gmx-الكتلة - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

gmx- الكتلة - الهياكل العنقودية

موجز

كتلة gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-DM [<.xpm>]] [ام [<.xpm>]] [-o [<.xpm>]] [-g [<.log>]]
[-طبيب [<.xvg>]] [-إيف [<.xvg>]] [-تحويل [<.xvg>]]
[-sz [<.xvg>]] [-تر [<.xpm>]] [-ntr [<.xvg>]]
[-clid [<.xvg>]] [-cl [<.xtc / .trr / ...>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [انت ] [-[حاليا]
[-xvg ] [- [لا] dista] [-المستويات ]
[-قطع ] [-[لا يصلح] [-الأعلى ] [-يتخطى ]
[- [لا] av] [-wcl ] [-NST ] [-رمسمين ]
[-طريقة ] [-مينست ] [- [لا] ثنائي]
[-M ] [-P ] [-بذرة ] [-نيتر ]
[-عشوائية ] [-KT ] [- [لا] pbc]

الوصف

GMX كتلة يمكن الهياكل العنقودية باستخدام عدة طرق مختلفة. المسافات بين
يمكن تحديد الهياكل من مسار أو قراءتها من .xpm ملف المصفوفة بملحق
-DM خيار. يمكن أن يكون انحراف RMS بعد التركيب أو انحراف RMS لمسافات زوج الذرة
تستخدم لتحديد المسافة بين الهياكل.

رابط واحد: إضافة هيكل إلى كتلة عندما تكون المسافة إلى أي عنصر من عناصر
الكتلة أقل من قطع.

جارفيس باتريك: أضف هيكلًا إلى كتلة عندما يكون هذا الهيكل والهيكل في
الكتلة لديها بعضها البعض كجيران ولديهم أقل P الجيران مشترك. ال
جيران الهيكل هم أقرب الهياكل M أو جميع الهياكل داخلها قطع.

مونت كارلو: أعد ترتيب مصفوفة RMSD باستخدام مونت كارلو بحيث يكون ترتيب الإطارات
يستخدم أصغر الزيادات الممكنة. مع هذا من الممكن أن تجعل على نحو سلس
الرسوم المتحركة تنتقل من هيكل إلى آخر بأكبر قدر ممكن (على سبيل المثال) RMSD
بينهما ، ولكن يجب أن تكون الخطوات الوسيطة صغيرة قدر الإمكان. التطبيقات
يمكن أن يكون تصور مجموعة القوة المتوسطة للمحاكاة أو السحب
محاكاة. من الواضح أن المستخدم يجب أن يعد المسار جيدًا (على سبيل المثال لا
تركيب الإطارات). يمكن فحص النتيجة النهائية بصريًا من خلال النظر إلى المصفوفة
.xpm والذي يجب أن يختلف بسلاسة من أسفل إلى أعلى.

قطري: قطري مصفوفة RMSD.

gromos: استخدم الخوارزمية كما هو موضح في Daura et آل. (انجيو. علم. الباحث. إد 1999, 38، ب
236-240). عد عدد الجيران الذين يستخدمون القطع ، واتخاذ الهيكل مع أكبر عدد من
الجيران مع كل جيرانها كمجموعة وإزالتها من مجموعة الكتل.
كرر مع الهياكل المتبقية في البركة.

عندما تقوم خوارزمية التجميع بتعيين كل بنية لمجموعة واحدة بالضبط (مفرد
linkage، Jarvis Patrick and gromos) ويتم توفير ملف المسار ، مع الهيكل
أصغر متوسط ​​مسافة للآخرين أو متوسط ​​الهيكل أو جميع الهياكل ل
ستتم كتابة كل مجموعة في ملف مسار. عند كتابة كل الهياكل ، افصل
يتم عمل ملفات مرقمة لكل مجموعة.

يتم دائمًا كتابة ملفي الإخراج:

· -o يكتب قيم RMSD في النصف الأيسر العلوي من المصفوفة ورسم بياني
تصوير المجموعات في النصف الأيمن السفلي متى -مينست = 1 الرسم البياني
يكون التصوير باللون الأسود عندما يكون الهيكلان في نفس المجموعة. متى -مينست > 1
سيتم استخدام ألوان مختلفة لكل مجموعة.

· -g يكتب معلومات عن الخيارات المستخدمة وقائمة مفصلة لجميع المجموعات و
أعضائهم.

بالإضافة إلى ذلك ، يمكن كتابة عدد من ملفات الإخراج الاختيارية:

· -طبيب يكتب توزيع RMSD.

· -إيف يكتب المتجهات الذاتية لقطر مصفوفة RMSD.

· -sz يكتب أحجام الكتلة.

· -تر يكتب مصفوفة من انتقالات الأرقام بين أزواج المجموعات.

· -ntr يكتب العدد الإجمالي للانتقالات من أو إلى كل مجموعة.

· -clid يكتب رقم الكتلة كدالة للوقت.

