هذا هو الأمر go-filter-subsetp الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
go-filter-subset.pl - يستخرج رسمًا فرعيًا من ملف علم الوجود
موجز
go-filter-subset.pl -id GO:0003767 go.obo
go-filter-subset.pl -id GO:0003767 -to png go.obo | الخامس عشر -
go-filter-subset.pl -filter_code 'sub{shift->name =~ /transcr/}' go.obo
الوصف
يصدر مجموعة فرعية من الأنطولوجيا من ملف. يمكن أن تعتمد المجموعة الفرعية على مجموعة محددة من
المعرفات، أو مرشح "مجموعة فرعية" محدد مسبقًا في ملف الوجود (على سبيل المثال GO "slim" أو مجموعة فرعية)، أو مستخدم-
مرشح محدد.
يمكن تصدير المجموعة الفرعية بأي تنسيق، بما في ذلك الصورة الرسومية
الحجج
-فعلتُ
معرف لاستخدامه كعقدة طرفية في الرسم البياني الفرعي. يتم تضمين كافة أسلاف هذا المعرف في
الرسم البياني المُصدَّر (ما لم يتم تعيين -جزئي)
يمكن تمرير معرفات متعددة
-معرف ID1 -معرف ID2 -معرف ID3 .... الخ
-مجموعة فرعية SUBSET_ID
يستخرج مجموعة فرعية مسماة من ملف الأنطولوجيا. (يعمل فقط مع ملفات بتنسيق obo).
على سبيل المثال، GO Slim محدد
يتم تصدير المصطلحات التي تنتمي إلى المجموعة الفرعية فقط - ويتم تشغيل الخيار -partial تلقائيًا
طقم
-مساحة الاسم NAMESPACE
المصطلحات فقط في مساحة الاسم هذه
-filter_code الروتين الفرعي
متقدم خيار
روتين فرعي يتم من خلاله اختبار كائن GO::Model::Term لتضمينه في ملف
رسم بياني فرعي (يتم تضمين جميع الأسلاف تلقائيًا)
يجب أن يكون لديك فهم لنموذج كائن go-Perl قبل استخدام هذا الخيار
على سبيل المثال:
go-filter-subset -filter_code 'sub {shift->namespace eq 'molecular_function'}' go.obo
(يمكن تحقيق نفس الأشياء باستخدام خيار -namespace)
-جزئي
إذا تم تعيين هذا، فسيتم تضمين المصطلحات التي تطابق استعلام المستخدم فقط. النسب هو
اضبط على العقدة الأصلية العودية التالية في الفلتر
على سبيل المثال، مع خيار -subset: إذا كان X وY ينتميان إلى المجموعة الفرعية، بينما Z لا ينتميان إليها،
وX is_a Z is_a Y، ثم الرسم البياني الذي تم تصديره يحتوي على X is_a Y
-ادفع نقدا
إذا تم تحديد رمز التبديل هذا ، فسيتم تشغيل وضع التخزين المؤقت.
باستخدام وضع التخزين المؤقت ، في المرة الأولى التي تقوم فيها بتحليل ملف ، سيكون الملف الإضافي
يتم تصديرها بتنسيق خاص سريع التحليل. سيكون لهذا الملف نفس الشيء
filename كملف أصلي، باستثناء أنه سيحتوي على اللاحقة ".cache".
في المرة التالية التي تقوم فيها بتحليل الملف، سيقوم هذا البرنامج تلقائيًا بالتحقق من وجود الملف
وجود ملف ".cache". إذا كان موجودا، وهو أحدث من الملف الذي قمت بإنشائه
المحدد، يتم تحليل هذا بدلاً من ذلك. إذا لم يكن موجودا، يتم إعادة بنائه.
وثائق
<http://www.godatabase.org/dev>
استخدم go-filter-subsetp عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
