هذا هو الأمر hhconsensus الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
hhconsensus - حساب التسلسل المتفق عليه لملف إدخال A3M/FASTA
موجز
com.hhconsensus -i [الخيارات]
الوصف
الإصدار 2.0.16 (يناير 2013) من HHconsensus احسب التسلسل المتفق عليه لـ
ملف الإدخال A3M/FASTA. (ج) يوهانس سويدينج، مايكل ريمرت، أندرياس بيجرت، أندرياس
Hauser Remmert M، وBiegert A، وHauser A، وSoding J. HHblits: تكرارية بسرعة البرق
البحث عن تسلسل البروتين عن طريق محاذاة HMM-HMM. نات. الطرق 9: 173-175 (2011).
-i
محاذاة الاستعلام (A2M أو A3M أو FASTA) ، أو استعلام HMM
الناتج الخيارات:
-s
إلحاق تسلسل الإجماع في FASTA (الافتراضي = )
-o
محاذاة الكتابة مع تسلسل الإجماع في A3M
-وا 3 م
نفسه
-وا 2 م
محاذاة الكتابة مع تسلسل الإجماع في A2M
-أوفاس
كتابة المحاذاة مع تسلسل الإجماع في FASTA
-v
الوضع المطول: 0: بدون خرج شاشة 1: تحذيرات فقط 2: مطول
الفرز إدخال انحياز (خيارات يمكن be مجموع):
-هوية شخصية [0,100،100] الحد الأقصى لمعرف التسلسل الزوجي (٪) (معرف = XNUMX)
-الفرق [0، inf [قم بترشيح مجموعة التسلسلات الأكثر تنوعًا ، مع الاحتفاظ بهذا على الأقل
العديد من التسلسلات في كل كتلة من 50 عمودًا (معرف = 0)
-كوف [0,100،0] الحد الأدنى من التغطية مع الاستعلام (٪) (def = XNUMX)
-قم [0,100،0] الحد الأدنى من هوية التسلسل مع الاستعلام (٪) (def = XNUMX)
-QSC [0,100،20.0] الحد الأدنى من الدرجات لكل عمود مع الاستعلام (معرف = -XNUMX)
إدخال انحياز شكل:
-M a2m استخدم A2M / A3M (افتراضي): الأحرف الكبيرة = مطابقة ؛ أحرف صغيرة = إدراج ؛ '-' = حذف ؛ "." =
الفجوات المحاذاة للإدخالات (يمكن حذفها)
-M أول
استخدم FASTA: الأعمدة التي بها بقايا في التسلسل الأول هي حالات مطابقة
-M [0,100]
استخدم FASTA: الأعمدة التي بها فجوات أقل من X٪ هي حالات مطابقة
أخرى الخيارات:
-إضافة إضافة معلومات البنية الثانوية المتوقعة من PSIPRED
على سبيل المثال: إجماع hh -i ستدين -s المعياري
استخدم hhconsensus عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
