gmx-tune_pme - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

gmx-tune_pme - تشغيل mdrun كدالة لتصنيفات PME لتحسين الإعدادات

موجز

جي إم إكس تيون_بمي [-s [<.tpr>]] [-CPI [<.cpt>]] [-الطاولة [<.xvg>]]
[- قرص [<.xvg>]] [-جدول [<.xvg>]]
[-طاولة ب [<.xvg>]] [- أعد [<.xtc / .trr / ...>]]
[-اي [<.edi>]] [-p [<.out>]] [-ر [<.log>]]
[-وبالتالي [<.tpr>]] [-o [<.trr / .cpt / ...>]] [-x [<.xtc / .tng>]]
[-cpo [<.cpt>]] [-c [<.gro / .g96 / ...>]] [-e [<.edr>]]
[-g [<.log>]] [-دي اتش دي ال [<.xvg>]] [-حقل [<.xvg>]]
[-TPI [<.xvg>]] [-tpid [<.xvg>]] [-يو [<.xvg>]]
[-ورع [<.xvg>]] [-روناف [<.xvg>]] [-بكسل [<.xvg>]]
[-pf [<.xvg>]] [-ر [<.xvg>]] [-را [<.log>]]
[-رس [<.log>]] [-rt [<.log>]] [-mtx [<.mtx>]]
[-dn [<.ndx>]] [-مبادلة، مقايضة [<.xvg>]] [-بو [<.trr / .cpt / ...>]]
[-بكس [<.xtc>]] [-bcpo [<.cpt>]] [-قبل الميلاد [<.gro / .g96 / ...>]]
[-أن [<.edr>]] [-بج [<.log>]] [-بيو [<.xvg>]]
[-bdhdl [<.xvg>]] [-بفيلد [<.xvg>]] [-btpi [<.xvg>]]
[-btpid [<.xvg>]] [-bdevout [<.xvg>]] [-بروناف [<.xvg>]]
[-ببكس [<.xvg>]] [-bpf [<.xvg>]] [-أخ [<.xvg>]]
[-برا [<.log>]] [-برس [<.log>]] [-برت [<.log>]]
[-bmtx [<.mtx>]] [-bdn [<.ndx>]] [-bswap [<.xvg>]]
[-xvg ] [-mdrun ] [-مثل ]
[-npstring ] [-نتبي ] [-r ]
[-الأعلى ] [-دقائق ] [-npme ] [-إصلاح ]
[-رماكس ] [-رمين ] [-[لا] مقياس الحجم]
[-ntpr ] [-خطوات ] [-إعادة تعيين الخطوة ]
[-خطوات ] [-[لا] إطلاق] [-[لا] مقعد] [-[لا الاختيار]
[-gpu_id ] [- [لا] إلحاق] [- [لا] cpnum]
[-دفنم ]

الوصف

لعدد معين -مثل or -نتبي من الرتب، GMX tune_pme مرات بشكل منهجي GMX مدرون
بأعداد مختلفة من رتب PME فقط ويحدد الإعداد الأسرع. فإنه سوف
قم أيضًا باختبار ما إذا كان يمكن تحسين الأداء عن طريق تحويل الحمل من المقلوب إلى المقلوب
جزء الفضاء الحقيقي من مجموع إيوالد. ببساطة قم بتمرير الخاص بك .tpr ملف ل GMX tune_pme سويا
مع خيارات أخرى ل GMX مدرون كما هو مطلوب.

GMX tune_pme يحتاج للاتصال GMX مدرون ولذا يتطلب منك تحديد كيفية الاتصال بـ mdrun
مع الحجة إلى -mdrun معامل. اعتمادا على كيفية بناء GROMACS، والقيم
قد تكون هناك حاجة إلى مثل "gmx mdrun"، أو "gmx_d mdrun"، أو "mdrun_mpi".

يمكن ضبط البرنامج الذي يقوم بتشغيل برامج MPI في متغير البيئة MPIRUN (الإعدادات الافتراضية
إلى "مبيرون"). لاحظ أنه بالنسبة لبعض أطر عمل MPI، تحتاج إلى توفير جهاز أو
ملف المضيف. يمكن أيضًا تمرير هذا عبر متغير MPIRUN، على سبيل المثال

تصدير MPIRUN = "/usr/local/mpirun -آلة المضيفين" لاحظ أنه في مثل هذه الحالات هو عليه
من الضروري عادة تجميع و/أو تشغيل GMX tune_pme دون دعم MPI، حتى يتمكن من ذلك
اتصل ببرنامج MPIRUN.

