gmx-rmsf - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

gmx-rmsf - حساب التقلبات الذرية

موجز

جي إم إكس آر إم إس إف [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-q [<.pdb>]] [-مقوى [<.pdb>]] [-ثور [<.pdb>]] [-o [<.xvg>]]
[-od [<.xvg>]] [-أوك [<.xvg>]] [-دير [<.log>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[حاليا] [-xvg ] [- [لا] الدقة]
[- [لا] أنيسو] [-[لا يصلح]

الوصف

GMX rmsf يحسب الجذر التربيعي المتوسط ​​التربيعي (RMSF ، أي الانحراف المعياري) لـ
المواقع الذرية في المسار (مزودة بـ -f) بعد (اختياريا) المناسب ل
الإطار المرجعي (مرفق مع -s).

مع خيار -مقوى يتم تحويل قيم RMSF إلى قيم عامل B ، والتي تتم كتابتها إلى a
.pdb ملف مع إحداثيات ملف الهيكل أو ملف .pdb ملف عندما -q is
محدد. خيار -ثور يكتب العوامل ب إلى ملف بمتوسط ​​الإحداثيات.

مع الخيار -od جذر متوسط ​​التربيع الانحراف فيما يتعلق بالهيكل المرجعي
تم حسابه.

مع الخيار -انيسو, GMX rmsf سوف يحسب عوامل درجة الحرارة متباينة الخواص وبعد ذلك
سينتج أيضًا متوسط ​​الإحداثيات وأ .pdb ملف مع سجلات ANISOU (المرتبطة بـ
ال -مقوى or -ثور خيار). يرجى ملاحظة أن قيم U تعتمد على الاتجاه ، لذا من قبل
مقارنة بالبيانات التجريبية ، يجب عليك التحقق من ملاءمتها للتجربة
إحداثيات.

عندما يكون للـ .pdb يتم تمرير ملف الإدخال إلى البرنامج و -انيسو يتم تعيين العلم ارتباطًا
سيتم إنشاء مؤامرة Uij ، في حالة وجود أي عوامل متباينة الخواص في درجة الحرارة
.pdb ملف.

مع خيار -دير متوسط ​​مصفوفة MSF (3x3) مائلة. هذا يدل على الاتجاهات
حيث تتقلب الذرات أكثر وأقل.

OPTIONS

خيارات لتحديد ملفات الإدخال:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
مسار: نشوة مفاعل طهران البحثي لجنة مناهضة التعذيب غرو g96 فوسفات الحكومة الوطنية الانتقالية

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
الهيكل + الكتلة (ديسيبل): نظام الحماية المؤقت غرو g96 فوسفات brk

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختياري)
ملف الفهرس

-q [<.pdb>] (eiwit.pdb) (اختياري)
ملف بنك بيانات البروتين

خيارات لتحديد ملفات الإخراج:

-مقوى [<.pdb>] (bfac.pdb) (اختياري)
ملف بنك بيانات البروتين

-ثور [<.pdb>] (xaver.pdb) (اختياري)
ملف بنك بيانات البروتين

-o [<.xvg>] (rmsf.xvg)
xvgr / xmgr

-od [<.xvg>] (rmsdev.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-أوك [<.xvg>] (كوريل.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-دير [<.log>] (rmsf.log) (اختياري)
ملف تسجيل

خيارات أخرى:

-b (0)
الإطار الأول (ps) للقراءة من المسار

-e (0)
الإطار الأخير (بس) للقراءة من المسار

-dt (0)
استخدم الإطار فقط عندما يكون t MOD dt = المرة الأولى (ps)

-[حاليا (لا)
عرض الإخراج .xvg, .xpm, .EPS و .pdb ملفات

-xvg
تنسيق قطعة xvg: xmgrace ، xmgr ، لا شيء

- [لا] الدقة (لا)
احسب متوسطات كل بقايا

- [لا] أنيسو (لا)
حساب عوامل درجة الحرارة متباينة الخواص

-[لا يصلح (نعم)
قم بعمل تراكب المربعات الصغرى قبل حساب RMSF. بدون هذا يجب أن تفعل
تأكد من تطابق الهيكل المرجعي والمسار.

استخدم gmx-rmsf عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net