gmx-convert-tpr - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

gmx-convert-tpr - إنشاء ملف إدخال تشغيل معدل

موجز

تحويل gmx tpr [-s [<.tpr>]] [-f [<.trr / .cpt / ...>]] [-e [<.edr>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.tpr>]] [-يمتد ]
[-حتى ] [-خطوات ] [-زمن ]
[- [لا] Zeroq] [-[رواية] [- [لا] تابع]
[-init_fep_state ]

الوصف

GMX تحويل tpr يمكن تحرير ملفات الإدخال في أربع طرق.

1. من خلال تعديل عدد الخطوات في ملف إدخال تشغيل مع الخيارات -يمتد, -حتى or
-خطوات (nsteps = -1 تعني عدد غير محدود من الخطوات)

2. (قديم) عن طريق إنشاء ملف إدخال تشغيل لمتابعة تشغيل عندما تكون المحاكاة لديك
تعطلت بسبب قرص ممتلئ على سبيل المثال ، أو عن طريق إنشاء ملف إدخال تشغيل مستمر. هذا الخيار
عفا عليه الزمن ، لأن mdrun الآن يكتب ويقرأ ملفات نقاط التفتيش. ملاحظات هذا هو الإطار
الإحداثيات والسرعات مطلوبة. عند الضغط و / أو درجة حرارة Nose-Hoover
يتم استخدام أداة التوصيل يمكن توفير ملف طاقة للحصول على استمرار دقيق لـ
تشغيل الأصلي.

3. من خلال إنشاء ملف .tpx لمجموعة فرعية من ملف tpx الأصلي ، وهو أمر مفيد عندما يكون
تريد إزالة المذيب من ملف .tpx الخاص بك ، أو عندما تريد أن تجعل مثلًا نقيًا
ملف .tpx. لاحظ أنك قد تحتاج إلى استخدام -خطوات -1 (أو ما شابه) للحصول على هذا
عمل. تحذير: .tpx ملف is ليس تماما وظيفي.

4. من خلال ضبط رسوم مجموعة محددة على صفر. هذا مفيد عند القيام بالمجان
تقديرات الطاقة باستخدام طريقة LIE (طاقة التفاعل الخطي).

OPTIONS

خيارات لتحديد ملفات الإدخال:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
xdr المحمولة تشغيل ملف الإدخال

-f [<.trr / .cpt / ...>] (تراج.trr) (اختياري)
مسار الدقة الكاملة: مفاعل طهران البحثي لجنة مناهضة التعذيب الحكومة الوطنية الانتقالية

-e [<.edr>] (ener.edr) (اختياري)
ملف الطاقة

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختياري)
ملف الفهرس

خيارات لتحديد ملفات الإخراج:

-o [<.tpr>] (tprout.tpr)
xdr المحمولة تشغيل ملف الإدخال

خيارات أخرى:

-يمتد (0)
تمديد وقت التشغيل بهذا المقدار (ps)

-حتى (0)
تمديد وقت التشغيل حتى وقت الانتهاء هذا (ps)

-خطوات (0)
قم بتغيير عدد الخطوات

-زمن (-1)
تابع من الإطار في هذا الوقت (ps) بدلاً من الإطار الأخير

- [لا] Zeroq (لا)
اضبط رسوم المجموعة (من الفهرس) على صفر

-[رواية (نعم)
تتطلب سرعات من المسار

- [لا] تابع (نعم)
للاستمرار الدقيق ، لا ينبغي تطبيق القيود قبل الخطوة الأولى

-init_fep_state (0)
حالة fep للتهيئة منها

استخدم gmx-convert-tpr عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net