· -cl يكتب متوسط ​​(مع الخيار -من) أو الهيكل المركزي لكل كتلة أو يكتب
مرقمة مع أعضاء الكتلة لمجموعة مختارة من الكتل (مع خيار -wcl,
يعتمد على -NST و -رمسمين). مركز الكتلة هو الهيكل مع
أصغر متوسط ​​RMSD من جميع الهياكل الأخرى للكتلة.

OPTIONS

خيارات لتحديد ملفات الإدخال:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc) (اختياري)
مسار: نشوة مفاعل طهران البحثي لجنة مناهضة التعذيب غرو g96 فوسفات الحكومة الوطنية الانتقالية

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr) (اختياري)
الهيكل + الكتلة (ديسيبل): نظام الحماية المؤقت غرو g96 فوسفات brk

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختياري)
ملف الفهرس

-DM [<.xpm>] (رمسد.xpm) (اختياري)
ملف مصفوفة متوافق مع X PixMap

خيارات لتحديد ملفات الإخراج:

ام [<.xpm>] (rmsd-raw.xpm)
ملف مصفوفة متوافق مع X PixMap

-o [<.xpm>] (rmsd- clust.xpm)
ملف مصفوفة متوافق مع X PixMap

-g [<.log>] (العنقودية.لوج)
ملف تسجيل

-طبيب [<.xvg>] (rmsd-dist.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-إيف [<.xvg>] (rmsd-eig.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-تحويل [<.xvg>] (مك-conv.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-sz [<.xvg>] (حجم الكتلة.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-تر [<.xpm>] (الكتلة عبر xpm) (اختياري)
ملف مصفوفة متوافق مع X PixMap

-ntr [<.xvg>] (كلست ترانس. xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-clid [<.xvg>] (الكتلة-id.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-cl [<.xtc / .trr / ...>] (مجموعات.pdb) (اختياري)
مسار: نشوة مفاعل طهران البحثي لجنة مناهضة التعذيب غرو g96 فوسفات الحكومة الوطنية الانتقالية

خيارات أخرى:

-b (0)
الإطار الأول (ps) للقراءة من المسار

-e (0)
الإطار الأخير (بس) للقراءة من المسار

-dt (0)
استخدم الإطار فقط عندما يكون t MOD dt = المرة الأولى (ps)

انت (ملاحظة)
وحدة قيم الوقت: fs ، ps ، ns ، us ، ms ، s

-[حاليا (لا)
عرض الإخراج .xvg, .xpm, .EPS و .pdb ملفات

-xvg
تنسيق قطعة xvg: xmgrace ، xmgr ، لا شيء

- [لا] dista (لا)
استخدم RMSD للمسافات بدلاً من انحراف RMS

-المستويات (40)
حدد مصفوفة RMSD في هذا العدد من المستويات

-قطع (0.1)
قطع RMSD (نانومتر) لهيكلتين ليكونا متجاورين

-[لا يصلح (نعم)
استخدم المربعات الصغرى الملائمة قبل حساب RMSD

-الأعلى (-1)
المستوى الأقصى في مصفوفة RMSD

-يتخطى (1)
فقط قم بتحليل كل إطار nr-th

- [لا] av (لا)
اكتب متوسط ​​هيكل iso الأوسط لكل مجموعة

-wcl (0)
اكتب الهياكل لهذا العدد من المجموعات إلى ملفات مرقمة

-NST (1)
اكتب فقط جميع الهياكل إذا كان عدد الهياكل أكبر من هذا العدد لكل عنقود

-رمسمين (0)
أدنى فرق جذر متوسط ​​التربيع مع باقي الكتلة لكتابة الهياكل

-طريقة (الربط)
طريقة تحديد الكتلة: الربط ، جارفيس باتريك ، مونت كارلو ،
قطري ، جروموس

-مينست (1)
الحد الأدنى لعدد الهياكل في الكتلة للتلوين في .xpm ملف

- [لا] ثنائي (لا)
تعامل مع مصفوفة RMSD على أنها تتكون من 0 و 1 ، حيث يتم تحديد القطع بواسطة
-قطع

-M (10)
عدد أقرب الجيران الذين تم اعتبارهم في خوارزمية جارفيس باتريك ، 0 قيد الاستخدام
قطع

-P (3)
عدد الجيران المتطابقين المطلوبين لتشكيل مجموعة

-بذرة (1993)
بذرة رقم عشوائي لخوارزمية تجميع مونت كارلو: <= 0 تعني إنشاء

-نيتر (10000)
عدد التكرارات لـ MC

-عشوائية (0)
يمكن إجراء التكرارات الأولى لـ MC بشكل عشوائي كامل ، لخلط الإطارات

-KT (0.001)
عامل ترجيح Boltzmann لتحسين مونت كارلو (صفر ينطفئ صعودًا
خطوات)

- [لا] pbc (نعم)
فحص PBC

استخدم gmx-cluster عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net