gmx-bar - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

gmx-bar - حساب تقديرات فرق الطاقة الحرة من خلال نسبة قبول بينيت

موجز

شريط جي إم إكس [-f [<.xvg> [...]]] [-g [<.إدر> [...]]] [-o [<.xvg>]]
[-أو [<.xvg>]] [-أوه [<.xvg>]] [-[حاليا] [-xvg ]
[-b ] [-e ] [-مؤقت ] [-prec ]
[-نبمين ] [-نبماكس ] [-نبين ] [-[لا]ملف اكستب]

الوصف

GMX شريط يحسب تقديرات فرق الطاقة الحرة من خلال نسبة قبول بينيت
طريقة (بار). كما أنه يضيف تلقائيًا سلسلة من الطاقات الحرة الفردية التي تم الحصول عليها باستخدام
BAR في تقدير الطاقة الحرة مجتمعة.

يعتمد كل اختلاف فردي في الطاقة الحرة لـ BAR على عمليتي محاكاة في حالات مختلفة:
قل الحالة A والحالة B، كما يتم التحكم فيها بواسطة معلمة، lambda (انظر ملف .mdp المعلمة
init_lambda). تحسب طريقة BAR نسبة المتوسط ​​المرجح لهاملتونيان
اختلاف الحالة B مع الحالة A والعكس. اختلافات الطاقة إلى أخرى
يجب أن يتم حساب الحالة بشكل صريح أثناء المحاكاة. يمكن القيام بذلك باستخدام .mdp
خيار أجنبي_لامدا.

خيار الإدخال -f يتوقع متعددة dhdl.xvg ملفات. يتم دعم نوعين من ملفات الإدخال:

· الملفات التي تحتوي على أكثر من واحد y-قيمة. يجب أن تحتوي الملفات على أعمدة تحتوي على dH/dlambda و
دلتالامبدا. يتم استنتاج قيم لامدا من الأساطير: لامدا
محاكاة من أسطورة dH/dlambda وقيم lambda الأجنبية من
أساطير دلتا ه

· الملفات مع واحد فقط y-قيمة. باستخدام -extp الخيار لهذه الملفات، فمن المفترض
أن y-القيمة هي dH/dlambda وأن الهاملتونية تعتمد خطيًا على lambda.
يتم استنتاج قيمة لامدا للمحاكاة من العنوان الفرعي (إن وجد)،
وإلا من رقم في الدليل الفرعي في اسم الملف.

يتم تحليل لامدا للمحاكاة من dhdl.xvg وسيلة إيضاح الملف التي تحتوي على السلسلة
"dH"، قيم لامدا الأجنبية من وسيلة الإيضاح التي تحتوي على الأحرف الكبيرة "D" و
"ح". يتم تحليل درجة الحرارة من سطر وسيلة الإيضاح الذي يحتوي على "T =".

خيار الإدخال -g يتوقع متعددة .edr ملفات. يمكن أن تحتوي هذه على أي من قوائم الطاقة
الاختلافات (انظر .mdp خيار منفصل_dhdl_file)، أو سلسلة من الرسوم البيانية (انظر
.mdp الخيارات dh_hist_size و dh_hist_spaceing). درجة الحرارة وقيم لامدا هي
يستنتج تلقائيا من ener.edr ملف.

بالإضافة إلى .mdp خيار أجنبي_لامدا، يمكن أن يكون فرق الطاقة أيضًا
استقراء من قيم dH/dlambda. ويتم ذلك باستخدام الخيار ``-extp``، والذي
يفترض أن هاميلتوني النظام يعتمد خطيا على لامدا، وهو ليس عادة
هذه القضية.

يتم تحديد تقديرات الطاقة الحرة باستخدام BAR مع التنصيف بدقة
مجموعة الإخراج مع -prec. تقدير الخطأ مع الأخذ في الاعتبار الارتباطات الزمنية هو
يتم ذلك عن طريق تقسيم البيانات إلى كتل وتحديد فروق الطاقة الحرة
تلك الكتل وبافتراض أن الكتل مستقلة. تقدير الخطأ النهائي هو
يتم تحديده من متوسط ​​التباين على مدى 5 كتل. مجموعة من أرقام الكتلة للخطأ
يمكن توفير التقدير مع الخيارات -نبمين و -نبماكس.

