هذا هو الأمر gmx-nmtraj الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
gmx-nmtraj - إنشاء مسار متذبذب افتراضي من ناقل ذاتي
موجز
جي ام اكس نمتراج [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-v [<.trr / .cpt / ...>]]
[-o [<.xtc / .trr / ...>]] [-eignr ]
[-المراحل ] [-مؤقت ] [السعة ]
[-nframes ]
الوصف
GMX نمتراج ينشئ مسارًا افتراضيًا من ناقل ذاتي، يتوافق مع أ
التذبذب الديكارتي التوافقي حول البنية المتوسطة. يجب على المتجهات الذاتية
عادة ما تكون موزونة بالكتلة، ولكن يمكنك استخدام المتجهات الذاتية غير الموزونة لتوليدها
حركات متعامدة. تتم كتابة إطارات الإخراج كملف مسار يغطي كاملاً
الفترة، والإطار الأول هو الهيكل المتوسط. إذا كتبت المسار في (أو
تحويل إلى) تنسيق PDB يمكنك مشاهدته مباشرة في PyMol وأيضًا تقديم صورة واقعية
فيلم. يتم حساب سعة الحركة من القيم الذاتية ودرجة الحرارة المحددة مسبقًا،
بافتراض التقسيم المتساوي للطاقة على جميع الأوضاع. لجعل الحركة واضحة للعيان
PyMol قد ترغب في تضخيمه عن طريق ضبط درجة حرارة عالية بشكل غير واقعي.
ومع ذلك، عليك أن تدرك أن كلاً من الإزاحات الديكارتية الخطية والترجيح الجماعي سوف يحدثان ذلك
يؤدي إلى تشوه هيكلي خطير للسعات العالية - وهذا مجرد قيد
لنموذج الوضع العادي الديكارتي. افتراضيًا، يتم تعيين المتجه الذاتي المحدد على 7، منذ ذلك الحين
الأوضاع الستة الأولى هي درجات الحرية الانتقالية والدورانية.
OPTIONS
خيارات لتحديد ملفات الإدخال:
-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
الهيكل + الكتلة (ديسيبل): نظام الحماية المؤقت غرو g96 فوسفات brk
-v [<.trr / .cpt / ...>] (eigenvec.trr)
مسار الدقة الكاملة: مفاعل طهران البحثي لجنة مناهضة التعذيب الحكومة الوطنية الانتقالية
خيارات لتحديد ملفات الإخراج:
-o [<.xtc / .trr / ...>] (nmtraj.xtc)
مسار: نشوة مفاعل طهران البحثي غرو g96 فوسفات الحكومة الوطنية الانتقالية
خيارات أخرى:
-eignr 7
سلسلة من المتجهات الذاتية المراد استخدامها (الأول هو 1)
-المراحل 0.0
سلسلة المراحل (الافتراضي هو 0.0)
-مؤقت 300
درجة الحرارة (ك)
السعة 0.25
السعة للأنماط ذات القيمة الذاتية <= 0
-nframes 30
عدد الإطارات المراد إنشاؤها
استخدم gmx-nmtraj عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
