هذا هو الأمر hmmemit الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
hmmemit - تسلسل عينة من ملف تعريف HMM
موجز
همميت [خيارات] هممملف
الوصف
• همميت عينات البرنامج (تصدر) التسلسلات من الملف الشخصي HMM (s) في هممملفو
يكتب لهم الإخراج. قد تكون تسلسلات أخذ العينات مفيدة لمجموعة متنوعة من الأغراض ،
بما في ذلك إنشاء ايجابيات حقيقية تركيبية للمعايير أو الاختبارات.
الافتراضي هو أخذ عينة من تسلسل واحد غير محاذي من نموذج الاحتمال الأساسي ، والذي
يعني أن كل تسلسل يتكون من مجال كامل الطول. بدلا من ذلك ، مع -c
الخيار ، يمكنك إصدار تسلسل إجماع بسيط على قاعدة الأغلبية ؛ أو مع -a الخيار ، أنت
يمكن أن تنبعث محاذاة (في هذه الحالة ، ربما تريد أيضًا ضبط -N لشيء آخر
من تسلسلها الافتراضي الذي يبلغ تسلسلاً واحدًا لكل نموذج).
كخيار آخر ، مع -p الخيار يمكنك أخذ عينة من تسلسل مهيأ بالكامل
ملف البحث HMMER. وهذا يعني أخذ عينات من "تسلسل متماثل" حسب تعريف HMMER ،
بما في ذلك التسلسلات المرافقة غير المتجانسة ، والمحاذاة المحلية ، والمجالات المتعددة لكل
التسلسل ، اعتمادًا على نموذج الطول ووضع المحاذاة المختار للملف الشخصي.
• هممملف قد تحتوي على مكتبة HMMs ، وفي هذه الحالة سيتم استخدام كل HMM بدوره.
قد يكون "-" (شرطة) ، مما يعني قراءة هذا الإدخال من ستدين بدلا من ملف.
COMMON OPTIONS
-h يساعد؛ اطبع تذكيرًا موجزًا باستخدام سطر الأوامر وجميع الخيارات المتاحة.
-o توجيه تسلسل الإخراج إلى ملف بدلا من المعياري.
-N عينة التسلسل لكل نموذج ، بدلاً من واحد فقط.
OPTIONS المتابعة ما إلى ينبعث
الافتراضي هو أخذ العينات N تسلسل من النموذج الأساسي. بدلا من ذلك ، يمكنك الاختيار
واحد (وواحد فقط) من البدائل التالية.
-a انبعث محاذاة لكل HMM في ملف هممملف بدلاً من أخذ العينات بدون محاذاة
تسلسل واحد في كل مرة.
-c انبعث تسلسل إجماع على قواعد التعددية ، بدلاً من أخذ عينات من تسلسل من
توزيع احتمالية ملف HMM ل. يتم تشكيل تسلسل الإجماع بواسطة
اختيار أقصى احتمالية متبقية في كل حالة مطابقة.
-C يصدر تسلسل إجماع على قواعد التعددية مربي الحيوانات أكثر من -c خيار. إذا كان الحد الأقصى
بقايا الاحتمال ص مينل إظهاره كحرف صغير "أي" بقايا (ن أو س) ؛ لو
ع> = مينل و مينو إظهارها على أنها بقايا صغيرة ؛ وإذا كانت p> = مينو تظهر على أنها
بقايا الأحرف الكبيرة. الإعدادات الافتراضية لـ مينو و مينل كلاهما 0.0 ، وهو
يعني -C يعطي نفس الناتج مثل -c إلا إذا قمت بتعيين مينو و مينل على ماذا
تريد.
-p عينة من التسلسلات غير المحاذاة من ملف تعريف البحث الضمني ، وليس من القلب
نموذج. يتكون النموذج الأساسي فقط من الحالات المتجانسة (بين البداية
والحالات النهائية لنموذج HMMER Plan7). يتضمن الملف الشخصي N nonhomologous ،
حالات C و J وتكوين خوارزمية محلية / glocal و uni / multihit ، و
نموذج الطول المستهدف. لذلك قد تشتمل المتواليات المأخوذة من ملف تعريف
متواليات غير متجانسة ومتماثلة ، وقد تحتوي على أكثر من تسلسل
قطعة تسلسل متماثل. بشكل افتراضي ، يكون ملف التعريف في الوضع المحلي متعدد النقاط ، و
تم تكوين طول التسلسل المستهدف لـ L = 400.
OPTIONS المتابعة العدد من عند مظهر
تتطلب هذه الخيارات أن تكون قد قمت بتعيين ملف -p الخيار.
-L قم بتكوين نموذج طول التسلسل المستهدف لملف التعريف لإنشاء متوسط طول
تقريبًا بدلاً من القيمة الافتراضية 400.
--محلي
تكوين ملف التعريف للمحاذاة المحلية متعددة النقاط.
- غير محلى
تكوين ملف التعريف للمحاذاة المحلية unihit (Smith / Waterman).
- جلوكال
تكوين ملف التعريف لمحاذاة glocal متعددة النقاط.
- وحيد محلي
تكوين ملف التعريف لمحاذاة glocal unihit.
OPTIONS المتابعة مولع ب إجماع العدد
تتطلب هذه الخيارات أن تكون قد قمت بتعيين ملف -C خيار.
- minl
يضبط مينل عتبة لإظهار المخلفات المحفوظة بشكل ضعيف كحالة صغيرة. (0 <=
س <= 1)
- minu
يضبط مينو عتبة لإظهار المخلفات المحفوظة بشدة كحالة كبيرة. (0
<= س <= 1)
أخرى OPTIONS
--بذرة
زرع مولد الأرقام العشوائية مع ، عدد صحيح> = 0. إذا غير صفري ، أي
ستكون المحاكاة العشوائية قابلة للتكرار ؛ نفس الأمر سيعطي نفس الشيء
النتائج. لو هو 0 ، يتم تصنيف مولد الأرقام العشوائية بشكل تعسفي ، و
سوف تختلف عمليات المحاكاة العشوائية من تشغيل إلى تشغيل نفس الأمر. الافتراضي
تساوي 0: استخدم بذرة عشوائية ، لذا فهي مختلفة همميت سيولد أشواط مختلفة
العينات.
استخدم hmmemit عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
