gt-seed_extend - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

gt-seed_extend - حساب المحاذاة المحلية باستخدام خوارزمية البذور والتوسيع.

موجز

gt البذور [الخيار...] encseq_basename [encseq_basename]

الوصف

-ثاني [سلسلة]
فهرس الإدخال للتسلسلات المشفرة encseq

-كيي [سلسلة]
فهرس إدخال الاستعلام (encseq)

الطول [قيمنا]
الحد الأدنى لطول البذرة الافتراضية: لوغاريتم طول الإدخال لحجم الأبجدية الأساسي

- عرض النطاق الترددي [قيمنا]
لوغاريتم عرض النطاق القطري (للمرشح) (الافتراضي: 6)

-تغطية دقيقة [قيمنا]
الحد الأدنى من التغطية في نطاقين قطريين متجاورين (للمرشح) الافتراضي: 2.5 ×
طول البذور

-ماكسفريك [قيمنا]
الحد الأقصى لتردد k-mer (للمرشح) (الافتراضي: غير محدد)

-ميمليميت [سلسلة]
الحد الأقصى لاستخدام الذاكرة لتحديد الحد الأقصى لتردد k-mer (للتصفية)
(افتراضي: غير محدد)

-امتداد [قيمنا]
قم بتوسيع البذرة إلى كلا الجانبين باستخدام خوارزمية xdrop، تحدد المعلمة /nOptional
الحساسية (الافتراضي: 97)

-xdropbelow [قيمنا]
تحديد درجة قطع xdrop (0 تعني التحديد تلقائيًا اعتمادًا على الهوية الصغيرة)

-امتداد الجشع [قيمنا]
تمديد البذور إلى كلا الجانبين باستخدام خوارزمية الجشع، تحدد المعلمة الاختيارية
الحساسية (الافتراضي: 97)

-l [قيمنا]
الحد الأدنى لطول المحاذاة (لامتداد البذور) (الافتراضي: غير محدد)

-الحد [قيمنا]
الحد الأدنى لهوية التطابقات (لامتداد البذور) (الافتراضي: 80)

-a [قيمنا]
إظهار المحاذاة/التسلسلات (الوسيطة الاختيارية هي عدد الأعمدة في كل سطر) (الافتراضي:
70)

-لا-عكس [نعم | لا]
لا تحسب التطابقات على السلسلة المكملة العكسية (الافتراضي: لا)

-لا للأمام [نعم | لا]
لا تحسب التطابقات على الشريط الأمامي (الافتراضي: لا)

-v [نعم | لا]
تكون مطولة (الافتراضي: لا)

-مساعدة
عرض المساعدة والخروج

-الإصدار
عرض معلومات الإصدار والخروج

التبليغ بق

إبلاغ عن الأخطاء إلى[البريد الإلكتروني محمي]>.

استخدم gt-seed_extend عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net