هذا هو الأمر hmm2emit الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
hmm2emit - إنشاء تسلسلات من ملف تعريف HMM
موجز
هممميت [خيارات] هممملف
الوصف
هممميت يقرأ ملف HMM من هممملف تحتوي على واحد أو أكثر من HMMs، وتولد ملفًا
عدد التسلسلات من كل HMM؛ أو إذا كان -c تم تحديد الخيار، وإنشاء واحد
إجماع حكم الأغلبية. يمكن أن يكون هذا مفيدًا للعديد من التطبيقات التي يحتاج فيها المرء إلى
محاكاة تسلسلات متوافقة مع إجماع عائلة التسلسل.
افتراضيا، هممميت ينشئ 10 تسلسلات ويخرجها بتنسيق FASTA (غير محاذي).
OPTIONS
-a اكتب التسلسلات التي تم إنشاؤها بتنسيق محاذي (SELEX) بدلاً من FASTA.
-c توقع تسلسل إجماعي واحد لقاعدة الأغلبية بدلاً من تسلسل أخذ العينات
من التوزيع الاحتمالي لـ HMM. بقايا محفوظة للغاية (ع> = 0.9 ل
الحمض النووي، ف > = 0.5 للبروتين) تظهر في الأحرف الكبيرة؛ يتم عرض الآخرين في حالة صغيرة.
قد تصبح بعض حالات الإدراج جزءًا من إجماع قاعدة الأغلبية، لأنها كذلك
تستخدم في >= 50% من التسلسلات التي تم إنشاؤها؛ عندما يحدث هذا، إدراج المخلفات المولدة
تظهر ببساطة كـ "x".
-h طباعة تعليمات موجزة ؛ يتضمن رقم الإصدار وملخصًا لجميع الخيارات ، بما في ذلك
خيارات الخبراء.
-n توليد تسلسلات. الافتراضي هو 10.
-o احفظ التسلسلات التركيبية في ملف بدلاً من كتابتها إلى stdout.
-q هادئ؛ قمع جميع المخرجات باستثناء التسلسلات نفسها. مفيد للأنابيب
أو توجيه الإخراج
EXPERT OPTIONS
--بذرة
اضبط البذور العشوائية على و أين هو عدد صحيح موجب. الافتراضي هو استخدام
زمن() لتوليد بذرة مختلفة لكل شوط ، مما يعني أن اثنين مختلفين
يدير هممميت على نفس HMM سوف يعطي نتائج مختلفة قليلا. يمكنك استخدام
هذا الخيار لتوليد نتائج قابلة للتكرار.
استخدم hmm2emit عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
