هذا هو الأمر fuzztrane الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
fuzztran - البحث عن الأنماط في تسلسلات البروتين (مترجم)
موجز
com.fuzztran -تسلسل seqall -نمط النمط [-الإطار قائمة] [-الطاولة قائمة] -ملف تقرير
com.fuzztran -مساعدة
الوصف
com.fuzztran هو برنامج سطر أوامر من EMBOSS ("البيولوجيا الجزيئية الأوروبية المفتوحة
مجموعة برامج"). وهو جزء من مجموعة (مجموعات) الأوامر "Nucleic:Motifs,Protein:Motifs".
OPTIONS
إدخال قسم
-تسلسل seqall
-نمط النمط
يتم استخدام رموز IUPAC القياسية المكونة من حرف واحد للأحماض الأمينية. الرمز "x" هو
يستخدم لموقف يتم فيه قبول أي حمض أميني. يشار إلى الغموض بواسطة
سرد الأحماض الأمينية المقبولة لموضع معين ، بين قوسين مربعين '[
] '. على سبيل المثال: يرمز [ALT] إلى Ala أو Leu أو Thr. يتم الإشارة إلى الغموض أيضًا بواسطة
سرد بين قوسين مجعدين "{}" الأحماض الأمينية غير المقبولة
في موقف غفين. على سبيل المثال: يشير {AM} إلى أي حمض أميني باستثناء Ala وMet.
يتم فصل كل عنصر في النموذج عن جاره بعلامة "-". (اختياري في
fuzztran) يمكن الإشارة إلى تكرار أحد عناصر النموذج باتباع ذلك
عنصر بقيمة عددية أو نطاق رقمي بين قوسين. أمثلة:
x(3) يتوافق مع xxx ، x (2,4،XNUMX) يتوافق مع xx أو xxx أو xxxx. عندما
يقتصر النمط على الطرف N أو C للتتابع ، هذا النمط
يبدأ إما برمز "<" أو ينتهي برمز ">" على التوالي. فترة تنتهي
النمط. (اختياري في فوزتران). على سبيل المثال، [DE](2)HS{P}X(2) PX (2,4،XNUMX) ج
إضافي قسم
-الإطار قائمة
القيمة الافتراضية: 1
-الطاولة قائمة
الناتج قسم
-ملف تقرير
استخدم fuzztrane عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
