gmx-covar - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

gmx-covar - حساب وقطر مصفوفة التغاير

موجز

جي ام اكس كوفار [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.trr / .cpt / ...>]]
[-من [<.gro / .g96 / ...>]] [-l [<.log>]] [-اسكي [<.dat>]]
[-xpm [<.xpm>]] [-xpma [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [انت ] [-xvg ] [-[لا يصلح]
[- [لا] المرجع] [- [لا] mwa] [-الاخير ] [- [لا] pbc]

الوصف

GMX كفار يحسب ويقطر مصفوفة التغاير (مرجحة الكتلة). الجميع
يتم تركيب الهياكل على الهيكل في ملف الهيكل. عندما لا يكون هذا شوطًا
لن يتم أخذ دورية ملف الإدخال في الاعتبار. عندما يصلح ومجموعات التحليل
متطابقة والتحليل غير مرجح الكتلة ، كما أن الملاءمة ستكون غير مرجحة
مرجح الكتلة.

تتم كتابة المتجهات الذاتية في ملف مسار (-v). عندما يتم استخدام نفس الذرات
تحليل الملاءمة والتغاير ، يتم كتابة الهيكل المرجعي للملاءمة أولاً
مع t = -1. المتوسط ​​(أو المرجع متى -المرجع يستخدم) الهيكل مكتوب بـ t = 0 ،
يتم كتابة المتجهات الذاتية كإطارات مع رقم المتجه الذاتي كختم زمني.

يمكن تحليل المتجهات الذاتية باستخدام GMX أنايج.

خيار -اسكي يكتب مصفوفة التغاير بأكملها إلى ملف ASCII. ترتيب
العناصر هي: x1x1، x1y1، x1z1، x1x2، ...

خيار -xpm يكتب مصفوفة التغاير بأكملها إلى .xpm ملف.

خيار -xpma يكتب مصفوفة التغاير الذري إلى .xpm ملف ، أي لكل زوج ذرة
يتم كتابة مجموع التغاير xx و yy و zz.

لاحظ أن قطرية المصفوفة تتطلب ذاكرة ووقتًا سيزدادان عند
على الأقل بسرعة من مربع عدد الذرات المعنية. من السهل أن ينفد منها
في هذه الحالة ، من المحتمل أن يتم إنهاء هذه الأداة مع وجود "خطأ تجزئة". يجب
فكر جيدًا فيما إذا كانت مجموعة الذرات المخفضة ستلبي احتياجاتك بتكاليف أقل.

OPTIONS

خيارات لتحديد ملفات الإدخال:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
مسار: نشوة مفاعل طهران البحثي لجنة مناهضة التعذيب غرو g96 فوسفات الحكومة الوطنية الانتقالية

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
الهيكل + الكتلة (ديسيبل): نظام الحماية المؤقت غرو g96 فوسفات brk

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختياري)
ملف الفهرس

خيارات لتحديد ملفات الإخراج:

-o [<.xvg>] (eigenval.xvg)
xvgr / xmgr

-v [<.trr / .cpt / ...>] (eigenvec.trr)
مسار الدقة الكاملة: مفاعل طهران البحثي لجنة مناهضة التعذيب الحكومة الوطنية الانتقالية

-من [<.gro / .g96 / ...>] (متوسط. db)
ملف الهيكل: غرو g96 فوسفات brk ent esp

-l [<.log>] (covar.log)
ملف تسجيل

-اسكي [<.dat>] (covar.dat) (اختياري)
ملف بيانات عام

-xpm [<.xpm>] (كوفار.xpm) (اختياري)
ملف مصفوفة متوافق مع X PixMap

-xpma [<.xpm>] (كوفارا.xpm) (اختياري)
ملف مصفوفة متوافق مع X PixMap

خيارات أخرى:

-b 0
الإطار الأول (ps) للقراءة من المسار

-e 0
الإطار الأخير (بس) للقراءة من المسار

-dt 0
استخدم الإطار فقط عندما يكون t MOD dt = المرة الأولى (ps)

انت (ملاحظة)
وحدة قيم الوقت: fs ، ps ، ns ، us ، ms ، s

-xvg
تنسيق قطعة xvg: xmgrace ، xmgr ، لا شيء

-[لا يصلح (نعم)
تناسب هيكل مرجعي

- [لا] المرجع (لا)
استخدم الانحراف عن التشكل في ملف الهيكل بدلاً من ملف
المتوسط

- [لا] mwa (لا)
تحليل التغاير الموزون بالكتلة

-الاخير (-1)
متجه eigenvector الأخير للكتابة (-1 حتى الأخير)

- [لا] pbc (نعم)
تطبيق التصحيحات لشروط الحدود الدورية

استخدم gmx-covar عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net