هذا هو الأمر frendp الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
frend.pl - عرض ملف ميزة Bio::Graphics على الويب
موجز
http://your.host.com/cgi-bin/frend.pl
الوصف
البرنامج النصي frend.pl عبارة عن واجهة أمامية رفيعة حول وحدة Bio::Graphics. ويقبل أ
قائمة الملفات التي تحتوي على إحداثيات تسلسل (بروتين، نيوكليوتيدات) من
الملف (الملفات) المدرجة في سطر الأوامر أو في الإدخال القياسي، يعرضها وينتج PNG
ملف على الإخراج القياسي.
تركيب
انسخ هذا البرنامج النصي إلى دليل cgi-bin الخاص بموقعك على الويب. سمها ما شئت.
الميزات ملفات شكل
يقبل هذا البرنامج النصي التعليقات التوضيحية المتسلسلة ويعالجها بتنسيق بسيط محدد بعلامات جدولة أو
بتنسيق GFF.
يحتوي تنسيق ملف الميزة على قسم تكوين وقسم بيانات. التكوين
يحدد القسم الحجم والخصائص العامة للصورة ، ويقدم قسم البيانات
بيانات الميزة نفسها.
الاعداد القسم
إذا لم يتم توفير هذه البرامج النصية ، فإنها تنشئ قسم تكوين افتراضي معقول لـ
أنت ، لذلك لا تحتاج إلى توفير قسم التكوين للحصول على صورة معقولة.
ومع ذلك ، لضبط مظهر الصورة ، قد ترغب في تعديل ملف
إعدادات. هنا مقتطف من قسم التكوين:
# ملف مثال
[عام]
القواعد = 1000..21000
الارتفاع = 12
[EST]
الصورة الرمزية = مقاطع
bgcolor = أصفر
موصل = صلب
الارتفاع = 5
[فجنس]
الصورة الرمزية = نسخة 2
bgcolor = أخضر
الوصف = 1
قسم التكوين مقسم إلى مجموعة من الأقسام ، كل قسم يسمى بامتداد
[عنوان القسم]. يحدد القسم [عام] الخيارات العامة للصورة بأكملها.
تنطبق الأقسام الأخرى على أنواع ميزات معينة. في المثال أعلاه ، التكوين
في قسم [EST] ينطبق على الميزات المصنفة على أنها EST ، بينما التكوين في
ينطبق قسم [FGENES] على الميزات المصنفة كتنبؤات من جين FGENES
برنامج التنبؤ.
يوجد داخل كل قسم سلسلة من أزواج الاسم = القيمة ، حيث يكون الاسم هو اسم ملف
خيار لتعيين. يمكنك وضع مسافة بيضاء حول علامة = لجعلها أكثر قابلية للقراءة ، أو حتى
استخدم نقطتين (:) إذا كنت تفضل ذلك. يتم التعرف على أسماء الخيارات التالية:
مثال قيمة الخيار
------ ----- -------
قواعد الحد الأدنى والأقصى لنطاق التسلسل (bp) 1200
عرض عرض الصورة (بالبكسل) 600
ارتفاع ارتفاع كل عنصر رسومي (بكسل) 10
نمط رسومي لكل عنصر رسومي (انظر أدناه) نسخة
fgcolor اللون الأمامي لكل عنصر أصفر
bgcolor لون الخلفية لكل عنصر باللون الأزرق
عرض الخط 3
التسمية طباعة اسم الميزة 1
وصف ما إذا كان سيتم طباعة وصف الميزة 0
عثرة العناصر غير مسموح لها بالتصادم 1
القراد طباعة علامات التجزئة على الأسهم 1
نوع موصل المجموعة (متقطع ، قبعة أو صلبة) متقطع
خيارات "الأسس" و "العرض" ذات صلة فقط في القسم [عام]. هم
تم تجاوزها بواسطة خيارات سطر الأوامر التي تحمل نفس الاسم.
يمكن وضع باقي الخيارات في أي قسم ، ولكن إذا كان موجودًا في ملف
سيضع القسم [عام] الإعدادات الافتراضية للآخرين.
الألوان هي أسماء ألوان باللغة الإنجليزية أو ألوان #RRGGBB على نمط الويب (انظر كتابًا عن HTML
للحصول على شرح). قيم الصواب / الخطأ هي 1 للصواب و 0 للخطأ. يمكن للنطاقات الرقمية
يتم التعبير عنها في البداية .. إنهاء الموضة بنقطتين ، أو كنهاية بداية بشرطة.
يتحكم خيار "الحرف الرسومي" في كيفية عرض الميزات. الحروف الرسومية التالية هي
نفذ:
وصف الاسم
-----------
مربع أ مستطيل معبأ ، غير اتجاهي.
القطع الناقص بيضاوي.
سهم سهم يمكن أن يكون أحادي الاتجاه أو
ثنائي الاتجاه. كما أنها قادرة على العرض
مقياس مع علامات تأشير كبيرة وثانوية ، ويمكن
تكون موجهة أفقياً أو رأسياً.
المقاطع مجموعة من المستطيلات المعبأة المتصلة بواسطة صلب
خطوط. يُستخدم للميزات المتقطعة ، مثل
محاذاة فجوات ومجموعات exon.
