ipcress - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

ipcress - نظام محاكاة تجربة تفاعل البوليميراز المتسلسل داخل السيليكو

موجز

com.ipcress [ الخيارات ] <التمهيدي ملف> <sequence المسارات>

الوصف

com.ipcress هل Iن سيليكو PCR Eالتجربة Sتقليد Sيستم.

هذه أداة لمحاكاة تجارب تفاعل البوليميراز المتسلسل. أنت تزود ملفًا يحتوي على مواد أولية
ومجموعة من المتتاليات ، وتتوقع نواتج تفاعل البوليميراز المتسلسل.

يشبه Ipcress برنامج e-PCR من NCBI ، ولكنه أسرع بكثير ، ولا يفعل ذلك
يعاني من مشاكل في تحديد التطابقات عند وجود رموز غامضة بالقرب من البرايمر
الغايات.

إذا قمت بتزويد العديد من أزواج البادئات معًا ، فسيقوم ipcress بمحاكاة تجارب PCR في
بالتوازي ، مما يسمح بمحاكاة الجينوم على نطاق واسع لعدد كبير من التجارب. يستخدم الكثير
مكتبات من أبرئ أداة مقارنة التسلسل.

INPUT FORMAT

مدخلات ipcress عبارة عن ملف بسيط محدد بمسافة بيضاء يصف تجربة واحدة لكل
خط. يحتوي كل سطر على الحقول الخمسة التالية:

id معرّف لهذه التجربة
التمهيدي تسلسل أول برايمر
التمهيدي_ب تسلسل التمهيدي الثاني
min_product_len الحد الأدنى لطول المنتج للتقرير
max_product_len الحد الأقصى لطول المنتج للتقرير

فيما يلي مثال على سطر بهذا التنسيق:

ID0001 كاتجكاتجكاتجك كجاتجكانجكاتجكت 900 1100

OUTPUT FORMAT

يصف تنسيق الإخراج منتج PCR واحدًا لكل سطر ،
ويبدأ بـ "ipcress:" ، متبوعًا بـ 11 حقلاً التالية:

معرّف التسلسل معرّف التسلسل
معرّف_التجربة معرف تجربة PCR
طول_المنتج طول المنتج PCR
التمهيدي_5 البرايمر 5 بوصات (إما أ أو ب)
نقاط البيع_5 موقف 5 'التمهيدي
عدم التطابق_5 عدد حالات عدم التطابق في 5 'برايمر
التمهيدي_3 |
نقاط البيع_3 | نفس الحقول 3 'التمهيدي
عدم التطابق_3 |
وصف وصف لمنتج PCR

حقل الوصف هو أحد السلاسل الأربعة التالية:

إلى الأمام منتج عادي ، التمهيدي أ يليه ب
com.revcomp منتج عادي ، التمهيدي B متبوعًا بـ A.
واحد_أ منتج سيء تم إنشاؤه بواسطة primer_A فقط
واحد_ب منتج سيء تم إنشاؤه بواسطة primer_B فقط

هناك أيضًا إخراج يمكن قراءته بواسطة الإنسان معروض ، غير مصمم للتحليل (انظر:
- جميلة أدناه).

يمكنك تحويل أي لحظة سعيدة إلى ذكرى ثمينة وخالدة – احتفظ بها على شكل صورة أو مقطع فيديو باستخدام الكاميرا الخلفية المضمنة. ومن خلال اتصال Bluetooth، يمكنك مشاركة الملفات ذات المحتوى العزيز على قلبك مع أجهزة المقربين منك. OPTIONS

معظم الحجج لها أشكال قصيرة وطويلة. الأشكال الطويلة
من المرجح أن تكون مستقرة بمرور الوقت ، وبالتالي يجب استخدامها في البرامج النصية التي
استدعاء ipcress.

-h | - المساعدة
عرض المساعدة. سيعرض هذا ملخصًا موجزًا ​​للخيارات المتاحة والافتراضيات
والقيم المحددة حاليا.

--مساعدة
يعرض هذا جميع خيارات المساعدة بما في ذلك الإعدادات الافتراضية ، والقيمة المحددة حاليًا ،
ومتغير البيئة الذي يمكن استخدامه لتعيين كل معلمة. سوف هناك
يكون مؤشرا على الخيارات الإلزامية. الخيارات الإلزامية لا تحتوي على
الافتراضي ، ويجب أن يكون لها قيمة مزودة حتى يعمل ipcress. إذا كانت الخيارات إلزامية
بالترتيب ، يمكن تخطي أعلامها من سطر الأوامر (انظر الأمثلة
أقل). بخلاف صفحة الدليل هذه ، ستكون المعلومات من هذا الخيار دائمًا متاحة
حتى الآن مع أحدث إصدار من البرنامج.

-v | --الإصدار
اعرض رقم الإصدار. يعرض أيضًا معلومات أخرى مثل تاريخ الإنشاء
ونسخة glib المستخدمة.

FILE INPUT OPTIONS

-i | --إدخال
بيانات تجربة PCR بتنسيق ملف ipcress الموضح أعلاه.

-s | --تسلسل
حدد التسلسلات. يمكن تحديد ملفات متعددة هنا ، مما يقلل من FSM
بناء النفقات العامة ، ويجعل ipcress يعمل بشكل أسرع من تشغيل العملية
بشكل منفصل.

إيببريس المعلمات

-m | --عدم تطابق
حدد عدد حالات عدم التطابق المسموح بها لكل كتاب تمهيدي. يقلل السماح بعدم التطابق
سرعة البرنامج حيث يجب بناء حي تمهيدي كبير ، و
يمكن تركيب تجارب أقل في الذاكرة قبل كل مسح للتسلسل
قواعد بيانات.

-M | --ذاكرة
حدد حجم الذاكرة التي يجب أن يستخدمها البرنامج. صنع المزيد من الذاكرة
ipcress المتاح ، يتم تشغيله بشكل أسرع ، حيث يمكن إجراء المزيد من تجارب PCR
في كل مسح لقواعد بيانات التسلسل. هذا لا يشمل الذاكرة المستخدمة أثناء
المسح (لتخزين النتائج والتسلسلات الجزئية) ، وبالتالي فإن المقدار الفعلي لـ
ستكون الذاكرة المستخدمة أعلى قليلاً.

-p | --جميلة
عرض النتائج بتنسيق يمكن قراءته ، غير مصمم للتحليل.

-P | --منتجات
عرض منتجات PCR كتسلسل تنسيق FASTA.

-S | --بذرة
حدد طول البذرة لكلمة الحي في ولايات ميكرونيزيا الموحدة. إذا تم التعيين على الصفر ،
يتم استخدام البرايمر الكامل. أقصر الكلمات تقلل من حجم الحي ولكن
زيادة الوقت الذي يستغرقه ipcress لتصفية التطابقات الإيجابية الخاطئة.

البيئة

غير موثق بعد.

أمثلة

com.ipcress اختبار تسلسل
هذه هي أبسط طريقة لاستخدام ipcress.
com.ipcress dbsts_human.ipcress --تسلسل ncbi30 / *. fasta --عدم تطابق 1
قارن ملف إدخال بمجموعة من ملفات fasta ، مما يتيح عدم تطابق واحد في كل ملف
التمهيدي.

VERSION

ترافق هذه الوثائق الإصدار 2.2.0 من حزمة exonerate.

استخدم ipcress عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net