جواما - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

GWAMA - التحليل التلوي لرابطة الجينوم على نطاق واسع

موجز

جواما [الخيارات]

الوصف

يقوم برنامج GWAMA (التحليل التلوي لرابطة الجينوم) بإجراء التحليل التلوي لل
نتائج دراسات GWA للأنماط الظاهرية الثنائية أو الكمية. تأثير ثابت وعشوائي
يتم إجراء التحليلات التلوية لكل من تعدد الأشكال (SNP) الموروثة بشكل مباشر والمحتسب باستخدام التقديرات
نسبة الأرجحية الأليلية وفاصل الثقة 95% للصفات الثنائية وتقديرات
حجم التأثير الأليلي والخطأ المعياري للأنماط الكمية. يمكن استخدام جواما
لتحليل نتائج جميع النماذج الوراثية المختلفة (التكاثرية، المضافة،
السائدة، المتنحية). يشتمل البرنامج على مرافق تعويض الأخطاء لتحديدها
أخطاء في محاذاة الخيوط وتقلب الأليلات، وإجراء اختبارات عدم تجانسها
التأثيرات بين الدراسات

OPTIONS

-i, - قائمة الملفات=اسم الملف
تحديد ملفات نتائج الدراسات. الافتراضي = gwama.in

-o, --انتاج=fileroot
حدد جذر الملف لإخراج التحليل. الافتراضي = جواما (gwama.out، gwama.gc.out)

-r, --عشوائي
استخدم تصحيح التأثير العشوائي. الافتراضي = معطل

-Gc, --genomic_control
استخدام التحكم الجيني لضبط ملفات نتائج الدراسات. الافتراضي = معطل

-gco, --genomic_control_output
استخدم التحكم الجيني في ملخص التحليل التلوي (أي نتائج التحليل التلوي هي
تم تصحيحه لـ gc). الافتراضي = معطل

-Qt, --كمي
حدد إصدار السمة الكمية (أعمدة BETA وSE). الافتراضي = سمة ثنائية

-m, --خريطة=اسم الملف
حدد اسم الملف لخريطة العلامة.

-t, --عتبة=0-1
عتبة القيمة p لإظهار الاتجاه في اتجاهات التأثير الموجز. الافتراضي =
1

--no_alleles
لم يتم إعطاء أي معلومات أليل. نتوقع دائما نفس EA.

--indel_alleles
قد تحتوي علامات الأليل على أكثر من حرف واحد. لا الشيكات حبلا.

--الجنس قم بإجراء تحليل التمايز بين الجنسين وعدم التجانس بين الجنسين (الطريقة الموضحة في
ورقة ماجي، ليندغرين وموريس 2010). يجب توفير معلومات الجنس في ملف قائمة الملفات.
(العمود الثاني بعد أسماء الملفات هو إما M أو F).

--name_marker
رأس بديل لاسم العلامة col.

--name_strand
رأس بديل لعمود حبلا.

--name_n
رأس بديل لعمود حجم العينة.

--name_ea
رأس بديل لتأثير عمود الأليل.

--name_nea
رأس بديل لعمود أليل غير مؤثر.

--name_eaf
رأس بديل لتأثير عمود تردد الأليل.

--name_beta
رأس بديل لعمود بيتا.

--name_se
رأس بديل للأمراض المنقولة جنسيا. يخطئ. العقيد.

--name_or
رأس بديل لعمود OR.

--name_or_95l
رأس بديل لعمود OR 95L.

--name_or_95u
رأس بديل لعمود OR 95U.

-h, --مساعدة
اطبع هذه التعليمات.

-v, --الإصدار
طباعة رقم إصدار GWAMA. يجب أن تكون صفحة الدليل هذه غير كافية. الرجاء استخدام
خيار المساعدة للتذكير السريع بخيارات gwama أو الانتقال إلى صفحته الرئيسية
مع الوثائق عبر الإنترنت أو الدليل القابل للتنزيل.

استخدم GWAMA عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net