قبل القيام بالتشغيل المعياري الفعلي، GMX tune_pme سوف تفعل فحص سريع سواء GMX
مدرون يعمل كما هو متوقع مع الإعدادات المتوازية المتوفرة إذا كان -التحقق من الخيار
تفعيلها (الافتراضي). يرجى الاتصال GMX tune_pme مع الخيارات العادية التي سوف تمر بها
إلى GMX مدرون و أضف -مثل لمعرفة عدد الرتب التي سيتم إجراء الاختبارات عليها، أو -نتبي لـ
عدد المواضيع. يمكنك أيضًا إضافة -r لتكرار كل اختبار عدة مرات للتحسن
الإحصاءات.

GMX tune_pme يمكن اختبار أعباء عمل المساحة الحقيقية/المساحة المتبادلة المختلفة لك. مع -ntpr
يمكنك التحكم في عدد الإضافات .tpr ستتم كتابة الملفات بقصاصات مكبرة وأصغر
شبكات فورييه على التوالي. عادة، سيكون الاختبار الأول (رقم 0) مع
الإعدادات من الإدخال .tpr ملف؛ الاختبار الأخير (الرقم ntpr) سوف يكون كولومب
القطع المحدد بواسطة -رماكس مع شبكة PME أصغر إلى حد ما في نفس الوقت. في هذا الأخير
اختبار، يتم ضرب تباعد فورييه رمكس/rcolomb. المتبقي .tpr سوف الملفات
لها أنصاف أقطار كولوم (وتباعدات فورييه) متساوية بين هذين الطرفين. ملاحظات أن
يمكنك ضبطها -ntpr إلى 1 إذا كنت تبحث فقط عن العدد الأمثل لرتب PME فقط؛ في هذه الحالة
مدخلاتك .tpr سيبقى الملف دون تغيير.

بالنسبة لعمليات التشغيل المعيارية، يجب أن يكون الإعداد الافتراضي البالغ 1000 خطوة زمنية كافيًا لمعظم أنظمة MD.
تحتاج موازنة التحميل الديناميكية إلى حوالي 100 خطوة زمنية للتكيف مع اختلالات التحميل المحلية،
ولذلك يتم إعادة ضبط عدادات الخطوات الزمنية بشكل افتراضي بعد 100 خطوة. للأنظمة الكبيرة
(> 1M ذرات)، بالإضافة إلى دقة أعلى للقياسات، يجب عليك ضبطها
-إعادة تعيين الخطوة إلى قيمة أعلى. من إدخالات موازنة التحميل "DD" في مخرجات md.log
يمكنك معرفة عدد الخطوات التي يكون فيها الحمل متوازنًا بشكل كافٍ. مثال على المكالمة:

GMX tune_pme -مثل 64 -s بروتين.tpr -يطلق

بعد الاتصال GMX مدرون عدة مرات، تتوفر معلومات الأداء التفصيلية في
ملف الإخراج com.perf.out. ملاحظات أنه خلال المعايير، واثنين من الملفات المؤقتة
مكتوبة (خيارات -ب*)، سيتم حذفها تلقائيًا بعد كل اختبار.

إذا كنت تريد أن تبدأ المحاكاة تلقائيًا باستخدام المعلمات المحسنة، فاستخدم
خيار سطر الأوامر -يطلق.

الدعم الأساسي لتمكين GPU مدرون موجود. قم بإعطاء سلسلة تحتوي على معرفات وحدات معالجة الرسومات
التي ترغب في استخدامها في التحسين في -gpu_id وسيطة سطر الأوامر. على عكس
مدرون -gpu_id، وهذا لا يعني تعيينًا ولكن مجرد المجموعة المؤهلة. g_tune_pme سوف
إنشاء استدعاءات لـ mdrun التي تستخدم هذه المجموعة بشكل مناسب، على افتراض أن PP يحتل مرتبة منخفضة
يجب أن يتم تعيين المؤشرات إلى وحدات معالجة الرسومات ذات المؤشرات المنخفضة، وزيادة كليهما بشكل رتيب عبر
مجموعات منها.

