هذا هو الأمر gmx-gyrate الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
gmx-gyrate - حساب نصف قطر الدوران
موجز
دورة جي ام اكس [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-acf [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[حاليا] [-xvg ] [-نمول ] [-[لا]س]
[-[لا]ص] [-[لا] موي] [-nz ] [-تقلب ]
[- [لا] تطبيع] [-P ] [- فيتفن ]
[-البدء ] [-نظافه ]
الوصف
GMX جيرات يحسب نصف قطر الدوران للجزيء ونصف قطر الدوران حوله
ال x-, y- و z-المحاور، كدالة للزمن. يتم وزن الذرات بشكل واضح.
تتوافق مكونات المحور مع مربع الجذر المتوسط للكتلة لنصف القطر
مكونات متعامدة مع كل محور، على سبيل المثال:
Rg(x) = sqrt((sum_i m_i (R_i(y)^2 + R_i(z)^2))/(sum_i m_i)).
مع -نمول خيار سيتم حساب نصف قطر الدوران لجزيئات متعددة بواسطة
تقسيم مجموعة التحليل إلى أجزاء متساوية الحجم.
مع الخيار -nz نصف قطر الدوران ثنائي الأبعاد في س ص مستوى الشرائح على طول z-المحور هي
محسوب.
OPTIONS
خيارات لتحديد ملفات الإدخال:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
مسار: نشوة مفاعل طهران البحثي لجنة مناهضة التعذيب غرو g96 فوسفات الحكومة الوطنية الانتقالية
-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
الهيكل + الكتلة (ديسيبل): نظام الحماية المؤقت غرو g96 فوسفات brk
-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختياري)
ملف الفهرس
خيارات لتحديد ملفات الإخراج:
-o [<.xvg>] (جيراتي.xvg)
xvgr / xmgr
-acf [<.xvg>] (moi-acf.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr
خيارات أخرى:
-b (0)
الإطار الأول (ps) للقراءة من المسار
-e (0)
الإطار الأخير (بس) للقراءة من المسار
-dt (0)
استخدم الإطار فقط عندما يكون t MOD dt = المرة الأولى (ps)
-[حاليا (لا)
عرض الإخراج .xvg, .xpm, .EPS و .pdb ملفات
-xvg
تنسيق قطعة xvg: xmgrace ، xmgr ، لا شيء
-نمول (1)
عدد الجزيئات المراد تحليلها
-[لا]س (لا)
استخدم القيمة المطلقة لشحنة الذرة كعامل ترجيح بدلاً من الكتلة
-[لا]ص (لا)
احسب نصف قطر الدوران حول المحاور الرئيسية.
-[لا] موي (لا)
حساب لحظات القصور الذاتي (التي تحددها المحاور الرئيسية).
-nz (0)
احسب نصف القطر ثنائي الأبعاد للدوران لهذا العدد من الشرائح على طول المحور z
-تقلب (-1)
طول ACF ، الافتراضي هو نصف عدد الإطارات
- [لا] تطبيع (نعم)
تطبيع ACF
-P (0)
ترتيب متعدد الحدود Legendre لـ ACF (0 يشير إلى لا شيء): 0 ، 1 ، 2 ، 3
- فيتفن (لا يوجد)
وظيفة مناسبة: لا شيء ، إكسب ، أكسب ، إكسب_كسب ، إكسب 5 ، إكسب 7 ، إكسب 9
-البدء (0)
حان الوقت لبدء التوافق الأسي لوظيفة الارتباط
-نظافه (-1)
الوقت الذي يتم فيه إنهاء التوافق الأسي لوظيفة الارتباط ، -1 حتى
النهاية
استخدم gmx-gyrate عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
