هذا هو الأمر formatdb الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
formatdb - تنسيق قواعد بيانات البروتين أو النوكليوتيدات لـ BLAST
موجز
com.formatdb [-] [-B اسم الملف] [-F اسم الملف] [-L اسم الملف] [-T اسم الملف] [-V] [-a] [-b] [-e]
[-i اسم الملف] [-l اسم الملف] [-n شارع] [-o] [-p F] [-s] [-t شارع] [-v N]
الوصف
com.formatdb يجب استخدامها لتنسيق قواعد بيانات مصدر البروتين أو النوكليوتيدات من قبل
يمكن البحث في قواعد البيانات هذه عن طريقblastall أوblastpgp أو MegaBLAST. قاعدة البيانات المصدر
قد يكون بتنسيق FASTA أو ASN.1. على الرغم من أن تنسيق FASTA يُستخدم غالبًا كـ
المدخلات ل com.formatdb، يعد استخدام ASN.1 مفيدًا لأولئك الذين يستخدمون ASN.1 باعتباره
مصدر مشترك للتنسيقات الأخرى مثل تقرير GenBank. مرة واحدة ملف قاعدة البيانات المصدر
تم التنسيق بواسطة com.formatdb ليست هناك حاجة إليها بواسطة BLAST. يرجى ملاحظة أنه إذا كنت
سنقوم بتطبيق التحديثات الدورية على قواعد بيانات BLAST الخاصة بك باستخدام اندماج(١) فلابد من ذلك
احتفظ بملف قاعدة البيانات المصدر.
OPTIONS
يتم تضمين ملخص من الخيارات أدناه.
- طباعة رسالة الاستخدام
-B اسم الملف
ثنائي Gifile تم إنتاجه من Gifile المحدد بواسطة -F. يحدد هذا الخيار
اسم ملف قائمة GI الثنائي. يجب استخدام هذا الخيار مع -F اختيار. أ
يمكن تحديد قائمة GI النصية باستخدام ملف -F الخيار و -B سوف ينتج الخيار
قائمة GI تلك بتنسيق ثنائي. الملف الثنائي أصغر ولا يحتاج إلى BLAST
لتحويله، حتى يمكن قراءته بشكل أسرع.
-F اسم الملف
Gifile (ملف يحتوي على قائمة gi) للاستخدام مع -B or -L
-L اسم الملف
قم بإنشاء ملف مستعار باسم اسم الملف، وقصر التسلسلات التي تم البحث عنها على تلك
المحدد من قبل -F.
-T اسم الملف
قم بتعيين معرفات التصنيف في تعريفات ASN.1 وفقًا للجدول الموجود اسم الملف.
-V مطول: التحقق من معرفات السلسلة غير الفريدة في قاعدة البيانات
-a ملف الإدخال هو قاعدة بيانات بتنسيق ASN.1 (وإلا فمن المتوقع أن يكون FASTA)
-b قاعدة بيانات ASN.1 ثنائية (على عكس نص ASCII)
-e الإدخال هو إدخال تسلسلي. يمكن لقاعدة بيانات ASN.1 المصدر (إما نص ascii أو ثنائي).
تحتوي على مجموعة Bioseq أو Bioseq واحد فقط. في الحالة الأخيرة -e يجب أن يكون متوفر.
-i اسم الملف
ملف (ملفات) الإدخال للتنسيق
-l اسم الملف
اسم ملف السجل (الافتراضي = formatdb.log)
-n شارع الاسم الأساسي لملفات BLAST (الاسم الافتراضي هو اسم ملف FASTA الأصلي)
-o تحليل SeqID وإنشاء الفهارس. إذا كانت قاعدة البيانات المصدر بتنسيق FASTA، فسيتم
يجب أن تتبع معرفات قاعدة البيانات في سطر تعريف FASTA اصطلاحات
تنسيق FASTA Defline.
-p F المدخلات هي نيوكليوتيدات وليست بروتينات.
-s الفهرسة فقط عن طريق الانضمام، وليس عن طريق الموقع. وهذا مفيد بشكل خاص لمجموعات التسلسل
مثل EST حيث تكون أسماء المدخلات والمواقع متطابقة. يعمل Formatdb
أسرع وينتج ملفات مؤقتة أصغر إذا تم استخدام هذا الخيار. إنه بقوة
موصى به لـ EST وSTS وGSS وHTGS.
-t شارع عنوان ملف قاعدة البيانات [سلسلة]
-v N قم بتقسيم ملفات FASTA الكبيرة إلى "أحجام" كبيرة الحجم N مليون حرف (4000 بواسطة
تقصير). كجزء من إنشاء المجلد، com.formatdb يكتب نوعا جديدا من الانفجار
ملف قاعدة البيانات، يسمى ملفًا مستعارًا، بالامتداد nal أو pal.
استخدم formatdb عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
