الثوم - على الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

الثوم - برنامج التصور الجزيئي

موجز

ثوم [صحيح ثوم الخيارات] [X11 الخيارات] [اسم الملف]

الوصف

هذه الصفحة دليل الوثائق بإيجاز ثوم، برنامج تصوير جزيئي مجاني.
يمكن العثور على وثائق واسعة بتنسيق HTML ومصادرها في Garlic home ،
<URL:http://garlic.mefos.hr/garlic/>. المكان المادي: كلية الطب ، الجامعة
من Osijek ، كرواتيا ، أوروبا. حزم مجمعة مسبقًا لعدد من توزيعات جنو / لينكس
تتوفر. وتشمل هذه Debian و SuSE و Mandriva و Linspire وعدد آخر
التوزيعات. يمكن تنزيل وثائق HTML وتفريغ حزمتها للاستخدام المحلي (موصى به
الاستخدام). هنا يمكنك العثور على وصف موجز للبرنامج وقائمة الأوامر
خيارات الخط.

ثوم هو برنامج تصوير جزيئي مكتوب أصلاً للتحقيق في
بروتينات الغشاء. الآن يمكن استخدامه لتصور وتحرير بسيط لجميع البروتينات و
الجزيئات. يتعرف هذا الإصدار على تنسيق PDB الإصدار 2.1؛ انظر ملف المصدر pdb_atom.c
للحصول على تفاصيل حول هذا التنسيق.

OPTIONS

يمكن تقسيم خيارات سطر الأوامر إلى مجموعتين: صحيح (محدد) ثوم الخيارات و X11
الخيارات. يمكن إعطاء الخيارات بأي ترتيب. جميع الخيارات والقيم الافتراضية المشفرة هي
المدرجة في الجدول أدناه. لكل معلمة ، القيمة المحددة من خلال سطر الأوامر
مستخدمة ، إن وجدت. إذا لم يكن الأمر كذلك ، فإن القيمة المحددة في .garlicrc يستخدم الملف. لو .garlicrc
الملف غير متوفر ، أو لا يوجد إدخال مقابل في هذا الملف ، الثابت المشفر
يتم استخدام القيمة الافتراضية. العينة .garlicrc يحتوي الملف المتضمن في الحزمة الأصلية على
القيم التي تساوي القيم الافتراضية المشفرة.

ثوم الخيارات:
-ح ، --مساعدة
تعليمات الطباعة والخروج.

-الخامس، --الإصدار
نسخة الطباعة والخروج.

-r ، --تسجيل
سجل الثوم: أخبر المؤلف أن موقعك يحتوي على ثوم مثبت وأن شخصًا ما
سوف تستخدم هذا البرنامج. بالتسجيل ، أنت تشجع المؤلف على
مواصلة تطوير الثوم. يمكنك أيضًا مساعدة المؤلف لضمان دعمه
مزيد من التطوير. يرسل هذا الخيار رسالة بريد إلكتروني قصيرة واحدة تحتوي فقط على
عنوان رسالة البريد الإلكتروني وكلمة "مرحبًا!" ، إلى[البريد الإلكتروني محمي]>. لو سمحت
قم بتنفيذ الثوم-r إذا كنت ستستخدم هذا البرنامج. إذا لم تكن متصلاً بـ
الإنترنت ، ففكر في إرسال رسالة قصيرة من نظام آخر.

-نوسيس إخفاء رمز نظام الإحداثيات (أعلى الزاوية اليسرى).

-لا تحكم
إخفاء نافذة التحكم (الزاوية اليمنى العليا).

-ستيريو
عرض صورة ستيريو.

-بلاطة طريقة
وضع اللوح الافتراضي. أوضاع الألواح المتاحة هي: إيقاف ، مستو (افتراضي) ، كرة ،
نصف كرة ، اسطوانة ونصف اسطوانة.

-بهوت طريقة
وضع تلاشي اللون الافتراضي. الأوضاع المتاحة: إيقاف ، مستو (افتراضي) ، كرة ،
نصف كرة ، اسطوانة ونصف اسطوانة.

-مثل عدد
نمط رسم الذرة الافتراضي (الافتراضي المشفر: 2).

-ب عدد
نمط رسم السندات الافتراضي (الافتراضي المشفر: 2).

-fs عدد
العدد الافتراضي لأسطح بهت الألوان. الطائرات المتوازية ، أو المجالات متحدة المركز
يمكن استخدام الأسطوانات متحدة المركز كسطح يتلاشى. ثلاثة توائم RGB هي
لكل سطح. الأسطح متباعدة بشكل متساوٍ ؛ واحد على الأقل وعلى الأكثر
يجب تحديد ثمانية. ثلاثة ألوان على الأقل (يسار ، وسط ، يمين)
لكل ذرة مرئية. تستند هذه الألوان الثلاثة إلى موضع أ
ذرة بالنسبة إلى أقرب سطح (أسطح) بهت وعلى الألوان المخصصة لها
هذه الأسطح. يتم الجمع بين الألوان باستخدام ترجيح خطي.

-lc اللون
اللون الأيسر على السطح الأول ؛ أنا بين صفر وسبعة. سلسلة اللون
يجب أن تكون متوافقة مع X11R5. الأزرق ، على سبيل المثال ، يمكن تعريفه باللون الأزرق أو كما هو
RGB: 0000/0000 / FFFF إلخ. على سبيل المثال -lc4 RGB: BBBB / 8888/4444 يحدد اللون الأيسر
على السطح الذي مؤشره يساوي أربعة.

-مك اللون
اللون الأوسط على السطح الأول.

-rc اللون
اللون المناسب على السطح الأول.

-الكمبيوتر، - طباعة التكوين
طباعة بيانات التكوين والخروج.

-PCn طباعة أسماء المؤشر إلى stdout والخروج.

-سجل ملف تسجيل
اكتب الأوامر والرسائل لتسجيل الملف. سيتم إنشاء الملف في الوقت الحالي
عمل اخراجي. إذا لم يكن ذلك ممكنًا ، فسيتم إنشاء ملف السجل في منزل المستخدمين
الدليل.

X11 الخيار:
-عرض اسم العرض
خادم X للاتصال.

-الهندسة Geom
هندسة النافذة (الافتراضي: الشاشة بأكملها تقريبًا).

-بج اللون
لون خلفية النافذة الرئيسية (الافتراضي هو الأسود).

-fg اللون
لون الواجهة الرئيسية للنافذة (الافتراضي: أبيض).

-fn اسم الخط
خط النص؛ (الافتراضي هو 10x20).

-tbg اللون
لون خلفية النص (الافتراضي هو الأسود).

-تفغ اللون
لون النص (الافتراضي هو الأبيض).

-المؤشر اسم اللعنه
اسم المؤشر يرى /usr/include/X11/cursorfont.h للأسماء احذف البادئة XC_.

استخدم الثوم عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net