gmx-editconf - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

gmx-editconf - تحويل ومعالجة ملفات البنية

موجز

تحرير جي إم إكس [-f [<.gro / .g96 / ...>]] [-n [<.ndx>]] [-بف [<.dat>]]
[-o [<.gro / .g96 / ...>]] [-ميد [<.pqr>]] [-[حاليا]
[-[لا] NDEF] [-BT ] [-صندوق ]
[-الزوايا ] [-d ] [-[لا]ج]
[-مركز ] [-aligncenter ]
[- محاذاة ] [-يترجم ]
[-استدارة ] [-[لا]الأمير] [-مقياس ]
[-كثافة ] [- [لا] pbc] [-resnr ] [-[لا] فهم]
[-rvdw ] [-[لا]سيج56] [-[لا]vdwread] [-[لا] ذرة]
[-[لا]أسطورة] [-ضع الكلمة المناسبة ] [-[لا] إتصال]

الوصف

GMX تحرير يحول تنسيق البنية العامة إلى .gro, .g96 or .pdb.

يمكن تعديل المربع بالخيارات -صندوق, -d و -الزوايا. كلا -صندوق و -d سوف مركز
النظام في المربع، إلا إذا -نو .

خيار -BT تحديد نوع الصندوق: ثلاثي الميل هو مربع triclinic، مكعب مستطيل
مربع مع جميع الجوانب متساوية الثنعشري السطوح شكل ذو 21 يمثل اثني عشر وجهًا معينيًا و المجسم الثماني is
مجسم مجسم مقطوع. الأخيران هما حالتان خاصتان لصندوق التريكلينيك. طول
ناقلات الصندوق الثلاثة للمجسم الثماني المقطوع هي أقصر مسافة بين اثنين
السداسيات المعاكسة. بالنسبة إلى صندوق مكعب مع بعض المسافة الدورية للصورة، الحجم
من الاثني عشر وجها مع نفس المسافة الدورية هو 0.71 مرة من المكعب، و
أن المجسم الثماني المقطوع هو 0.77 مرة.

خيار -صندوق يتطلب قيمة واحدة فقط للمكعب الاثني عشري المعيني أو المقطوع
صندوق ثماني السطوح.

بدافع -d و ثلاثي الميل مربع حجم النظام في x-, y-، و z-الاتجاهات هي
مستخدم. مع -d و مكعب, الثنعشري السطوح شكل ذو 21 or المجسم الثماني الصناديق، يتم ضبط الأبعاد على
قطر النظام (أكبر مسافة بين الذرات) بالإضافة إلى ضعف المسافة المحددة.

خيار -الزوايا لا معنى له إلا مع الخيار -صندوق وصندوق triclinic ولا يمكن استخدامه
مع الخيار -d.

متى -n or -ndef تم تعيينه، ويمكن تحديد مجموعة لحساب الحجم و
المركز الهندسي، وإلا يتم استخدام النظام بأكمله.

-استدارة يدور الإحداثيات والسرعات.

-الأمير يقوم بمحاذاة المحاور الرئيسية للنظام على طول محاور الإحداثيات، مع الأطول
محور يتماشى مع x-محور. قد يسمح لك هذا بتقليل حجم الصندوق، لكن احذر
أن الجزيئات يمكن أن تدور بشكل كبير في جزء من الثانية.

يتم تطبيق القياس قبل تنفيذ أي من العمليات الأخرى. المربعات والإحداثيات
يمكن تحجيمها لإعطاء كثافة معينة (الخيار -كثافة). لاحظ أن هذا قد يكون
غير دقيقة في حالة أ .gro يتم إعطاء الملف كمدخل. ميزة خاصة لخيار القياس
هو أنه عندما يتم إعطاء العامل -1 في بعد واحد، نحصل على صورة معكوسة
في إحدى الطائرات. عندما يستخدم المرء -1 في ثلاثة أبعاد، تكون الصورة نقطة-مرآة
تم الحصول عليها.

يتم تحديد المجموعات بعد تطبيق كافة العمليات.

يمكن إزالة الدورية بطريقة خام. من المهم أن تكون ناقلات الصندوق في
الجزء السفلي من ملف الإدخال الخاص بك صحيح عند إزالة الدورية.

عند الكتابة .pdb الملفات، يمكن إضافة العوامل B باستخدام ملف -بف خيار. تتم قراءة العوامل B
من ملف بالتنسيق التالي: يوضح السطر الأول عدد الإدخالات في الملف،
تشير الأسطر التالية إلى فهرس متبوعًا بعامل B. سيتم إرفاق العوامل B لكل
البقايا ما لم يكن المؤشر أكبر من عدد البقايا أو ما لم يكن -ذرة خيار
تم تعيينه. من الواضح أنه يمكن إضافة أي نوع من البيانات الرقمية بدلاً من العوامل B. -أسطورة
سوف ينتج صفًا من ذرات CA مع عوامل B تتراوح من الحد الأدنى إلى الحد الأقصى
تم العثور على القيمة، مما يجعل وسيلة الإيضاح للعرض فعالة.

