flexbar - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

flexbar - إزالة الباركود والمحول المرن لمنصات التسلسل

موجز

شريط مرن -r يقرأ [-t الهدف] [-b الباركود] [-a المحولات] [خيارات]

الوصف

يعالج Flexbar بيانات التسلسل عالية الإنتاجية مسبقًا بكفاءة. كما أنه يُفكك التعدد
تشغيلات الباركود وإزالة تسلسلات المحول. علاوة على ذلك، تتوفر ميزات التقليم والتصفية
مُقدم. يزيد Flexbar من معدلات رسم الخرائط ويحسن الجينوم والنسخ
التجميعات. يدعم بيانات تسلسل الجيل التالي بتنسيق fasta/q وcsfasta/q
من Illumina وRoche 454 ومنصة SOLiD.

تم تغيير أسماء المعلمات في Flexbar. يُرجى مراجعة البرامج النصية. الأشهر الأخيرة، الإعدادات الافتراضية
تم تحسين الإعدادات، وتم إصلاح العديد من الأخطاء وتم إجراء تحسينات مختلفة، على سبيل المثال
واجهة سطر أوامر مُحدثة، وأوضاع تشذيب جديدة، بالإضافة إلى تقليل الوقت والذاكرة
المتطلبات.

-h, --مساعدة

يعرض رسالة المساعدة هذه.

-w, --متقدم

طباعة شاشة تعليمات الخيارات المتقدمة.

-i, --استشهد

إظهار مرجع البرنامج للاستشهاد.

الخيارات الأساسية:

-n, --الخيوط NUM

عدد الخيوط المستخدمة. الافتراضي: ١.

-t, --استهداف STR

بادئة لأسماء ملفات الإخراج أو مساراتها. الافتراضي: flexbar.

-r, - خيوط FILE

ملف Fasta/q أو stdin (-) مع القراءات التي قد تحتوي على رموز شريطية.

-p, --reads2 FILE

ملف الإدخال الثاني للقراءات المزدوجة، ملفات gz وbz2 المدعومة.

-f, --صيغة STR

تنسيق الجودة: سانجر، سوليكسا، i1.3، i1.5، i1.8 (إيلومينا 1.8+).

-c, --مساحة اللون

الإدخال بتنسيق مساحة اللون csfasta أو csfastq في مقياس sanger.

كشف الباركود:

-b, --الباركودات FILE

ملف Fasta يحتوي على رموز شريطية لفك التعدد الذي قد يحتوي على N.

-ب, --قراءات الباركود FILE

ملف Fasta/q يتكون من قراءات منفصلة للرموز الشريطية للكشف.

-أن, --barcode-trim-end STR

نوع الكشف، انظر قسم أوضاع نهاية القطع. الافتراضي: أي.

-بو, --الحد الأدنى لتداخل الباركود NUM

الحد الأدنى لتداخل الرمز الشريطي والقراءة. الافتراضي: طول الرمز الشريطي.

-BT, --عتبة الباركود NUM

يُسمح بعدم التطابق والفجوات لكل ١٠ قواعد متداخلة. الافتراضي: ١.٠.

-بو, --الباركود-غير مخصص

تضمين القراءات غير المخصصة في توليد الإخراج.

إزالة المحول:

-a, --المحولات FILE

ملف Fasta مع محولات للإزالة التي قد تحتوي على N.

-مثل, --adapter-seq STR

تسلسل محول واحد كبديل لخيار المحولات.

-ae, --adapter-trim-end STR

نوع الإزالة، انظر قسم أوضاع القطع النهائية. الإعداد الافتراضي: يمين.

-إلى, --adapter-min-overlap NUM

الحد الأدنى لتداخل المحول وتسلسل القراءة. الافتراضي: ١.

-في, --عتبة المحول NUM

يُسمح بعدم التطابق والفجوات لكل ١٠ قواعد متداخلة. الافتراضي: ١.٠.

التصفية والتشذيب:

-u, --max-uncalled NUM

القواعد غير المُستدعاة المسموح بها (N أو .) لكل قراءة. الافتراضي: 0.

-x, --pre-trim-left NUM

قم بقص العدد المحدد من القواعد على نهاية القراءة 5' قبل الكشف.

-y, --قبل التشذيب-اليمين NUM

قم بقص عدد محدد من القواعد على الطرف 3' قبل الكشف.

-q, --تقليم مسبق-تقليم NUM

قم بقص الطرف 3' حتى الوصول إلى الجودة المحددة أو أعلى.

-k, --طول ما بعد القطع NUM

قم بقصه إلى طول القراءة المحدد من نهاية 3 أقدام بعد الإزالة.

-m, --الحد الأدنى لطول القراءة NUM

الحد الأدنى لطول القراءة المتبقي بعد الإزالة. الافتراضي: ١٨.

اختيار الإخراج:

-o, --fasta-output

تفضيل التنسيقات غير عالية الجودة fasta و csfasta للإخراج.

-z, --zip-output STR

تفعيل الضغط المباشر لملفات الإخراج. أحد GZ وBZ2.

-s, --قراءات فردية

اكتب قراءات مزدوجة فردية للنظراء القصيرين للغاية.

التسجيل والوسم:

-l, --تسجيل مستوى STR

اطبع محاذاة القراءة المثلى الصحيحة. أحد الخيارات التالية: ALL، MOD، وTAB.

-g, --إزالة-العلامات

قراءات العلامة التي تخضع لإزالة المحول أو الباركود.

أوضاع القطع النهائية:

أي: يبقى الجانب الأطول من القراءة بعد إزالة التداخل اليسار: يبقى الجانب الأيمن
بعد الإزالة، محاذاة <= نهاية القراءة يمين: الجزء الأيسر يبقى بعد الإزالة، محاذاة >=
قراءة البداية LEFT_TAIL: ضع في اعتبارك أول n قاعدة للقراءات في المحاذاة RIGHT_TAIL: استخدم
آخر n قاعدة فقط، راجع خيارات طول الذيل

أمثلة

شريط مرن -r يقرأ -f i1.8 -t الهدف -b brc.fa -a adap.fa flexbar -r
reads.csfastq.gz -a adap.fa -إلى 5 -ae لليسار -c

VERSION

إصدار flexbar: 2.4 آخر تحديث 29 يوليو 2013

خيارات متقدمة: flexbar -w

فليكس بار الإصدار 2.4

استخدم flexbar عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net