هذا هو الأمر hmmfetch الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
hmmfetch - استرداد ملف تعريف HMM(s) من ملف
موجز
hmmfetch [خيارات]
(يسترجع HMM المسمى )
hmmfetch -f [خيارات]
(يسترجع كافة HMMs المدرجة في )
hmmfetch --فهرس [خيارات]
(الفهارس للجلب)
الوصف
يسترد بسرعة ملف تعريف واحد أو أكثر من HMMs من ملف تعريف (قاعدة بيانات كبيرة من Pfam، لـ
مثال).
للحصول على أقصى سرعة، يجب فهرستها أولاً باستخدام hmmfetch --فهرس.
الفهرس هو ملف ثنائي اسمه .مباحث أمن الدولة. ومع ذلك، هذا أمر اختياري، وسيتم استرجاعه
لا يزال يعمل من الملفات غير المفهرسة، وإن كان ذلك بشكل أبطأ بكثير.
الوضع الافتراضي هو استرداد ملف تعريف واحد بالاسم أو الانضمام، يسمى .
فمثلا:
% hmmfetch Pfam-A.hmm Caudal_act
% hmmfetch Pfam-A.hmm PF00045
مع -f الخيار ، أ التي تحتوي على قائمة بمفتاح واحد أو أكثر تتم قراءته بدلاً من ذلك.
أول حقل محدد بمسافات بيضاء في كل سطر غير فارغ بدون تعليق من
يستخدم ك ، ويتم تجاهل أية بيانات متبقية على السطر. وهذا يسمح بمجموعة متنوعة
من ملفات البيانات المحددة بمسافات بيضاء ليتم استخدامها س.
عند استخدام -f و ، إذا هممملف تم فهرستها ، يتم استرداد المفاتيح في ملف
ترتيب حدوثها في ملف مفتاح، لكن اذا هممملف لم تتم فهرسته، يتم استرداد المفاتيح في الملف
ترتيب حدوثها في هممملف. هذا هو أحد الآثار الجانبية للتنفيذ الذي يسمح
مفاتيح متعددة ليتم استرجاعها حتى لو كان هو تيار غير قابل لللف، مثل
أنبوب الإدخال القياسي
في الاستخدام العادي (بدون --فهرس or -f والخيارات)، قد تكون "-" (شرطة) ، مما يعني
قراءة المدخلات من ستدين بدلا من ملف. مع ال --فهرس اختيار، ربما لا
يكون '-'؛ ليس من المنطقي فهرسة دفق الإدخال القياسي. مع ال -f اختيار،
إما or (ولكن ليس كلاهما) قد يكون "-". غالبًا ما يكون مفيدًا بشكل خاص
لقراءة من الإدخال القياسي، لأن هذا يسمح باستخدام الأمر التعسفي
استدعاءات السطر لإنشاء قائمة بأسماء HMM أو عمليات الوصول، ثم جلبها جميعًا إلى ملف جديد
الملف، فقط مع أمر واحد.
افتراضيًا، تتم طباعة HMMs التي تم جلبها إلى الإخراج القياسي بتنسيق HMMER3.
OPTIONS
-h يساعد؛ اطبع تذكيرًا موجزًا باستخدام سطر الأوامر وجميع الخيارات المتاحة.
-f وسيطة سطر الأوامر الثانية هي أ بدلا من واحد .
الحقل الأول في كل سطر من يستخدم كإسترجاع (اسم HMM
أو انضمام). الأسطر الفارغة وأسطر التعليق (التي تبدأ بحرف #) هي
تجاهلها.
-o إخراج HMM(s) إلى الملف بدلا من الناتج القياسي.
-O إخراج HMM (الملفات) إلى ملف (ملفات) فردية مسماة بدلاً من الإخراج القياسي. مع
ال -f الخيار ، يمكن أن يؤدي هذا إلى إنشاء العديد من الملفات.
--فهرس
بدلاً من استرداد ملف تعريف واحد أو أكثر من ، فهرس For
عمليات الاسترجاع المستقبلية. هذا يخلق ملف .مباحث أمن الدولة ملف الفهرس الثنائي.
استخدم hmmfetch عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