GMX شريط يحاول تجميع العينات بنفس قيم لامدا "الأصلية" و"الأجنبية"، ولكن
يفترض دائما عينات مستقلة. ملاحظات أنه عند تجميع الطاقة
الاختلافات/المشتقات مع فترات أخذ العينات المختلفة، يكاد يكون من المؤكد أن هذا ليس كذلك
صحيح. عادة ما تكون الطاقات اللاحقة مترابطة وتعني فترات زمنية مختلفة
درجات مختلفة من الارتباط بين العينات.

تنقسم النتائج إلى جزأين: الجزء الأخير يحتوي على النتائج النهائية بوحدة kJ/mol،
مع تقدير الخطأ لكل جزء والإجمالي. الجزء الأول يحتوي على
تقديرات تفصيلية لفرق الطاقة الحرة ومقاييس تداخل مساحة الطور بوحدات كيلو طن
(مع تقدير الخطأ المحسوب). القيم المطبوعة هي:

· lam_A: قيم لامدا للنقطة أ.

· lam_B: قيم لامدا للنقطة ب.

· DG: تقدير الطاقة الحرة.

· s_A: تقدير الإنتروبيا النسبية لـ B في A.

· s_B: تقدير الإنتروبيا النسبية لـ A في B.

· stdev: تقدير الانحراف المعياري المتوقع لكل عينة.

يمكن تفسير الإنتروبيا النسبية لكلتا الحالتين في مجموعة بعضهما البعض على أنها
قياس تداخل مساحة الطور: الإنتروبيا النسبية s_A لعينات عمل lambda_B
في مجموعة lambda_A (والعكس بالنسبة لـ s_B)، يعد مقياسًا لـ "المسافة"
بين توزيعات بولتزمان للحالتين، فإن ذلك يذهب إلى الصفر بالنسبة للتطابق
توزيعات. انظر وو وكوفكي، جيه كيم. فيز. 123 084109 (2005) لمزيد من المعلومات.

تقدير الانحراف المعياري المتوقع لكل عينة، كما هو مذكور في نص بينيت الأصلي
ورقة شريط: بينيت، J. شركات. فيز. 22، ص 245 (1976). مكافئ. 10 فيه يعطي تقديرا ل
جودة أخذ العينات (ليست مباشرة من الخطأ الإحصائي الفعلي، لأنها تفترض
عينات مستقلة).

للحصول على تقدير مرئي لتداخل مساحة الطور، استخدم -أوه خيار لكتابة سلسلة من
الرسوم البيانية، جنبا إلى جنب مع -نبين الخيار.

OPTIONS

خيارات لتحديد ملفات الإدخال:

-f [<.xvg> [...]] (dhdl.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-g [<.إدر> [...]] (ener.edr) (اختياري)
ملف الطاقة

خيارات لتحديد ملفات الإخراج:

-o [<.xvg>] (bar.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-أو [<.xvg>] (barint.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-أوه [<.xvg>] (الرسم البياني.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

خيارات أخرى:

-[حاليا (لا)
عرض الإخراج .xvg, .xpm, .EPS و .pdb ملفات

-xvg
تنسيق قطعة xvg: xmgrace ، xmgr ، لا شيء

-b (0)
بدء الوقت لـ BAR

-e (-1)
وقت انتهاء البار

-مؤقت (-1)
درجة الحرارة (ك)

-prec (2)
عدد الأرقام بعد العلامة العشرية

-نبمين (5)
الحد الأدنى لعدد الكتل لتقدير الخطأ

-نبماكس (5)
الحد الأقصى لعدد الكتل لتقدير الخطأ

-نبين (100)
عدد الصناديق لإخراج الرسم البياني

-[لا]ملف اكستب (لا)
ما إذا كان سيتم استقراء قيم dH/dl خطيًا لاستخدامها كطاقات

استخدم gmx-bar عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net