مع الخيار -ميد خاص .pdb (.pqr) ملف لبرنامج الكهرباء الساكنة MEAD
يمكن صنع (حلال بواسون-بولتزمان). الشرط الأساسي الآخر هو أن يكون ملف الإدخال عبارة عن ملف
تشغيل ملف الإدخال. يتم بعد ذلك ملء حقل العامل B بنصف قطر Van der Waals الخاص بـ
الذرات في حين أن مجال الإشغال سوف يحمل هذه التهمة.

الخيار -يمسك مشابه، لكنه يضع الشحنات في العامل B ونصف القطر
الإشغال.

خيار - محاذاة يسمح بمحاذاة المحور الرئيسي لمجموعة محددة مقابل
متجه معين، مع مركز دوران اختياري محدد بواسطة -aligncenter.

وأخيرا، مع الخيار -ضع الكلمة المناسبة, تحرير يمكن إضافة معرف سلسلة إلى a .pdb الملف الذي يمكن
تكون مفيدة للتحليل مع على سبيل المثال Rasmol.

لتحويل ملف ثماني السطوح مقطوع تم إنتاجه بواسطة حزمة تستخدم صندوقًا مكعبًا به
قطع الزوايا (مثل GROMOS)، استخدم:

gmx Editconf -f in -rotate 0 45 35.264 -bt o -box veclen -o out

أين com.veclen هو حجم المربع المكعب مرات الجذر التربيعي(3)/2.

OPTIONS

خيارات لتحديد ملفات الإدخال:

-f [<.gro / .g96 / ...>] (conf.gro)
ملف الهيكل: غرو g96 فوسفات brk ent esp نظام الحماية المؤقت

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختياري)
ملف الفهرس

-بف [<.dat>] (بفاكت.دات) (اختياري)
ملف بيانات عام

خيارات لتحديد ملفات الإخراج:

-o [<.gro / .g96 / ...>] (out.gro) (اختياري)
ملف الهيكل: غرو g96 فوسفات brk ent esp

-ميد [<.pqr>] (ميد.pqr) (اختياري)
تنسيق ملف MEAD

خيارات أخرى:

-[حاليا (لا)
عرض الإخراج .xvg, .xpm, .EPS و .pdb ملفات

-[لا] NDEF (لا)
اختر الإخراج من مجموعات الفهرس الافتراضية

-BT (ثلاثي الميل)
نوع الصندوق ل -صندوق و -d: triclinic، مكعب، الاثني عشر السطوح، المجسم الثماني

-صندوق (0 0 0)
أطوال متجهات الصندوق (أ، ب، ج)

-الزوايا (90 90 90)
الزوايا بين المتجهات الصندوقية (bc,ac,ab)

-d (0)
المسافة بين المذاب والصندوق

-[لا]ج (لا)
جزيء مركزي في الصندوق (يشار إليه ضمنيًا بـ -صندوق و -d)

-مركز (0 0 0)
إحداثيات المركز الهندسي

-aligncenter (0 0 0)
مركز الدوران للمحاذاة

- محاذاة (0 0 0)
محاذاة إلى المتجه الهدف

-يترجم (0 0 0)
خدمات ترجمة

-استدارة (0 0 0)
الدوران حول المحاور X وY وZ بالدرجات

-[لا]الأمير (لا)
توجيه الجزيء (الجزيئات) على طول محاورها الرئيسية

-مقياس (1 1 1)
عامل التحجيم

-كثافة (1000)
يتم تحقيق الكثافة (جم / لتر) لصندوق الإخراج عن طريق القياس

- [لا] pbc (لا)
إزالة الدورية (جعل الجزيء كاملاً مرة أخرى)

-resnr (-1)
إعادة ترقيم المخلفات بدءًا من resnr

-[لا] فهم (لا)
قم بتخزين شحنة الذرة في حقل العامل B ونصف قطر الذرة فيه
مجال الإشغال

-rvdw (0.12)
نصف قطر Van der Waals الافتراضي (بالنانومتر) إذا لم يتم العثور عليه في قاعدة البيانات أو إذا
لا توجد معلمات في ملف الهيكل

-[لا]سيج56 (لا)
استخدم rmin/2 (الحد الأدنى في إمكانات Van der Waals) بدلاً من sigma/2

-[لا]vdwread (لا)
اقرأ نصف قطر Van der Waals من الملف vdwradii.dat بدلاً من حساب
نصف القطر على أساس مجال القوة

-[لا] ذرة (لا)
قوة الارتباط بعامل B لكل ذرة

-[لا]أسطورة (لا)
اجعل عامل B أسطورة

-ضع الكلمة المناسبة (A)
أضف تسمية السلسلة لجميع المخلفات

-[لا] إتصال (لا)
إضافة سجلات CONECT إلى أ .pdb الملف عند كتابته. لا يمكن القيام بذلك إلا عندما تكون الطوبولوجيا
يقدم

معروف قضايا

· بالنسبة للجزيئات المعقدة، قد يتعطل روتين الإزالة الدورية، وفي هذه الحالة أنت
يمكن استخدام GMX trjconv.

استخدم gmx-editconf عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net