gmx-rms - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

gmx-rms - حساب RMSDs بهيكل مرجعي ومصفوفات RMSD

موجز

جي إم إكس آر إم إس [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]]
[-f2 [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]]
[-مير [<.xvg>]] [-a [<.xvg>]] [-طبيب [<.xvg>]] [-m [<.xpm>]]
[-سلة مهملات [<.dat>]] [-بي ام [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [انت ] [-[حاليا] [-xvg ]
[-ماذا او ما ] [- [لا] pbc] [-لائق بدنيا ] [-السابق ]
[-[لا يوجد إنفصال] [-يتخطى ] [-سكيب 2 ] [-الأعلى ]
[-دقائق ] [-ب ماكس ] [-بمين ] [- [لا] ميغاواط]
[-المستويات ] [-ng ]

الوصف

GMX RMS يقارن بنيتين عن طريق حساب الجذر التربيعي للانحراف التربيعي (RMSD) ، و
معامل تشابه rho المستقل عن الحجم (رو) أو rho المقاس (rhosc) ، انظر Maiorov &
كريبن ، بروتينات 22، 273 (1995). تم تحديد هذا بواسطة -ماذا او ما.

كل هيكل من مسار (-f) مع هيكل مرجعي. المرجع
الهيكل مأخوذ من ملف الهيكل (-s).

مع خيار -مير أيضا مقارنة مع صورة معكوسة للهيكل المرجعي
محسوب. هذا مفيد كمرجع للقيم "المهمة" ، راجع Maiorov &
كريبن ، بروتينات 22، 273 (1995).

خيار -السابق ينتج عن المقارنة مع إطار سابق العدد المحدد من الإطارات
مضت.

خيار -m ينتج مصفوفة بتنسيق .xpm تنسيق قيم المقارنة لكل هيكل في
المسار فيما يتعلق كل هيكل آخر. يمكن تصور هذا الملف باستخدام لـ
مثل xv ويمكن تحويلها إلى بوستسكريبت بامتداد GMX xpm2ps.

خيار -لائق بدنيا يتحكم في تركيب المربعات الصغرى للهياكل فوق بعضها البعض:
التوافق التام (التناوب والترجمة) أو الترجمة فقط أو عدم الملاءمة على الإطلاق.

خيار -مو يتحكم في ما إذا كان الوزن الشامل يتم أم لا. إذا قمت بتحديد الخيار
(افتراضي) وقم بتوفير ملف صالح .tpr سيتم أخذ كتل الملفات من هناك ، وإلا فإن ملف
الجماهير سيتم استنتاجها من atommass.dat ملف في GMXLIB. هذا جيد بالنسبة للبروتينات ،
ولكن ليس بالضرورة للجزيئات الأخرى. تم تخصيص كتلة افتراضية مقدارها 12.011 amu (كربون)
لذرات غير معروفة. يمكنك التحقق مما إذا كان هذا قد حدث عن طريق تشغيل -ديبوغ العلم و
فحص ملف السجل.

بدافع -f2، "الهياكل الأخرى" مأخوذة من مسار ثان ، وهذا يولد أ
مصفوفة المقارنة لمسار واحد مقابل الآخر.

خيار -سلة مهملات يقوم بتفريغ ثنائي لمصفوفة المقارنة.

خيار -بي ام ينتج مصفوفة متوسط ​​انحرافات زاوية الرابطة بشكل مشابه لـ -m
اختيار. يتم النظر فقط في الروابط بين الذرات في مجموعة المقارنة.

OPTIONS

خيارات لتحديد ملفات الإدخال:

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
الهيكل + الكتلة (ديسيبل): نظام الحماية المؤقت غرو g96 فوسفات brk

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
مسار: نشوة مفاعل طهران البحثي لجنة مناهضة التعذيب غرو g96 فوسفات الحكومة الوطنية الانتقالية

-f2 [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc) (اختياري)
مسار: نشوة مفاعل طهران البحثي لجنة مناهضة التعذيب غرو g96 فوسفات الحكومة الوطنية الانتقالية

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختياري)
ملف الفهرس

خيارات لتحديد ملفات الإخراج:

-o [<.xvg>] (rmsd.xvg)
xvgr / xmgr

-مير [<.xvg>] (rmsdmir.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-a [<.xvg>] (avgrp.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-طبيب [<.xvg>] (rmsd-dist.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-m [<.xpm>] (رمسد.xpm) (اختياري)
ملف مصفوفة متوافق مع X PixMap

-سلة مهملات [<.dat>] (rmsd.dat) (اختياري)
ملف بيانات عام

-بي ام [<.xpm>] (بوند.xpm) (اختياري)
ملف مصفوفة متوافق مع X PixMap

خيارات أخرى:

-b (0)
الإطار الأول (ps) للقراءة من المسار

-e (0)
الإطار الأخير (بس) للقراءة من المسار

-dt (0)
استخدم الإطار فقط عندما يكون t MOD dt = المرة الأولى (ps)

انت (ملاحظة)
وحدة قيم الوقت: fs ، ps ، ns ، us ، ms ، s

-[حاليا (لا)
عرض الإخراج .xvg, .xpm, .EPS و .pdb ملفات

-xvg
تنسيق قطعة xvg: xmgrace ، xmgr ، لا شيء

-ماذا او ما (رمسد)
مقياس الفرق الهيكلي: rmsd ، rho ، rhosc

- [لا] pbc (نعم)
فحص PBC

-لائق بدنيا (تعفن + العابرة)
تناسب البنية المرجعية: تعفن + ترجمة ، ترجمة ، لا شيء

-السابق (0)
قارن مع الإطار السابق

-[لا يوجد إنفصال (لا)
انقسام الرسم البياني حيث الوقت صفر

-يتخطى (1)
اكتب فقط كل إطار nr-th إلى المصفوفة

-سكيب 2 (1)
اكتب فقط كل إطار nr-th إلى المصفوفة

-الأعلى (-1)
المستوى الأقصى في مصفوفة المقارنة

-دقائق (-1)
المستوى الأدنى في مصفوفة المقارنة

-ب ماكس (-1)
المستوى الأقصى في مصفوفة زاوية الرابطة

-بمين (-1)
المستوى الأدنى في مصفوفة زاوية الرابطة

- [لا] ميغاواط (نعم)
استخدم الوزن الكتلي للتراكب

-المستويات (80)
عدد المستويات في المصفوفات

-ng (1)
عدد المجموعات المراد حساب RMS بينها

استخدم gmx-rms عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net