OPTIONS

خيارات لتحديد ملفات الإدخال:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
xdr المحمولة تشغيل ملف الإدخال

-CPI [<.cpt>] (state.cpt) (اختياري)
ملف Checkpoint

-الطاولة [<.xvg>] (جدول. xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

- قرص [<.xvg>] (tabletf.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-جدول [<.xvg>] (tablep.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-طاولة ب [<.xvg>] (جدول. xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

- أعد [<.xtc / .trr / ...>] (إعادة تشغيل xtc) (اختياري)
مسار: نشوة مفاعل طهران البحثي لجنة مناهضة التعذيب غرو g96 فوسفات الحكومة الوطنية الانتقالية

-اي [<.edi>] (sam.edi) (اختياري)
إدخال أخذ العينات ED

خيارات لتحديد ملفات الإخراج:

-p [<.out>] (الأداء الخارجي)
ملف الإخراج العام

-ر [<.log>] (bencherr.log)
ملف تسجيل

-وبالتالي [<.tpr>] (ضبط.tpr)
xdr المحمولة تشغيل ملف الإدخال

-o [<.trr / .cpt / ...>] (تراج.trr)
مسار الدقة الكاملة: مفاعل طهران البحثي لجنة مناهضة التعذيب الحكومة الوطنية الانتقالية

-x [<.xtc / .tng>] (traj_comp.xtc) (اختياري)
مسار مضغوط (تنسيق tng أو تنسيق xdr محمول)

-cpo [<.cpt>] (state.cpt) (اختياري)
ملف Checkpoint

-c [<.gro / .g96 / ...>] (confout.gro)
ملف الهيكل: غرو g96 فوسفات brk ent esp

-e [<.edr>] (ener.edr)
ملف الطاقة

-g [<.log>] (md.log)
ملف تسجيل

-دي اتش دي ال [<.xvg>] (dhdl.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-حقل [<.xvg>] (الحقل. xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-TPI [<.xvg>] (tpi.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-tpid [<.xvg>] (tpidist.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-يو [<.xvg>] (edsam.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-ورع [<.xvg>] (deviatie.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-روناف [<.xvg>] (runaver.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-بكسل [<.xvg>] (pullx.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-pf [<.xvg>] (pullf.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-ر [<.xvg>] (التناوب.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-را [<.log>] (روتانجلز.لوج) (اختياري)
ملف تسجيل

-رس [<.log>] (روتسلابس.لوج) (اختياري)
ملف تسجيل

-rt [<.log>] (rottorque.log) (اختياري)
ملف تسجيل

-mtx [<.mtx>] (نانومتر. mtx) (اختياري)
مصفوفة هسه

-dn [<.ndx>] (ثنائي القطب .ndx) (اختياري)
ملف الفهرس

-مبادلة، مقايضة [<.xvg>] (swapions.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-بو [<.trr / .cpt / ...>] (مقعد.trr)
مسار الدقة الكاملة: مفاعل طهران البحثي لجنة مناهضة التعذيب الحكومة الوطنية الانتقالية

-بكس [<.xtc>] (مقاعد البدلاء.xtc)
مسار مضغوط (تنسيق xdr المحمول): xtc

-bcpo [<.cpt>] (مقعد.cpt)
ملف Checkpoint

-قبل الميلاد [<.gro / .g96 / ...>] (bench.gro)
ملف الهيكل: غرو g96 فوسفات brk ent esp

-أن [<.edr>] (مقعد.edr)
ملف الطاقة

-بج [<.log>] (مقعد.سجل)
ملف تسجيل

-بيو [<.xvg>] (benchdo.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-bdhdl [<.xvg>] (benchdhdl.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-بفيلد [<.xvg>] (benchfld.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-btpi [<.xvg>] (benchtpi.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-btpid [<.xvg>] (benchtpid.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-bdevout [<.xvg>] (benchdev.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-بروناف [<.xvg>] (benchrnav.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-ببكس [<.xvg>] (مقعدpx.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-bpf [<.xvg>] (benchpf.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-أخ [<.xvg>] (benchrot.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-برا [<.log>] (benchrota.log) (اختياري)
ملف تسجيل

