على سبيل المثال: "--minscore = 2x" يعين الحد الأدنى للنتيجة إلى
ضعف متوسط الدرجات. يعيّن "--minlength = x + s / 2" الحد الأدنى للطول
عتبة متوسط الطول زائد نصف الانحراف المعياري.
تعديل المدخلات:
"--widen = 500" => يوسع كل نقطة ارتساء 500 قاعدة في كلا الاتجاهين
"--randomwiden = 500" => يوسع كل نقطة ارتساء 500 قاعدة _عشوائية_
(على سبيل المثال: للمقارنة بـ --widen)
خيارات الإخراج:
"--statdump" => تفريغ جميع الإحصائيات المتاحة في ملف واحد مع صف الرأس
"--dumpstats tfidf، length" => تفريغ الإحصائيات tfidf والطول لفصل الملفات
سطر واحد لكل مرساة
"--dumpstats" => يفترض "--dumpstats all"
خيارات المؤامرة:
يمكن لـ filter.pl رسم أي أو كل الإحصائيات التي تم جمعها باستخدام
الخيار "- حبكة".
أمثلة:
"--plot يضرب ، length" => يرسم كل من النتائج والطول
"--plot" => يفترض "--plot all"
"--plotopts" يسمح بإعداد خيارات gnuplot المختلفة والمؤامرة الخاصة.
يمكن استهداف الإحصائيات المختلفة بشكل منفصل عن طريق بدء الإعداد
الاسم مع الإحصاء (الإحصائيات) من اختيارك متبوعًا بعلامة "."
فمثلا:
"--plotopts يضرب ، length.flatx" => يعطل مقياس السجل على المحور x
من الضربات والطول المؤامرات فقط
"--plotopts with = Points" => يستخدم النقاط بدلاً من الأشرطة في جميع المؤامرات
"- المؤامرات = يمكن استخدام "=> لتعيين تعسفي
خيارات gnuplot للنموذج "مجموعة "
يمكن استخدام "--bins" لتحديد عدد الحاويات.
تقوم "--nobins" بإيقاف تشغيل binning وترسم مدرج تكراري خام (من المحتمل أن يكون وعرًا)
يرسل "--showall = crop" كافة البيانات إلى gnuplot حتى على مخططات النطاق اللوغاريتمي (بواسطة
الافتراضي لقيم مخططات اللوغاريتمات <= 1 في أقصى الطرف الأيمن هي
مقطوعة لأنها لا تظهر في gnuplot (1 هو الأساس)
لكنها تؤثر على النطاق المرئي ، وبالتالي تسبب بعض التقصير.
يعيّن "--showall = scale" يدويًا نطاقي X و Y لنطاق
البيانات (لذا تختلف القيم 1 بوضوح عن 0).
"- شوول = "يعطل التحجيم / الاقتصاص
يتم أيضًا تفريغ أوامر Gnuplot الخاصة بإنشاء المؤامرات إلى
. .plot ويمكن تشغيله بشكل تفاعلي في gnuplot بكتابة: load
" . .حبكة"
الخيارات الإحصائية:
"--all / - quick" => تتطلب حسابات الانحراف المعياري ثانية
تمر من خلال البيانات ، ومخططات المدرج التكراري بشكل عام كثيرة
أكثر فائدة من إحصاء الانحراف المعياري (خاصة مع مراعاة
قد لا تكون كل هذه الإحصائيات غاوسية) ، لذا ما لم يكن أحد
تتطلب القيود الانحراف المعياري ، ويتم تخطي هذا الحساب.
يمكن فرضه من خلال تطبيق - all. (--quick هو الافتراضي)
"--nodetails" => يعطل إعادة بناء مؤشرات المصطلحات (هذه الإرادة
تعطيل احصائيات tfidf).
"--tags" => تمكن من قراءة التعليق التوضيحي.
ينتج عن هذا إحصائيات "جيدة ، غير صحيحة ، خلط ورق اللعب" (والتي يمكن رسمها أيضًا)
ومعلومات الخصوصية / الحساسية
"--notags" => تعطيل قراءة التعليق التوضيحي (افتراضيًا)
إحصائيات COG / KOG:
على أي معدل:
"--kogfile = path / to / kog" => يتيح المحاذاة المستندة إلى kog
"--kogmap 3 = hsa" => تسلسل القوى 3 (ملاحظة: التسلسلات مفهرسة 0) إلى
يتم تعيينه إلى "hsa" kog. إذا كان اسم الملف يتضمن أحد ملفات
اختصارات أنواع kog ، يُفترض أنها تنتمي إلى هذا kog.
التصحيح:
"--linear" => يفرض عمليات المسح الخطية لـ CDS بدلاً من عمليات البحث الثنائية
(إذا أدى هذا إلى نتائج مختلفة ، فهذا يعني أن هناك شيئًا خاطئًا للغاية)
[ملف إلاخراج]:
إذا كان اسم ملف الإدخال من النموذج .anchors.details ثم ملف
[ملف الإخراج] الافتراضي إلى .filtered.
بالمناسبة ، إذا لم تقدم ملف .anchors.details ، ربما لن يفعل ذلك
العمل على أي حال ...
الوصف
يقوم بتصفية محاذاة موراساكي بناءً على إحصائيات مختلفة. يمكن رسم إحصاءات مختلفة
باستخدام --plot. تتم معالجة بيانات التعليقات التوضيحية من ملفات الإدخال باستخدام BioPerl.
يمكن حساب بيانات ROC باستخدام بيانات KOG (وهي أكثر موثوقية بكثير من مجرد الجينات
أسماء). للقيام بذلك ، تحتاج إلى تحديد ملف بيانات KOG الذي يمكن تنزيله من COG
قاعدة البيانات في: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/ سوف تبحث عن ملف "whog"
لـ COGs أو ملف "kog" على جانب KOG. تختلف تسمية مكان KOG أحيانًا عن GBK
من ملف إلى ملف ، وتكون أسماء المواقع مفقودة في بعض الأحيان ، لذا فإن التقييم المستند إلى KOG موجود حاليًا
أفضل جهد (يتم تجاهل الأحرف الكبيرة ، والمواقع التي لا تظهر في التعليق التوضيحي هي
تجاهل ، ويتم تجاهل نهايات _x الخاصة بالمجال).
استخدم filter.pl عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
