gmx-angle - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

gmx-angle - حساب التوزيعات والارتباطات للزوايا وثنائيات السطوح

موجز

زاوية جي ام اكس [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]] [-od [<.xvg>]]
[-ov [<.xvg>]] [-من [<.xvg>]] [-لا [<.xvg>]] [-أوه [<.xvg>]]
[-أوك [<.xvg>]] [أو [<.trr>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[حاليا] [-xvg ] [من نوع ]
[- [لا] الكل] [-عرض البينية ] [- [لا] دوري]
[-[لا] تشاندلر] [-[لا] أفيركور] [-تقلب ]
[- [لا] تطبيع] [-P ] [- فيتفن ]
[-البدء ] [-نظافه ]

الوصف

GMX زاوية يحسب توزيع الزوايا لعدد من الزوايا أو ثنائي السطوح.

مع خيار -ov، يمكنك رسم متوسط ​​الزاوية لمجموعة من الزوايا كدالة لـ
وقت. مع ال -كل الخيار، الرسم البياني الأول هو المتوسط ​​والباقي هو الفرد
زوايا.

مع -من اختيار، GMX زاوية يحسب أيضًا نسبة ثنائيات السطوح العابرة (فقط لـ
ثنائي السطوح) كدالة للوقت، ولكن ربما يكون هذا ممتعًا فقط لقلة مختارة.

مع خيار -أوك، يتم حساب دالة الارتباط ثنائي السطوح.

وتجدر الإشارة إلى أن ملف الفهرس يجب أن يحتوي على ذرة ثلاثية للزوايا أو ذرة
رباعي للثنائيات السطوح. إذا لم يكن الأمر كذلك، فسوف يتعطل البرنامج.

مع خيار أو، يتم تفريغ ملف المسار الذي يحتوي على cos وsin لثنائي السطوح المحدد
الزوايا، والتي يمكن استخدامها لاحقًا كمدخل لتحليل المكونات الرئيسية باستخدام
GMX كفار.

خيار -لا المؤامرات عندما تحدث التحولات بين الدوارات ثنائية السطوح ذات التعددية 3 و
-أوه يسجل رسمًا بيانيًا للأوقات بين هذه التحولات، على افتراض الإدخال
إطارات المسار متباعدة بالتساوي في الوقت المناسب.

OPTIONS

خيارات لتحديد ملفات الإدخال:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
مسار: نشوة مفاعل طهران البحثي لجنة مناهضة التعذيب غرو g96 فوسفات الحكومة الوطنية الانتقالية

-n [<.ndx>] (زاوية. ndx)
ملف الفهرس

خيارات لتحديد ملفات الإخراج:

-od [<.xvg>] (angdist.xvg)
xvgr / xmgr

-ov [<.xvg>] (angaver.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-من [<.xvg>] (dihfrac.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-لا [<.xvg>] (dihtrans.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-أوه [<.xvg>] (trhisto.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-أوك [<.xvg>] (dihcorr.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

أو [<.trr>] (تراج.trr) (اختياري)
المسار بتنسيق xdr المحمول

خيارات أخرى:

-b (0)
الإطار الأول (ps) للقراءة من المسار

-e (0)
الإطار الأخير (بس) للقراءة من المسار

-dt (0)
استخدم الإطار فقط عندما يكون t MOD dt = المرة الأولى (ps)

-[حاليا (لا)
عرض الإخراج .xvg, .xpm, .EPS و .pdb ملفات

-xvg
تنسيق قطعة xvg: xmgrace ، xmgr ، لا شيء

من نوع (زاوية)
نوع الزاوية المراد تحليلها: زاوية، ثنائية السطوح، غير لائقة، ريكارت-بيلمانز

- [لا] الكل (لا)
ارسم جميع الزوايا بشكل منفصل في ملف المتوسطات، بترتيب ظهورها في
ملف الفهرس.

-عرض البينية (1)
عرض النطاق (بالدرجات) لحساب التوزيع

- [لا] دوري (نعم)
طباعة زوايا ثنائية السطوح بمقاييس 360 درجة

-[لا] تشاندلر (لا)
استخدم دالة ارتباط تشاندلر (N[trans] = 1، N[gauche] = 0) بدلاً من جيب التمام
وظيفة الارتباط. يتم تعريف Trans على أنه phi < -60 أو phi > 60.

-[لا] أفيركور (لا)
متوسط ​​وظائف الارتباط للزوايا/ثنائيات السطوح الفردية

-تقلب (-1)
طول ACF ، الافتراضي هو نصف عدد الإطارات

- [لا] تطبيع (نعم)
تطبيع ACF

-P (0)
ترتيب متعدد الحدود Legendre لـ ACF (0 يشير إلى لا شيء): 0 ، 1 ، 2 ، 3

- فيتفن (لا يوجد)
وظيفة مناسبة: لا شيء ، إكسب ، أكسب ، إكسب_كسب ، إكسب 5 ، إكسب 7 ، إكسب 9

-البدء (0)
حان الوقت لبدء التوافق الأسي لوظيفة الارتباط

-نظافه (-1)
الوقت الذي يتم فيه إنهاء التوافق الأسي لوظيفة الارتباط ، -1 حتى
النهاية

معروف قضايا

· عد التحولات لا يصلح إلا لثنائيات السطوح مع التعدد 3

استخدم gmx-angle عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net