الثعلب - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

الثعلب - تحديد بنية ab-initio من بيانات الحيود

موجز

ثعلب [الخيارات] [ملف.xml]

الوصف

• ثعلب تم إنشاء برنامج (كائنات مجانية لعلم البلورات) لبلورة ab initio
حل الهيكل من بيانات الحيود. ميزاته الأكثر إثارة للاهتمام للمبتدئين
تحديد الهيكل هو:

* وصف متعدد الاستخدامات لمحتويات الكريستال ؛

* التصحيح التلقائي للمواضع الخاصة والذرات المشتركة بين متعددات الوجوه ؛

* القدرة على استخدام أنماط مسحوق متعددة في وقت واحد ؛

* خوارزميات التحسين العالمية الذكية ؛

* واجهة رسومية مع عرض هيكل بلوري ثلاثي الأبعاد وتحديثات حية أثناء
عملية التحسين.

OPTIONS

يتم تنفيذ هذا البرنامج مع أو بدون خيارات سطر الأوامر أو ملف الإدخال (file.xml).
إنه يتبع بناء جملة سطر أوامر جنو المعتاد ، مع خيارات طويلة تبدأ بشرطتين
("-"). يتم تضمين ملخص من الخيارات أدناه. للحصول على وصف كامل ، انظر الثعلب
ويكي http://objcryst.sourceforge.net/Fox/Manual

--مساعدة إظهار ملخص الخيارات.

--loadfouriergrd Map.grd
تحميل وعرض خريطة فورييه "map.grd" بهيكل بلوري (أول)

--loadfourierdsn6 الخريطة
قم بتحميل وعرض خريطة فورييه DSN6 بهيكل بلوري (أول)

--نوغي
تشغيل بدون واجهة المستخدم الرسومية ، يتم تشغيل التحسين تلقائيًا - قد يكون nogui مصحوبًا بـ
الخيارات التالية:

-n 10000
تشغيل 10000 تجربة على الأكثر (الافتراضي: 1000000)

--nbrun 5
قم بإجراء 5 عمليات تشغيل ، مع التوزيع العشوائي قبل كل تشغيل (افتراضي: 1) ، استخدم -1 للتشغيل إلى أجل غير مسمى

-o out.xml
الإخراج في "out.xml"

- عشوائيا
ترتيب التكوين الأولي عشوائيًا

--صامتة
إنتاج (تقريبًا) بدون إخراج نصي

--تكلفة نهائية 0.15
تشغيل التحسين حتى التكلفة <0.15

- cif2pattern 1.5406 170 5000 .1
نموذج محاكاة لبلورة الإدخال ، الطول الموجي = 1.5406 حتى 170 درجة مع 500 نقطة
وعرض الذروة 0.1 درجة

أمثلة

ثعلب silicon.xml
قم بتحميل ملف "silicon.xml" وقم بتشغيل واجهة المستخدم الرسومية.

ثعلب سيميتيدين مسحوق. xml --نوغي - عشوائيا -n 1000000 -o best.xml
قم بتحميل ملف "ktartrate.xml" ، عشوائياً ، ثم قم بإجراء تحسين واحد من مليون تجربة ،
وحفظ أفضل بنية في "best.xml".

ثعلب سيميتيدين مسحوق. xml --نوغي - عشوائيا -n 10000000 --nbrun 10 -o best.xml
قم بتحميل ملف "Cimetidine-powder.xml" ، ثم قم بتشغيل 10 (بدءًا من ملف
هيكل) من 10 ملايين تجربة (كل تشغيل يحفظ ملف xml واحدًا) ، ويحفظ الأفضل
بنية في "best.xml".

ثعلب سيميتيدين مسحوق. xml --نوغي --صامتة - عشوائيا -n 10000000 --nbrun 10 --تكلفة نهائية
200000 -o best.xml
قم بتحميل ملف "Cimetidine-powder.xml" ، ثم قم بإجراء 10 عمليات تشغيل صامتة من 10 ملايين تجربة
(يحفظ كل تشغيل ملف xml واحدًا) ، ويحفظ أفضل بنية في "best.xml". لكل
تشغيل ، يتوقف التحسين إذا كانت التكلفة أقل من 200000.

استخدم fox عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net