هذا هو الأمر indexdb_rna الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
indexdb_rna - أداة للتصفية ورسم الخرائط واختيار OTU- يقرأ NGS (indexdb)
موجز
Indexdb_rna - ريف db.fasta، db.idx [خيارات]
الوصف
SortMeRNA هي أداة تحليل تسلسل بيولوجي للتصفية ورسم الخرائط وانتقاء OTU
يقرأ NGS. تعتمد الخوارزمية الأساسية على البذور التقريبية وتسمح بسرعة و
التحليلات الحساسة لتسلسل النوكليوتيدات. التطبيق الرئيسي لـ SortMeRNA هو التصفية
الرنا الريباسي من البيانات المترسخة. تشمل التطبيقات الإضافية انتقاء OTU و
تخصيص التصنيف متاح من خلال QIIME v1.9 + (http://qiime.org - v1.9.0-rc1).
SortMeRNA يأخذ كمدخل ملف من القراءات (تنسيق fasta أو fastq) وواحد أو عدة rRNA
ملف (ملفات) قاعدة البيانات ، ويقوم بفرز rRNA والقراءات المرفوضة في ملفين محددين بواسطة
مستخدم. اختياريًا ، يمكن أن يوفر محاذاة محلية عالية الجودة لقراءات الرنا الريباسي مقابل
قاعدة بيانات الرنا الريباسي. يعمل SortMeRNA مع بيانات Illumina و 454 و Ion Torrent و PacBio ويمكنه
إنتاج محاذاة SAM و BLAST.
OPTIONS
إلزامي OPTIONS
- ريف STRING ، STRING
FASTA ملف مرجعي ، ملف فهرس
على سبيل المثال:
- ريف /path/to/file1.fasta،/path/to/index1
في حالة تمرير ملفات تسلسل مرجعي متعددة ، افصل بينها بـ ":"
على سبيل المثال:
- ريف /path/f1.fasta،/path/index1:/path/f2.fasta،path/index2
اختياري OPTIONS
--بسرعة BOOL
الخيار المقترح لمحاذاة 99٪ من الأنواع ذات الصلة (افتراضي: إيقاف)
--حساس BOOL
الخيار المقترح لمحاذاة حوالي 75-98٪ من الأنواع ذات الصلة (افتراضي: تشغيل)
--تمبدير STRING
الدليل حيث تكتب الملفات المؤقتة
-m INT مقدار الذاكرة (بالميغا بايت) لبناء الفهرس (الافتراضي: 3072)
-L INT طول البذرة (الافتراضي: 18)
- max_pos INT
الحد الأقصى لعدد المواضع المراد تخزينها لكل L-mer فريد (الافتراضي: 10000 ، الإعداد
- max_pos 0 سيتم تخزين جميع المواقف)
-v BOOL
مطنب
-h BOOL
مساعدة
استخدم indexdb_rna عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
