go2obop - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

go2fmt ، go2obo_xml ، go2owl ، go2rdf_xml ، go2obo_text - أداة التحويل وأغلفةها

موجز

go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontology / *. ontology
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml الأنطولوجيا / gene_ontology.obo

الوصف

يوزع أي ملف أنطولوجيا نمط GO / OBO ويكتب بتنسيق مختلف

الحجج
-e خطأ

يكتب أخطاء التحليل في XML - الإعدادات الافتراضية لـ STDERR (يجب ألا يكون هناك أخطاء في التحليل بشكل جيد
الملفات المشكلة)

-p FORMAT

يحدد المحلل اللغوي الذي يجب استخدامه ؛ إذا تركت دون تحديد ، فستقوم بالتخمين بناءً على الملف
لاحقة. انظر أدناه للحصول على الأشكال

-w | كاتب FORMAT

تنسيق الإخراج - انظر أدناه للحصول على القائمة

- | xslt XSLT

اسم أو اسم ملف تحويل XSLT

يمكن أن يكون هذا إما مسارًا مطلقًا لملف في أي مكان على نظام الملفات ، أو يمكنه ذلك فقط
يكون اسم xslt ؛ على سبيل المثال

go2fmt.pl -xslt oboxml_to_owl go.obo

إذا تم تحديد الاسم ، فسيتم أولاً البحث عن $ GO_ROOT / xml / xsl / *. xsl ؛ لو
لم يتم تعيين GO_ROOT ، ثم سيتم البحث في وحدات perl النمطية dir حيث تم تثبيت GO (ملف
سيتم تثبيت xslts هنا تلقائيًا إذا اتبعت عملية التثبيت العادية)

-ادفع نقدا
إذا تم تحديد رمز التبديل هذا ، فسيتم تشغيل وضع التخزين المؤقت.

باستخدام وضع التخزين المؤقت ، في المرة الأولى التي تقوم فيها بتحليل ملف ، سيكون الملف الإضافي
يتم تصديرها بتنسيق خاص سريع التحليل. سيكون لهذا الملف نفس اسم الملف
كملف أصلي ، إلا أنه سيكون له لاحقة ". ذاكرة التخزين المؤقت".

في المرة التالية التي تقوم فيها بتحليل الملف ، سيقوم هذا البرنامج تلقائيًا بالتحقق من وجوده
من ملف "ذاكرة التخزين المؤقت". إذا كان موجودًا ، وكان أحدث من الملف الذي حددته ، فهذا
بدلا من ذلك. إذا لم يكن موجودًا ، فسيتم إعادة بنائه.

سيؤدي ذلك إلى تحسين سرعة b من تنسيقات الإخراج أدناه (مثل
قائمة المسار). تعمل معظم تنسيقات الإخراج مع التحليل المستند إلى الحدث ، لذا فإن التخزين المؤقت للكائن يجلب
لا فائدة وسيكون في الواقع أبطأ من تجاوز ذاكرة التخزين المؤقت

صيغ
التنسيقات القابلة للكتابة هي

go_ont
الملفات ذات اللاحقة ".ontology"

هذه تخزن DAGs الوجودية

go_def
الملفات ذات اللاحقة ".defs"

go_xref
مراجع قاعدة البيانات الخارجية لشروط GO

الملفات ذات اللاحقة "2go" (على سبيل المثال ، ec2go ، metacyc2go)

go_assoc
شروح الجينات أو المنتجات الجينية باستخدام GO

الملفات ذات البادئة "gene-Association".

obo_text
الملفات ذات اللاحقة ".obo"

هذا هو تنسيق ملف جديد لاستبدال تنسيقات GO المسطحة الحالية. هو - هي
يتعامل مع الأنطولوجيا والتعريفات و xrefs (ولكن ليس الجمعيات)

obo_xml
الملفات ذات اللاحقة ".obo.xml" أو ".obo-xml"

هذا هو إصدار XML من تنسيق ملف OBO الثابت أعلاه

لغة حاسوب
حقائق برولوج - ستحتاج إلى مترجم برولوج / مترجم فوري لاستخدامها. تستطيع
سبب هذه الحقائق باستخدام Obol أو مشروع Bio-LP القادم

tbl تمثيل جدولي بسيط (ضياع)

ملخص
يمكن استخدامها في كل من ملفات الأنطولوجيا وملفات الارتباط

قائمة المسار
يظهر كل المسارات إلى الجذر

تنسيق owl OWL (الافتراضي: OWL-DL)

OWL هو تنسيق قياسي W3C للأنطولوجيا

ستحتاج إلى ملفات XSL من توزيعة go-dev الكاملة لتشغيل هذا ؛ انظر XML
قسم فيhttp://www.godatabase.org/dev>

obj_yaml
تمثيل YAML لكائن GO :: Model :: Graph

obj_storable
تفريغ كائن perl GO :: Model :: Graph. تحتاج إلى Storable من CPAN لهذا الغرض
الشغل. يهدف هذا إلى تخزين الكائنات مؤقتًا على نظام الملفات ، للوصول السريع. ال
قد لا يكون تمثيل obj_storable محمولاً

text_html
تنسيق إخراج OBO بتنسيق html-ified

الله
XML الذي يعين مباشرةً مخطط GODB العلائقي (يمكن تحميله بعد ذلك باستخدام
الأيل-storenode.pl)

chadodb_prestore
XML الذي يعين مباشرة مخطط Chado العلائقي (يمكن بعد ذلك تحميله باستخدام
الأيل-storenode.pl)

وثائق
<http://www.godatabase.org/dev>

استخدم go2obop عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net