gmx-helix - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

gmx-helix - حساب الخصائص الأساسية لحلزونات ألفا

موجز

جي ام اكس هيليكس [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]]
[-تشيكوسلوفاكيا [<.gro / .g96 / ...>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[حاليا] [-R0 ] [-[لا]س] [-[لا]ف]
[-[لا] ديسيبل] [-[لا]إيف] [-ahxstart ] [-ahxend ]

الوصف

GMX حلزون يحسب جميع أنواع خصائص الحلزون. أولا، يتم فحص الببتيد للعثور عليه
أطول جزء حلزوني، كما تحدده الروابط الهيدروجينية وزوايا phi/psi. هذا الشيء هو
مزودة بحلزون مثالي حول z-محور وتتمحور حول الأصل. ثم
يتم حساب الخصائص التالية:

· نصف قطر الحلزون (ملف radius.xvg). وهذا مجرد انحراف RMS في بعدين
لجميع ذرات كالفا. يتم حسابه كـ sqrt((sum_i (x^2(i)+y^2(i)))/N) حيث N هو
عدد ذرات العمود الفقري. بالنسبة للحلزون المثالي، يكون نصف القطر 0.23 نانومتر.

· تويست (ملف تطور.xvg). يتم حساب متوسط ​​الزاوية الحلزونية لكل بقايا. ل
حلزون ألفا هو 100 درجة، لمدة 3-10 حلزونات سيكون أصغر، وبالنسبة لـ 5 حلزونات
سيكون أكبر.

· الارتفاع لكل بقايا (ملف rise.xvg). يتم رسم الارتفاع الحلزوني لكل بقايا على أنه
الفرق في z- التنسيق بين ذرات كالفا . للحصول على حلزون مثالي، هذا هو 0.15 نانومتر.

· إجمالي طول الحلزون (ملف لين-ahx.xvg). الطول الإجمالي للحلزون في نانومتر. هذا هو
ببساطة متوسط ​​الارتفاع (انظر أعلاه) مضروبًا في عدد المخلفات الحلزونية (انظر أدناه).

· الحلزون ثنائي القطب، العمود الفقري فقط (ملف dip-ahx.xvg).

· انحراف RMS عن الحلزون المثالي، محسوباً لذرات كالفا فقط (ملف
rms-ahx.xvg).

· متوسط ​​كالفا - زاوية ثنائي السطوح كالفا (ملف phi-ahx.xvg).

· متوسط ​​زوايا phi وpsi (ملف phipsi.xvg).

· الإهليلجية عند 222 نانومتر حسب هيرست وبروكس.

OPTIONS

خيارات لتحديد ملفات الإدخال:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
xdr المحمولة تشغيل ملف الإدخال

-n [<.ndx>] (index.ndx)
ملف الفهرس

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
مسار: نشوة مفاعل طهران البحثي لجنة مناهضة التعذيب غرو g96 فوسفات الحكومة الوطنية الانتقالية

خيارات لتحديد ملفات الإخراج:

-تشيكوسلوفاكيا [<.gro / .g96 / ...>] (zconf.gro)
ملف الهيكل: غرو g96 فوسفات brk ent esp

خيارات أخرى:

-b 0
الإطار الأول (ps) للقراءة من المسار

-e 0
الإطار الأخير (بس) للقراءة من المسار

-dt 0
استخدم الإطار فقط عندما يكون t MOD dt = المرة الأولى (ps)

-[حاليا (لا)
عرض الإخراج .xvg, .xpm, .EPS و .pdb ملفات

-R0 1
الرقم المتبقي الأول في التسلسل

-[لا]س (لا)
تحقق في كل خطوة من أي جزء من التسلسل حلزوني

-[لا]ف (نعم)
تبديل الملاءمة إلى الحلزون المثالي

-[لا] ديسيبل (لا)
معلومات الطباعة التصحيح

-[لا]إيف (لا)
كتابة ملف "مسار" جديد للضعف الجنسي

-ahxstart 0
أول بقايا في الحلزون

-ahxend 0
آخر بقايا في الحلزون

استخدم gmx-helix عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net