نسخة شبيهة بالقطاعات ، لكن الخط المتصل
شكل "القبعة" واتجاه
يُشار إلى النسخ بسهم صغير.
نسخة 2 مماثلة لنسخة ، ولكن اتجاه
تتم الإشارة إلى النسخ بواسطة مقطع طرفي
على شكل سهم.
الاشعال - سهمان مشيرا للداخل متصلان بخط. تستخدم ل STSs.
يعد خيار التضخيم هو الخيار الأكثر أهمية للتحكم في مظهر الصورة. إذا تم ضبطه
إلى false (الرقم 0) ، عندئذٍ يُسمح للسمات بالتداخل. إذا تم الضبط على صحيح (
رقم 1) ، ثم ستتحرك الميزات عموديًا لتجنب الاصطدام. إذا لم يكن محددًا ،
يتم تشغيل bump إذا كان رقم أي نوع معين من سمات التسلسل أكبر من 50.
البيانات القسم
يمكن لقسم البيانات متابعة أو متابعة قسم التكوين. يمكن القسمين
تكون مختلطة أيضًا. قسم البيانات عبارة عن علامة تبويب أو ملف محدد بمسافات يمكنك القيام بذلك
التصدير من تطبيق جدول البيانات أو ملف معالج الكلمات (تأكد من حفظه كنص
فقط!)
فيما يلي مثال على قسم البيانات:
كوزميد B0511. 516-619 Cosmid B0511. 3185-3294 Cosmid
B0511. 10946-11208 Cosmid B0511. 13126-13511 Cosmid
B0511. 66-208 Cosmid B0511. 6354-6499 Cosmid B0511
. 13955-14115 بتوقيت شرق الولايات المتحدة yk595e6.5 + 3187-3294 بتوقيت شرق الولايات المتحدة yk846e07.3 -
11015-11208 بتوقيت شرق الولايات المتحدة yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700،15800-53 EST yk10.5cXNUMX +
16032-16105 SwissProt PECANEX + 13153-13656 سمك سويدي FGENESH "جين
1 "- 1-205,518،616,661-735,3187،3365,3436-3846،XNUMX-XNUMX،XNUMX-XNUMX مجال الإرسال
FGENESH "الجين 2" - 16626-17396,17451،17597-XNUMX مجالات كيناز والسوشي
يحتوي كل سطر من الملف على خمسة أعمدة. الأعمدة هي:
العمود # الوصف
-------------------
1 نوع الميزة
2 اسم الميزة
الشاطئ 3
4 إحداثيات
5 وصف
نوع الميزة
يجب أن يتوافق نوع الميزة مع أحد عناوين [نوع الميزة] في ملف
قسم التكوين. إذا لم يحدث ذلك ، فسيتم تطبيق الخيارات [العامة] على
ميزة عند تقديمه. اسم الميزة هو اسم العنصر. إستخدم "." أو
"-" إذا لم يكن ذلك مناسبًا. إذا كان الاسم يحتوي على مسافة بيضاء ، فضع مفردة أو مزدوجة
اقتباسات ("") حول الاسم.
ساحل
يشير الشريط إلى الخصلة التي تعمل الميزة. إنها واحدة من "+" للمهاجم
حبلا ، "-" للضفيرة العكسية ، أو "." للميزات التي لا تقطعت بهم السبل.
إحداثيات
عمود الإحداثيات هو مجموعة من واحد أو أكثر من النطاقات التي تحتلها الميزة.
تتم كتابة النطاقات باستخدام ".." كما هو الحال في start..stop ، أو باستخدام واصلات ، كما هو الحال في start-stop.
للميزات التي تتكون من نطاقات متعددة & em ؛ على سبيل المثال النصوص التي
لديك عدة exons & em ؛ يمكنك إما وضع النطاقات على نفس السطر مفصولة بـ
فواصل أو مسافات ، أو ضع النطاقات في أسطر فردية واستخدم نفس الميزة فقط
اسم واكتب لتجميعها. في المثال أعلاه ، تستخدم ميزات Cosmid B0511 الامتداد
نمط الخط الفردي ، بينما تستخدم ميزات FGENESH جميع النطاقات على خط واحد
الاسلوب.
الوصف
يحتوي العمود الأخير على نص وصفي. إذا تم تعيين خيار الوصف على
صحيح ، ستتم طباعة هذا النص أسفل الميزة في العرض.
أخيرًا ، من الممكن تجميع الميزات ذات الصلة معًا. مثال على ذلك هو ESTs
yk53c10.5 و yk53c10.3 ، المرتبطان بقراءتهما من طرفي الاستنساخ
yk53c10. للإشارة إلى هذه العلاقة ، قم بإنشاء قسم يشبه هذا:
بتوقيت شرق الولايات المتحدة yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800
تتم الإشارة إلى المجموعة بخط يحتوي على عمودين فقط يحتويان على الميزة
اكتب واسمًا فريدًا للمجموعة. اتبع هذا الخط مع جميع الميزات التي تشكل
المجموعة ، لكن اترك العمود الأول (نوع الميزة) فارغًا. سيتم تقديم المجموعة بواسطة
رسم خط متقطع بين جميع أعضاء المجموعة. يمكنك تغيير هذا عن طريق
تحديد خيار موصل مختلف في قسم التكوين لهذه الميزة
اكتب.
استخدم frendp عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