-برس [<.log>] (benchrots.log) (اختياري)
ملف تسجيل

-برت [<.log>] (benchrott.log) (اختياري)
ملف تسجيل

-bmtx [<.mtx>] (مقاعد البدلاء.mtx) (اختياري)
مصفوفة هسه

-bdn [<.ndx>] (مقاعد البدلاء.ndx) (اختياري)
ملف الفهرس

-bswap [<.xvg>] (benchswp.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

خيارات أخرى:

-xvg
تنسيق قطعة xvg: xmgrace ، xmgr ، لا شيء

-mdrun
سطر الأوامر لتشغيل المحاكاة، على سبيل المثال "gmx mdrun" أو "mdrun_mpi"

-مثل (1)
عدد الرتب التي سيتم إجراء الاختبارات عليها (يجب أن يكون > 2 لرتب PME المنفصلة)

-npstring (NP)
اسم $MPIRUN خيار يحدد عدد الرتب المطلوب استخدامها ('np' أو 'n'؛
استخدم "لا شيء" إذا لم يكن هناك خيار من هذا القبيل): np، n، none

-نتبي (1)
عدد مؤشرات ترابط MPI التي سيتم تشغيل الاختبارات عليها (إيقاف تشغيل MPI وmpirun)

-r (2)
كرر كل اختبار هذا في كثير من الأحيان

-الأعلى (0.5)
الحد الأقصى لجزء من صفوف PME للاختبار به

-دقائق (0.25)
الحد الأدنى لجزء من صفوف PME للاختبار به

-npme (تلقاءي)
ضمن -min و-max، قم بقياس جميع القيم الممكنة لـ -npme، أو مجرد معقول
مجموعة فرعية. يهمل Auto -min و-max ويختار قيمًا معقولة حول التخمين
بالنسبة إلى npme المشتق من .tpr: auto، all، subset

-إصلاح (-2)
إذا كان >= -1، فلا تغير عدد مراتب PME فقط، وبدلاً من ذلك استخدم هذه القيمة الثابتة
وتختلف فقط rcoolomb وتباعد الشبكة PME.

-رماكس (0)
إذا كان أكبر من 0، فإن الحد الأقصى لـ rcoolomb لـ -ntpr>1 (ينتج عن ترقية rcoolomb شبكة فورييه
تصغير الحجم)

-رمين (0)
إذا كان >0، فإن الحد الأدنى من rcoolomb لـ -ntpr>1

-[لا] مقياس الحجم (نعم)
مقياس rvdw مع rcoolomb

-ntpr (0)
عدد من .tpr ملفات لقياس الأداء. قم بإنشاء العديد من الملفات باستخدام rcoolomb
عوامل القياس تعتمد على -rmin و-rmax. إذا كانت القيمة < 1، فاختر تلقائيًا
عدد من .tpr الملفات للاختبار

-خطوات (1000)
خذ توقيتًا لهذه الخطوات العديدة في الاختبارات المعيارية

-إعادة تعيين الخطوة (100)
اسمح لـ dlb بموازنة هذه الخطوات العديدة قبل اتخاذ التوقيت (إعادة ضبط عدادات الدورة
بعد هذه الخطوات العديدة)

-خطوات (-1)
إذا كانت النتيجة غير سلبية، فقم بتنفيذ هذه الخطوات العديدة في التشغيل الحقيقي (يستبدل nsteps from
.tpr، أضف .cpt خطوات)

-[لا] إطلاق (لا)
إطلاق المحاكاة الحقيقية بعد التحسين

-[لا] مقعد (نعم)
قم بتشغيل المعايير أو قم فقط بإنشاء الإدخال .tpr الملفات؟

-[لا الاختيار (نعم)
قبل تشغيل المعيار، تحقق مما إذا كان mdrun يعمل بالتوازي

-gpu_id
قائمة معرفات جهاز GPU المؤهلة للاستخدام (على عكس mdrun، لا تتضمن أي معرفات
رسم الخرائط)

- [لا] إلحاق (نعم)
إلحاق بملفات الإخراج السابقة عند المتابعة من نقطة التحقق بدلاً من الإضافة
رقم جزء المحاكاة لجميع أسماء الملفات (للإطلاق فقط)

- [لا] cpnum (لا)
الاحتفاظ بملفات نقاط التفتيش وترقيمها (التشغيل فقط)

-دفنم
تعيين أسماء الملفات الافتراضية (التشغيل فقط)

استخدم gmx-tune_pme عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net