هذا هو الأمر gmx-h2order الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
gmx-h2order - حساب اتجاه جزيئات الماء
موجز
جي ام اكس h2order [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]] [-نانومتر [<.ndx>]]
[-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[حاليا] [-xvg ] [-d ]
[-سل ]
الوصف
GMX h2order يحسب اتجاه جزيئات الماء فيما يتعلق بالوضع الطبيعي
صندوق. يحدد البرنامج متوسط جيب التمام للزاوية بين عزم ثنائي القطب
الماء ومحور الصندوق. المربع مقسم إلى شرائح ومتوسط الاتجاه لكل
تتم طباعة شريحة. يتم تعيين كل جزيء ماء لشريحة، في إطار زمني، على أساس
موقف الأكسجين. متى -نانومتر يتم استخدام الزاوية بين ثنائي القطب الماء و
يتم حساب المحور من مركز الكتلة إلى الأكسجين بدلاً من الزاوية بين
ثنائي القطب ومحور الصندوق.
OPTIONS
خيارات لتحديد ملفات الإدخال:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
مسار: نشوة مفاعل طهران البحثي لجنة مناهضة التعذيب غرو g96 فوسفات الحكومة الوطنية الانتقالية
-n [<.ndx>] (index.ndx)
ملف الفهرس
-نانومتر [<.ndx>] (index.ndx) (اختياري)
ملف الفهرس
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
xdr المحمولة تشغيل ملف الإدخال
خيارات لتحديد ملفات الإخراج:
-o [<.xvg>] (الطلب.xvg)
xvgr / xmgr
خيارات أخرى:
-b (0)
الإطار الأول (ps) للقراءة من المسار
-e (0)
الإطار الأخير (بس) للقراءة من المسار
-dt (0)
استخدم الإطار فقط عندما يكون t MOD dt = المرة الأولى (ps)
-[حاليا (لا)
عرض الإخراج .xvg, .xpm, .EPS و .pdb ملفات
-xvg
تنسيق قطعة xvg: xmgrace ، xmgr ، لا شيء
-d (Z)
خذ الوضع الطبيعي على الغشاء في الاتجاه X أو Y أو Z.
-سل (0)
حساب معلمة الطلب كدالة لطول الصندوق، وتقسيم المربع في هذا الرقم
من الشرائح.
معروف قضايا
· يقوم البرنامج بتخصيص جزيئات الماء الكاملة لشريحة، على أساس الذرة الأولى المكونة من ثلاث ذرات
في مجموعة ملف الفهرس. يفترض الأمر O ، H ، H. الاسم ليس مهما ، ولكن الترتيب
يكون. إذا لم يتم تلبية هذا الطلب، فإن تخصيص الجزيئات للشرائح سيكون مختلفًا.
استخدم gmx-h2order عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
